genome-music-playp - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

การเล่นเพลงด้วยจีโนม - เรียกใช้ชุดเครื่องมือ MuSiC เต็มรูปแบบตามลำดับ

VERSION

เอกสารนี้อธิบายการเล่นเพลงจีโนมเวอร์ชัน 0.04 (2016-01-01 เวลา 23:10:18)

เรื่องย่อ

การเล่นเพลงจีโนม --bam-list=? --roi-file=? --reference-sequence=? --output-dir=?
--maf-ไฟล์=? --pathway-file=? [--ตัวเลข-ข้อมูลทางคลินิก-ไฟล์=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--พีชคณิต=?]
[--ปกติ-นาที-ความลึก=?] [--เนื้องอก-นาที-ความลึก=?] [--นาที-mapq=?] [--แสดง-ข้าม]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--วิธีทดสอบข้อมูลเชิงตัวเลข=?] [--ข้าม-ยีน mr-ต่ำ] [--สูงสุด-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--แยกส่วน] [--ผสานพร้อมกัน-muts] [--ข้าม-ไม่เข้ารหัส] [--ข้ามเงียบ]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--โปรเซสเซอร์=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--ความสัมพันธ์ทางคลินิก-matrix-file=?]

เครื่องมือนี้ใช้เป็นพารามิเตอร์ของข้อมูลทั้งหมดที่จำเป็นในการเรียกใช้เครื่องมือแต่ละตัว หนึ่ง
ตัวอย่างการใช้งานคือ:

... เล่นเพลง \
--bam-list อินพุต/bams_to_analyze.txt \
-- อินพุตไฟล์ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข/numeric_clinical_data.csv \
--maf-ไฟล์อินพุต/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-ไฟล์อินพุต/pathway_db \
--reference-sequence อินพุต/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file อินพุต/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type ยีน

ที่จำเป็น อาร์กิวเมนต์

แบมรายการ ข้อความ
รายการไฟล์ BAM ที่คั่นด้วยแท็บ [sample_name normal_bam tumor_bam]

ไฟล์ roi ข้อความ
รายการ ROI ที่คั่นด้วยแท็บ [chr start stop gene_name]

อ้างอิงลำดับ ข้อความ
เส้นทางไปยังลำดับอ้างอิงในรูปแบบ FASTA

เอาท์พุท-dir ข้อความ
ไดเร็กทอรีที่จะเขียนไฟล์เอาต์พุตและไดเร็กทอรีย่อย

ไฟล์ maf ข้อความ
รายการของการกลายพันธุ์โดยใช้ข้อกำหนด TCGA MAF v2.3

pathway file ข้อความ
ไฟล์ที่คั่นด้วยแท็บของข้อมูลเส้นทาง

ตัวเลือก อาร์กิวเมนต์

ไฟล์ข้อมูลคลินิกตัวเลข ข้อความ
ตารางตัวอย่าง (y) กับหมวดหมู่ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข (x)

แฟ้มข้อมูลทางคลินิกหมวดหมู่ ข้อความ
ตารางตัวอย่าง (y) กับหมวดหมู่ข้อมูลทางคลินิกที่จัดหมวดหมู่ (x)

ไฟล์การกลายพันธุ์เมทริกซ์ ข้อความ
เลือกเก็บเมทริกซ์ sample-vs-gene ที่ใช้ระหว่างการคำนวณ

พีชคณิต จำนวน
จำนวนพีชคณิตที่ใช้ในการกำหนดค่า P

ปกติ-นาที-ความลึก จำนวนเต็ม
ความลึกในการอ่านขั้นต่ำเพื่อพิจารณาฐาน BAM ปกติตามที่ครอบคลุม

เนื้องอก-นาที-ความลึก จำนวนเต็ม
ความลึกในการอ่านขั้นต่ำเพื่อพิจารณาฐาน BAM ของเนื้องอกตามที่ครอบคลุม

นาที-mapq จำนวนเต็ม
คุณภาพการทำแผนที่ขั้นต่ำของการอ่านเพื่อพิจารณาถึงการนับความลึกในการอ่าน

แสดงข้าม บูลีน
รายงานการกลายพันธุ์ที่ข้ามแต่ละครั้ง ไม่ใช่แค่จำนวน

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--noshow-ข้าม) หากไม่ได้ระบุ

noshow-ข้าม บูลีน
ทำให้การแสดงข้าม 'เท็จ'

ยีนที่จะละเว้น ข้อความ
รายการยีนที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่จะละเว้นสำหรับอัตราการกลายพันธุ์ในพื้นหลัง

บีเอ็มอาร์ จำนวน
อัตราการกลายพันธุ์ในพื้นหลังในภูมิภาคเป้าหมาย

ความใกล้เคียงสูงสุด ข้อความ
ระยะ AA สูงสุดระหว่างการกลายพันธุ์ 2 ครั้ง

bmr-ตัวแก้ไขไฟล์ ข้อความ
รายการค่าที่คั่นด้วยแท็บต่อยีนที่แก้ไข BMR ก่อนการทดสอบ [gene_name
bmr_modifier]

ตัวเลข-ข้อมูล-ทดสอบ-วิธี ข้อความ
'cor' สำหรับ Pearson Correlation หรือ 'wilcox' สำหรับ Wilcoxon Rank-Sum Test สำหรับ
ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข

ค่าเริ่มต้น 'cor' หากไม่ได้ระบุ

ข้าม-ต่ำ-mr-ยีน บูลีน
ข้ามการทดสอบยีนที่มี MR ต่ำกว่า MR . พื้นหลัง

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noskip-low-mr-ยีน บูลีน
ทำให้ skip-low-mr-genes 'เท็จ'

fdr สูงสุด จำนวน
อัตราการค้นพบเท็จสูงสุดที่อนุญาตสำหรับยีนที่จะถือว่าเป็น SMG

ค่าเริ่มต้น '0.2' หากไม่ได้ระบุ

ประเภทข้อมูลพันธุกรรม ข้อความ
ข้อมูลในไฟล์เมทริกซ์ต้องเป็น "ยีน" หรือ "ตัวแปร" อย่างใดอย่างหนึ่ง data

wu คำอธิบายประกอบส่วนหัว บูลีน
ใช้สิ่งนี้เป็นค่าเริ่มต้นสำหรับส่วนหัวของรูปแบบคำอธิบายประกอบ wustl

nowu คำอธิบายประกอบส่วนหัว บูลีน
ทำให้ wu-annotation-headers 'เท็จ'

bmr-กลุ่ม จำนวนเต็ม
จำนวนกลุ่มตัวอย่างที่มี BMR ที่เปรียบเทียบได้

ค่าเริ่มต้น '1' หากไม่ได้ระบุ

แยก-truncations บูลีน
การกลายพันธุ์แบบตัดทอนแบบกลุ่มเป็นหมวดหมู่ที่แยกจากกัน

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--noseparate-truncations) หากไม่ได้ระบุ

การตัดปลายจมูก บูลีน
ทำให้การตัดทอนแยก 'เท็จ'

ผสานพร้อมกัน muts บูลีน
การกลายพันธุ์ของยีนหลายตัวในตัวอย่างเดียวกันถือเป็น 1

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--nomerge-concurrent-muts) หากไม่ได้ระบุ

nomerge-พร้อมกัน-muts บูลีน
ทำให้การผสานพร้อมกัน muts 'เท็จ'

ข้ามไม่เข้ารหัส บูลีน
ข้ามการกลายพันธุ์ที่ไม่เข้ารหัสจากไฟล์ MAF ที่ให้มา

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noskip-ไม่เข้ารหัส บูลีน
ทำให้การข้ามไม่ใช่การเข้ารหัส 'เท็จ'

ข้ามเงียบ บูลีน
ข้ามการกลายพันธุ์แบบเงียบจากไฟล์ MAF ที่ให้มา

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noskip เงียบ บูลีน
ทำให้ข้ามเงียบ 'เท็จ'

min-mut-ยีนต่อเส้นทาง จำนวนเต็ม
เส้นทางที่มียีนกลายพันธุ์น้อยกว่านี้จะถูกละเว้น

ค่าเริ่มต้น '1' หากไม่ได้ระบุ

glm-รุ่น-ไฟล์ ข้อความ
ไฟล์สรุปประเภทของแบบจำลอง ตัวแปรการตอบสนอง ตัวแปรร่วม ฯลฯ สำหรับ GLM
การวิเคราะห์. (ดูคำอธิบาย).

โปรเซสเซอร์ จำนวนเต็ม
จำนวนโปรเซสเซอร์ที่จะใช้ใน SMG (ต้องใช้แพ็คเกจ 'foreach' และ 'doMC' R)

ค่าเริ่มต้น '1' หากไม่ได้ระบุ

aa-ช่วง จำนวนเต็ม
กำหนดระยะการจับคู่ที่ 'ใกล้' เมื่อค้นหากรดอะมิโนที่อยู่ใกล้ฮิต

ค่าเริ่มต้น '2' หากไม่ได้ระบุ

nuc-ช่วง จำนวนเต็ม
กำหนดระยะการจับคู่ที่ 'ใกล้' เมื่อค้นหาตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ที่อยู่ใกล้การชน

ค่าเริ่มต้น '5' หากไม่ได้ระบุ

อ้างอิงสร้าง ข้อความ
ใส่ "Build36" หรือ "Build37"

ค่าเริ่มต้น 'Build37' หากไม่ได้ระบุ

แสดงเป็นที่รู้จักฮิต บูลีน
เมื่อการค้นพบเป็นเรื่องแปลกใหม่ ให้แสดง AA ที่รู้จักในยีนนั้น

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

noshow-รู้จัก-ฮิต บูลีน
ทำให้การแสดงที่เป็นที่รู้จัก 'เท็จ'

glm-คลินิก-data-file ข้อความ
ลักษณะทางคลินิก ลักษณะการกลายพันธุ์ ข้อมูลทางคลินิกแบบผสมอื่นๆ (ดูคำอธิบาย )

ใช้-maf-in-glm บูลีน
ตั้งค่าแฟล็กนี้เพื่อใช้ตัวแปรเมทริกซ์ที่สร้างจากไฟล์ MAF เป็นอินพุตตัวแปรเป็น
การวิเคราะห์ GLM

ค่าเริ่มต้น 'เท็จ' (--nouse-maf-in-glm) หากไม่ได้ระบุ

nouse-maf-ใน GLM บูลีน
ทำให้ use-maf-in-glm เป็น 'เท็จ'

omimaa-dir เส้นทาง
โฟลเดอร์ฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของกรดอะมิโน omi

จักรวาล-dir เส้นทาง
โฟลเดอร์ฐานข้อมูลการกลายพันธุ์ของกรดอะมิโนคอสมิก

ละเอียด บูลีน
เปิดเพื่อแสดงผลการทำงานที่ใหญ่ขึ้น

ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ

โนเวอร์โบส บูลีน
ทำให้ verbose 'เท็จ'

คลีนิค-สหสัมพันธ์-เมทริกซ์ไฟล์ ข้อความ
เลือกเก็บเมทริกซ์ sample-vs-gene ที่ใช้ภายในระหว่างการคำนวณ

DESCRIPTION

คำสั่งนี้สามารถใช้เพื่อเรียกใช้เครื่องมือวิเคราะห์ MuSiC ทั้งหมดบนชุดข้อมูล โปรด
ดูเครื่องมือแต่ละรายการสำหรับคำอธิบายเพิ่มเติมของพารามิเตอร์

ผู้เขียน

Thomas B. Mooney, MS

เครดิต

โปรดดูเครดิตสำหรับ จีโนม-ดนตรี(1)

ใช้ genome-music-playp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net