freecontact - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

freecontact - ตัวทำนายการสัมผัสโปรตีนอย่างรวดเร็ว

เรื่องย่อ

ฟรีติดต่อ [ตัวเลือก]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] <align.aln>รายชื่อผู้ติดต่อออก

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <align.fa | ติดต่อฟรี
--parprof evfold > contact.out

ติดต่อฟรี --ali=อลิไฟล์ --apply-gapth=บูล --คลัสเตอร์พีซี=NUM --ความหนาแน่น=NUM --cov20=บูล
--ประมาณ-ivcov=บูล --ช่องว่าง=NUM --icme-หมดเวลา =NUM --input-รูปแบบ=[แบน|xml]
--mincontsep=NUM --output-รูปแบบ=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-น้ำหนัก=NUM --โร=NUM --กระทู้=NUM --veczw=บูล

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIPTION

FreeContact เป็นตัวทำนายการสัมผัสสารตกค้างของโปรตีนที่ปรับให้เหมาะสมกับความเร็ว ฟรีติดต่อสามารถ
ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งการดรอปอินสำหรับตัวทำนายการติดต่อที่เผยแพร่ EVfold-mfDCA of
ดีเอส. มาร์ค et al. (2011) [1] และ PSICOV ของ D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact ถูกเร่งด้วยชุดคำสั่งเวกเตอร์ หลายเธรด และ
ใช้งานส่วนสำคัญได้เร็วขึ้น ขึ้นอยู่กับการจัดตำแหน่ง การเร่งความเร็ว 8 เท่าขึ้นไป
เป็นไปได้

จำเป็นต้องมีการจัดตำแหน่งขนาดใหญ่เพียงพอสำหรับผลลัพธ์ที่มีความหมาย อย่างน้อย an
การจัดตำแหน่งด้วยลำดับที่มีประสิทธิภาพ (หลังการถ่วงน้ำหนัก) นับมากกว่าความยาวของ
ควรใช้ลำดับการสืบค้น สอดคล้องกับลำดับ (มีผล) นับหมื่น
ถือว่าเป็นข้อมูลเข้าที่ดี

แจ็คแฮมเมอร์(1) หรือ hhblits(1) สามารถใช้เพื่อสร้างการจัดตำแหน่งได้ ตัวอย่างเช่น

[1] กรุณาหนึ่ง. 2011;6(12):e28766. ดอย: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 ธ.ค.
โครงสร้างโปรตีน 3 มิติคำนวณจากการแปรผันของลำดับวิวัฒนาการ เครื่องหมาย DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, แซนเดอร์ซี

[2] ชีวสารสนเทศศาสตร์. 2012 15 ม.ค.28(2):184-90. Epub 2011 17 พ.ย. PSICOV: แม่นยำ
การทำนายการสัมผัสเชิงโครงสร้างโดยใช้การประมาณค่าความแปรปรวนร่วมแบบผกผันเบาบางบนตัวคูณขนาดใหญ่
การจัดตำแหน่งตามลำดับ โจนส์ DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

อินพุต
รองรับรูปแบบต่อไปนี้:

แบน
ใช้รูปแบบไฟล์อินพุตอย่างง่ายต่อไปนี้:

# แบบสอบถามเริ่มต้น = 5
# แบบสอบถาม = QUERY ด้วยการแทรก SEQUENCE ด้วย NOGAPSORINSERTIONS
QUERYSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTATION
-ชิด---ลำดับ--กับ-ช่องว่าง----
สอดคล้องกันอีก ------------ ลำดับ

บรรทัดส่วนหัว '#' เป็นตัวเลือก บรรทัดส่วนหัวใช้ในการคำนวณสารตกค้างจากการสัมผัส
ตัวเลขและค้นหาส่วนที่เหลือของแบบสอบถามตามลำดับสำหรับรูปแบบผลลัพธ์บางรูปแบบ

หากไม่มีการกำหนดคิวรีไว้ ลำดับแรกในการจัดตำแหน่งจะถูกใช้เป็นคิวรี
ลำดับ. ลำดับคิวรีต้องไม่มีช่องว่างในการจัดตำแหน่ง

แถวการจัดตำแหน่งทั้งหมดต้องมีความยาวเท่ากัน และมีเพียง
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-] [B] ถูกจับคู่กับ [D], [Z] ถูกจับคู่กับ [E], [JOUX] are
จับคู่กับ [X] [X] จะจับคู่เฉพาะตัวมันเองสำหรับทั้งโปรแกรม

การจัดตำแหน่งอินพุต A2M สามารถแปลงเป็นรูปแบบด้านบนได้โดยใช้
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln สามารถใช้วางแนวท่อได้โดยตรง
เข้าสู่การติดต่ออย่างอิสระ

XML เอกสาร XML ด้วย onehttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
องค์ประกอบที่กำหนดไว้ในสคีมา FreeContact [4] มาจาก BioXSD [5]

ตัวอย่าง: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

เอาท์พุต
รูปแบบเอาต์พุต EVfold-mfDCA หรือ PSICOV ดั้งเดิมถูกใช้โดยค่าเริ่มต้นเมื่อตามลำดับ
โปรไฟล์พารามิเตอร์ถูกเลือก

เสมอ (EVfold-mfDCA)
5 เค 6 ลิตร 0.332129 3.59798
| | | | | + แก้ไขบรรทัดฐาน (CN) คะแนนการติดต่อ
| | | | + คะแนนข้อมูลซึ่งกันและกัน (MI)
| | | + ติดต่อรหัสตกค้างกรดอะมิโน
| | + ติดต่อหมายเลขสารตกค้าง
| + ติดต่อรหัสตกค้างกรดอะมิโน
+ ติดต่อหมายเลขสารตกค้าง

ผู้ติดต่อจะถูกจัดเรียงตามหมายเลขตกค้าง

pfrmat_rr (พีซิโคฟ)
รูปแบบการคาดการณ์การแยกสารตกค้าง-สารตกค้างของ CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + คะแนนการติดต่อ
| | ช่วง +-+ [Å] ของระยะทาง Cb-Cb ที่คาดการณ์ไว้สำหรับคู่เรซิดิว
| | (ซี-อัลฟาสำหรับไกลซีน)
| | สองฟิลด์นี้เป็นค่าคงที่ในเอาต์พุต
| + ติดต่อหมายเลขสารตกค้าง
+ ติดต่อหมายเลขสารตกค้าง

รายชื่อจะเรียงตามคะแนนจากมากไปน้อย

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

ไบโอเอสดี
เอกสาร XML ด้วย onehttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
องค์ประกอบที่กำหนดไว้ในสคีมา FreeContact [4] มาจาก BioXSD [5]

ตัวอย่าง: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

หมายเหตุ: เนื่องจาก BioXSD อยู่ระหว่างการพัฒนาร่วมกับ FreeContact
สคีมา FreeContact อาจมาจากเวอร์ชันที่ยังไม่พร้อมใช้งานที่ [5]

[4]

[5]http://bioxsd.org>

เอาต์พุตอาจไม่แสดงรายการผู้ติดต่อที่เป็นไปได้ทั้งหมด

ข้อมูลอ้างอิง

ส่ง. FreeContact: การทำนายการสัมผัสสารตกค้างโดยตรงอย่างรวดเร็วและฟรี
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPTIONS

-a [ --threads ] หาเรื่อง
หัวข้อที่จะใช้ [0-) 0 หมายถึงมากเท่ากับแกน

--apply-gapth หาเรื่อง
เมื่อเป็นจริง ให้ไม่รวมคอลัมน์และแถวที่เหลือที่มีความถี่ช่องว่างแบบถ่วงน้ำหนัก > --ช่องว่าง
จากเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม [บูลีน]

-c [ --clustpc ] หาเรื่อง
เปอร์เซ็นต์การจัดกลุ่ม BLOSUM [0-100]

--cov20 หาเรื่อง
ถ้าเป็นจริง ให้ปล่อยกรดอะมิโนหนึ่งตัวออกจากเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม ทำให้ไม่มีการกำหนดมากเกินไป
[บูลีน].

-d [ --ความหนาแน่น ] arg
เป้าหมายความหนาแน่นเมทริกซ์ที่มีความแม่นยำ [0-1] ชุด 0 เพื่อไม่ให้ควบคุมความหนาแน่น

--debug
เปิดการดีบัก

--estimate-ivcov หาเรื่อง
ใช้การประมาณค่าเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมแบบผกผันแทนเมทริกซ์ผกผัน [บูลีน]

-f [ --ali ] หาเรื่อง (=-)
ไฟล์การจัดตำแหน่ง [เส้นทาง] ถ้า '-' เป็นอินพุตมาตรฐาน ค่าเริ่มต้น: '-'.

-g [ --gapth ] หาเรื่อง
เกณฑ์ความถี่ช่องว่างถ่วงน้ำหนัก (0-1]

-h [ --ช่วยเหลือ ]
สร้างข้อความช่วยเหลือนี้

-i [ --input-format ] หาเรื่อง (=แบน)
รูปแบบอินพุต [แบน|xml]

--icme-timeout หาเรื่อง (=1800)
หมดเวลาการประเมินเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมแบบผกผันในหน่วยวินาที [0-) นำไปใช้กับการพลิกกลับแต่ละครั้ง
โทรได้อย่างอิสระ หากหมดเวลา โปรแกรมจะออกจากสถานะ 2.

--mincontsep หาเรื่อง
การแยกคู่เรซิดิวที่สัมผัสลำดับขั้นต่ำที่ให้ไว้ในกรดอะมิโนเป็น
(ji>=arg). 1 สำหรับสารตกค้างที่อยู่ติดกัน [1-).

-o [ --output-format ] หาเรื่อง
รูปแบบเอาต์พุต [evfold|pfrmat_rr|bioxsd]

--parprof หาเรื่อง (=ค่าเริ่มต้น)
โปรไฟล์พารามิเตอร์ (ไม่บังคับ) [ค่าเริ่มต้น|evfold|psicov] โปรไฟล์เริ่มต้นคือ เสมอ.

อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งสามารถใช้เพื่อแทนที่ค่าโปรไฟล์

เสมอ
ทริกเกอร์ EVfold-mfDCA [1] โหมดความเข้ากันได้

ซิโคฟ
ทริกเกอร์ PSICOV [2] โหมดความเข้ากันได้

psicov-sd
ทริกเกอร์ PSICOV [2] โหมดเริ่มต้นที่เหมาะสม: ค่าเริ่มต้นคงที่ rho ไม่มีการควบคุมความหนาแน่น

-w [ --pscount-weight ] หาเรื่อง
น้ำหนักเทียม [0-1]

-p [ --pseudocnt ] หาเรื่อง
หลอก [0-).

--ห้าวหาญ
พิมพ์พารามิเตอร์ที่มีประสิทธิภาพบนข้อผิดพลาดมาตรฐาน ใช้ตัวเลือกนี้เพื่อดูว่าพารามิเตอร์ใด
ติดต่อฟรี(1) ดำเนินการโดยละเอียด สิ่งนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งเมื่อ --พาร์พรอฟ
ตัวเลือกนี้ใช้ร่วมกับตัวเลือกอื่นๆ

--rho หาเรื่อง
ค่าเริ่มต้นของพารามิเตอร์การทำให้เป็นมาตรฐานของ Glasso [0-) ถ้าติดลบ เลือกค่า
อัตโนมัติ

--หาเรื่องเงียบ (=0)
พิมพ์แต่ข้อความแสดงข้อผิดพลาดเกี่ยวกับข้อผิดพลาดมาตรฐาน ไม่ส่งผลกระทบ --debug.

--veczw หาเรื่อง
ใช้การถ่วงน้ำหนักตามลำดับเวคเตอร์เมื่อมี [บูลีน]

--รุ่น
รุ่นพิมพ์.

EXIT สถานภาพ

0 ไม่มีข้อผิดพลาด - ประสบความสำเร็จ

1 ข้อผิดพลาดที่ไม่ระบุ

2 หมดเวลา (ดู --icme-หมดเวลา) เกิดขึ้น

ตัวอย่าง

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
ผู้ติดต่ออิสระ --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

หมายเหตุ

เพื่อประสิทธิภาพสูงสุด ให้ใช้ซอฟต์แวร์ Automatically Tuned Linear Algebra (ATLAS)
ห้องสมุด รวบรวม on เครื่อง ที่ซึ่ง freecontact ทำงานอยู่

ใช้ freecontact ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net