genome-music-galaxyp - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

กาแล็กซี่เพลงจีโนม - เรียกใช้ชุดเครื่องมือ MuSiC เต็มรูปแบบตามลำดับ

VERSION

เอกสารนี้อธิบายจีโนมเพลง galaxy เวอร์ชัน 0.04 (2016-01-01 เวลา 23:10:18)

เรื่องย่อ

กาแล็กซี่เพลงจีโนม [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-ไฟล์=? --pathway-file=? [--ตัวเลข-ข้อมูลทางคลินิก-ไฟล์=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--พีชคณิต=?]
[--ปกติ-นาที-ความลึก=?] [--เนื้องอก-นาที-ความลึก=?] [--นาที-mapq=?] [--แสดง-ข้าม]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--วิธีทดสอบข้อมูลเชิงตัวเลข=?] [--ข้าม-ยีน mr-ต่ำ] [--สูงสุด-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--แยกส่วน] [--ผสานพร้อมกัน-muts] [--ข้าม-ไม่เข้ารหัส] [--ข้ามเงียบ]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--โปรเซสเซอร์=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--ความสัมพันธ์ทางคลินิก-matrix-file=?]

เครื่องมือนี้ใช้เป็นพารามิเตอร์ของข้อมูลทั้งหมดที่จำเป็นในการเรียกใช้เครื่องมือแต่ละตัว หนึ่ง
ตัวอย่างการใช้งานคือ:

... เล่นเพลง \
--bam-list อินพุต/bams_to_analyze.txt \
-- อินพุตไฟล์ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข/numeric_clinical_data.csv \
--maf-ไฟล์อินพุต/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-ไฟล์อินพุต/pathway_db \
--reference-sequence อินพุต/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file อินพุต/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type ยีน

ที่จำเป็น อาร์กิวเมนต์

แบมรายการ ข้อความ
รายการไฟล์ BAM ที่คั่นด้วยแท็บ [sample_name normal_bam tumor_bam]

เอาต์พุตบันเดิล ข้อความ
ตำแหน่งที่ Galaxy ต้องการให้บันเดิลเอาต์พุตเพลงถูกบันทึก

ไฟล์ roi ข้อความ
รายการ ROI ที่คั่นด้วยแท็บ [chr start stop gene_name]

อ้างอิงลำดับ ข้อความ
เส้นทางไปยังลำดับอ้างอิงในรูปแบบ FASTA

ไฟล์ maf ข้อความ
รายการของการกลายพันธุ์โดยใช้ข้อกำหนด TCGA MAF v2.3

pathway file ข้อความ
ไฟล์ที่คั่นด้วยแท็บของข้อมูลเส้นทาง

ตัวเลือก อาร์กิวเมนต์

เอาท์พุท-dir
ไดเร็กทอรีที่จะเขียนไฟล์เอาต์พุตและไดเร็กทอรีย่อย

ค่าเริ่มต้น '' ถ้าไม่ระบุ

ไฟล์ข้อมูลคลินิกตัวเลข ข้อความ
ตารางตัวอย่าง (y) กับหมวดหมู่ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข (x)

แฟ้มข้อมูลทางคลินิกหมวดหมู่ ข้อความ
ตารางตัวอย่าง (y) กับหมวดหมู่ข้อมูลทางคลินิกที่จัดหมวดหมู่ (x)

ไฟล์การกลายพันธุ์เมทริกซ์ ข้อความ
เลือกเก็บเมทริกซ์ sample-vs-gene ที่ใช้ระหว่างการคำนวณ

พีชคณิต จำนวน
จำนวนพีชคณิตที่ใช้ในการกำหนดค่า P

ปกติ-นาที-ความลึก จำนวนเต็ม
ความลึกในการอ่านขั้นต่ำเพื่อพิจารณาฐาน BAM ปกติตามที่ครอบคลุม

เนื้องอก-นาที-ความลึก จำนวนเต็ม
ความลึกในการอ่านขั้นต่ำเพื่อพิจารณาฐาน BAM ของเนื้องอกตามที่ครอบคลุม

นาที-mapq จำนวนเต็ม
คุณภาพการทำแผนที่ขั้นต่ำของการอ่านเพื่อพิจารณาถึงการนับความลึกในการอ่าน

แสดงข้าม บูลีน
รายงานการกลายพันธุ์ที่ข้ามแต่ละครั้ง ไม่ใช่แค่จำนวน

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--noshow-ข้าม) หากไม่ได้ระบุ

noshow-ข้าม บูลีน
ทำให้การแสดงข้าม 'เท็จ'

ยีนที่จะละเว้น ข้อความ
รายการยีนที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่จะละเว้นสำหรับอัตราการกลายพันธุ์ในพื้นหลัง

บีเอ็มอาร์ จำนวน
อัตราการกลายพันธุ์ในพื้นหลังในภูมิภาคเป้าหมาย

ความใกล้เคียงสูงสุด ข้อความ
ระยะ AA สูงสุดระหว่างการกลายพันธุ์ 2 ครั้ง

bmr-ตัวแก้ไขไฟล์ ข้อความ
รายการค่าที่คั่นด้วยแท็บต่อยีนที่แก้ไข BMR ก่อนการทดสอบ [gene_name
bmr_modifier]

ตัวเลข-ข้อมูล-ทดสอบ-วิธี ข้อความ
'cor' สำหรับ Pearson Correlation หรือ 'wilcox' สำหรับ Wilcoxon Rank-Sum Test สำหรับ
ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข

ค่าเริ่มต้น 'cor' หากไม่ได้ระบุ

ข้าม-ต่ำ-mr-ยีน บูลีน
ข้ามการทดสอบยีนที่มี MR ต่ำกว่า MR . พื้นหลัง

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noskip-low-mr-ยีน บูลีน
ทำให้ skip-low-mr-genes 'เท็จ'

fdr สูงสุด จำนวน
อัตราการค้นพบเท็จสูงสุดที่อนุญาตสำหรับยีนที่จะถือว่าเป็น SMG

ค่าเริ่มต้น '0.2' หากไม่ได้ระบุ

ประเภทข้อมูลพันธุกรรม ข้อความ
ข้อมูลในไฟล์เมทริกซ์ต้องเป็น "ยีน" หรือ "ตัวแปร" อย่างใดอย่างหนึ่ง data

wu คำอธิบายประกอบส่วนหัว บูลีน
ใช้สิ่งนี้เป็นค่าเริ่มต้นสำหรับส่วนหัวของรูปแบบคำอธิบายประกอบ wustl

nowu คำอธิบายประกอบส่วนหัว บูลีน
ทำให้ wu-annotation-headers 'เท็จ'

bmr-กลุ่ม จำนวนเต็ม
จำนวนกลุ่มตัวอย่างที่มี BMR ที่เปรียบเทียบได้

ค่าเริ่มต้น '1' หากไม่ได้ระบุ

แยก-truncations บูลีน
การกลายพันธุ์แบบตัดทอนแบบกลุ่มเป็นหมวดหมู่ที่แยกจากกัน

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--noseparate-truncations) หากไม่ได้ระบุ

การตัดปลายจมูก บูลีน
ทำให้การตัดทอนแยก 'เท็จ'

ผสานพร้อมกัน muts บูลีน
การกลายพันธุ์ของยีนหลายตัวในตัวอย่างเดียวกันถือเป็น 1

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--nomerge-concurrent-muts) หากไม่ได้ระบุ

nomerge-พร้อมกัน-muts บูลีน
ทำให้การผสานพร้อมกัน muts 'เท็จ'

ข้ามไม่เข้ารหัส บูลีน
ข้ามการกลายพันธุ์ที่ไม่เข้ารหัสจากไฟล์ MAF ที่ให้มา

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noskip-ไม่เข้ารหัส บูลีน
ทำให้การข้ามไม่ใช่การเข้ารหัส 'เท็จ'

ข้ามเงียบ บูลีน
ข้ามการกลายพันธุ์แบบเงียบจากไฟล์ MAF ที่ให้มา

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noskip เงียบ บูลีน
ทำให้ข้ามเงียบ 'เท็จ'

min-mut-ยีนต่อเส้นทาง จำนวนเต็ม
เส้นทางที่มียีนกลายพันธุ์น้อยกว่านี้จะถูกละเว้น

ค่าเริ่มต้น '1' หากไม่ได้ระบุ

glm-รุ่น-ไฟล์ ข้อความ
ไฟล์สรุปประเภทของแบบจำลอง ตัวแปรการตอบสนอง ตัวแปรร่วม ฯลฯ สำหรับ GLM
การวิเคราะห์. (ดูคำอธิบาย).

โปรเซสเซอร์ จำนวนเต็ม
จำนวนโปรเซสเซอร์ที่จะใช้ใน SMG (ต้องใช้แพ็คเกจ 'foreach' และ 'doMC' R)

ค่าเริ่มต้น '1' หากไม่ได้ระบุ

aa-ช่วง จำนวนเต็ม
กำหนดระยะการจับคู่ที่ 'ใกล้' เมื่อค้นหากรดอะมิโนที่อยู่ใกล้ฮิต

ค่าเริ่มต้น '2' หากไม่ได้ระบุ

nuc-ช่วง จำนวนเต็ม
กำหนดระยะการจับคู่ที่ 'ใกล้' เมื่อค้นหาตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ที่อยู่ใกล้การชน

ค่าเริ่มต้น '5' หากไม่ได้ระบุ

อ้างอิงสร้าง ข้อความ
ใส่ "Build36" หรือ "Build37"

ค่าเริ่มต้น 'Build37' หากไม่ได้ระบุ

แสดงเป็นที่รู้จักฮิต บูลีน
เมื่อการค้นพบเป็นเรื่องแปลกใหม่ ให้แสดง AA ที่รู้จักในยีนนั้น

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noshow-รู้จัก-ฮิต บูลีน
ทำให้การแสดงที่เป็นที่รู้จัก 'เท็จ'

glm-คลินิก-data-file ข้อความ
ลักษณะทางคลินิก ลักษณะการกลายพันธุ์ ข้อมูลทางคลินิกแบบผสมอื่นๆ (ดูคำอธิบาย )

ใช้-maf-in-glm บูลีน
ตั้งค่าแฟล็กนี้เพื่อใช้ตัวแปรเมทริกซ์ที่สร้างจากไฟล์ MAF เป็นอินพุตตัวแปรเป็น
การวิเคราะห์ GLM

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--nouse-maf-in-glm) หากไม่ได้ระบุ

nouse-maf-ใน GLM บูลีน
ทำให้ use-maf-in-glm เป็น 'เท็จ'

omimaa-dir เส้นทาง
โฟลเดอร์ฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของกรดอะมิโน omi

จักรวาล-dir เส้นทาง
โฟลเดอร์ฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของกรดอะมิโนคอสมิก

ละเอียด บูลีน
เปิดเพื่อแสดงผลการทำงานที่ใหญ่ขึ้น

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

โนเวอร์โบส บูลีน
ทำให้ verbose 'เท็จ'

คลีนิค-สหสัมพันธ์-เมทริกซ์ไฟล์ ข้อความ
เลือกเก็บเมทริกซ์ sample-vs-gene ที่ใช้ภายในระหว่างการคำนวณ

DESCRIPTION

คำสั่งนี้สามารถใช้เพื่อเรียกใช้เครื่องมือวิเคราะห์ MuSiC ทั้งหมดบนชุดข้อมูล โปรด
ดูเครื่องมือแต่ละรายการสำหรับคำอธิบายเพิ่มเติมของพารามิเตอร์

ผู้เขียน

Thomas B. Mooney, MS

เครดิต

โปรดดูเครดิตสำหรับ จีโนม-ดนตรี(1)

ใช้ genome-music-galaxyp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net