นี่คือคำสั่ง genome-music-survivalp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
การอยู่รอดของดนตรีจีโนม - สร้างแผนการเอาชีวิตรอดและค่า P สำหรับทางคลินิกและการกลายพันธุ์
ฟีโนไทป์
VERSION
เอกสารนี้อธิบายจีโนมเพลงเอาชีวิตรอดเวอร์ชัน 0.04 (2016-01-01 เวลา 23:10:18)
เรื่องย่อ
การอยู่รอดของเพลงจีโนม --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--ข้ามเงียบ]
[--genetic-data-type=?] [--ตัวเลข-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--ข้าม-ไม่เข้ารหัส]
... เพลงเอาชีวิตรอด \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf ไฟล์ /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory
... เพลงเอาชีวิตรอด \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf ไฟล์ /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory
... เพลงเอาชีวิตรอด \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf ไฟล์ /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'ยีน' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Race,Gender,TP53' \
--output-dir /path/output_directory
ที่จำเป็น อาร์กิวเมนต์
แบมรายการ ข้อความ
รายชื่อตัวอย่างที่จะรวมไว้ในการวิเคราะห์ (ดูคำอธิบาย)
เอาท์พุท-dir ข้อความ
ไดเร็กทอรีที่จะเขียนไฟล์เอาต์พุต
ตัวเลือก อาร์กิวเมนต์
ไฟล์ maf ข้อความ
รายการของการกลายพันธุ์ในรูปแบบ MAF
ข้ามเงียบ บูลีน
ข้ามการกลายพันธุ์แบบเงียบจากไฟล์ MAF ที่ให้มา
ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ
noskip เงียบ บูลีน
ทำให้ข้ามเงียบ 'เท็จ'
ประเภทข้อมูลพันธุกรรม ข้อความ
เชื่อมโยงข้อมูลทางคลินิกกับข้อมูลระดับ "ยีน" หรือ "ตัวแปร"
ค่าเริ่มต้น 'ยีน' หากไม่ได้ระบุ
ไฟล์ข้อมูลคลินิกตัวเลข ข้อความ
ตารางตัวอย่าง (y) กับหมวดหมู่ข้อมูลทางคลินิกที่เป็นตัวเลข (x)
แฟ้มข้อมูลทางคลินิกหมวดหมู่ ข้อความ
ตารางตัวอย่าง (y) กับหมวดหมู่ข้อมูลทางคลินิกที่จัดหมวดหมู่ (x)
glm-คลินิก-data-file ข้อความ
ลักษณะทางคลินิก ลักษณะการกลายพันธุ์ ข้อมูลทางคลินิกแบบผสมอื่นๆ (ดูคำอธิบาย )
ฟีโนไทป์ที่จะรวม ข้อความ
รวมเฉพาะยีนและ/หรือฟีโนไทป์เหล่านี้ในการวิเคราะห์ (คั่นด้วยจุลภาค)
ตำแหน่งตำนาน ข้อความ
เลือก 'bottomleft', 'topleft', 'topright' หรือ 'bottomright'
ค่าเริ่มต้น 'bottomleft' หากไม่ได้ระบุ
ข้ามไม่เข้ารหัส บูลีน
ข้ามการกลายพันธุ์ที่ไม่เข้ารหัสจากไฟล์ MAF ที่ให้มา
ค่าเริ่มต้น 'จริง' หากไม่ได้ระบุ
noskip-ไม่เข้ารหัส บูลีน
ทำให้การข้ามไม่ใช่การเข้ารหัส 'เท็จ'
DESCRIPTION
คำสั่งนี้ทำการวิเคราะห์การเอาตัวรอดและวางแผนกราฟการเอาตัวรอดสำหรับข้อมูลการกลายพันธุ์ เช่น
รวมถึงลักษณะทางคลินิกที่น่าสนใจตามที่ระบุผ่าน --phenotypes-to-include input
พารามิเตอร์. การวิเคราะห์ที่ดำเนินการรวมถึงตัวประมาณ Kaplan-Meier ตามด้วยCox
แบบจำลองอันตรายตามสัดส่วน ผลลัพธ์สำหรับแต่ละยีน/ลักษณะทางคลินิกที่วิเคราะห์รวมถึงการอยู่รอด
เส้นโค้ง อัตราส่วนอันตราย (พร้อมช่วงความเชื่อมั่น) และค่า P และ FDR ที่อธิบาย
ความสำคัญของความแตกต่างระหว่างผู้รอดชีวิตและผู้ไม่รอดชีวิต
ไฟล์ข้อมูลทางคลินิกทั้งหมดจะถูกค้นหาด้วย "vital_status" ที่จำเป็น (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
และคอลัมน์ "days_to_last_followup" ซึ่งจับคู่กับฟีโนไทป์ผ่าน ID ตัวอย่างสำหรับ
การวิเคราะห์การอยู่รอด คอลัมน์แรกของไฟล์ข้อมูลทางคลินิกทั้งหมดต้องมีตัวอย่าง
ID เหมือนกับในเครื่องมือ MuSiC อื่นๆ โดยค่าเริ่มต้น การวิเคราะห์จะดำเนินการกับทุกยีนที่มีอยู่
ใน อสม. อีกทางเลือกหนึ่ง การวิเคราะห์อาจจำกัดเฉพาะยีนที่เจาะจงโดยการระบุยีนเหล่านั้น
(คั่นด้วยจุลภาค) หลัง --phenotypes-to-include พารามิเตอร์อินพุต การวิเคราะห์การเอาตัวรอดอาจ
นอกจากนี้ยังดำเนินการในคอลัมน์อื่น ๆ ในไฟล์ข้อมูลทางคลินิกโดยการเพิ่มส่วนหัวของคอลัมน์
ไปยังรายการของรายการที่ระบุหลังพารามิเตอร์อินพุต --phenotypes-to-include
ต่อไปนี้คือหลักเกณฑ์ทั่วไปบางประการสำหรับการสร้างไฟล์ป้อนข้อมูลทางคลินิก:
· จำเป็นต้องมีส่วนหัว
· คอลัมน์แรกของไฟล์ข้อมูลทางคลินิกแต่ละไฟล์ต้องมี ID ตัวอย่างที่ตรงกับข้อมูลเหล่านั้น
ทั้งใน --bam-list และรายการตัวแปร MAF (ใน MAF นี่คือ
คอลัมน์ Tumor_Sample_Barcode โดยเฉพาะ)
· อย่างน้อยหนึ่งไฟล์ข้อมูลทางคลินิกที่ป้อน คอลัมน์ที่มีส่วนหัว "vital_status"
และต้องมี "days_to_last_followup" (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่) "vital_status" ต้องเป็น
แบ่งโดย 1 และ 0 โดยที่ 0 หมายถึง 'มีชีวิตอยู่' และ 1 หมายถึง 'เสียชีวิต'
โปรดทราบว่าไฟล์อินพุตทั้งหมดต้องแยกแท็บ
อาร์กิวเมนต์
--แบม-รายการ
จัดเตรียมไฟล์ที่มีชื่อตัวอย่างและตำแหน่ง BAM ปกติ/เนื้องอกสำหรับแต่ละรายการ ใช้
รูปแบบการคั่นด้วยแท็บ [sample_name normal_bam tumor_bam] ต่อบรรทัด เครื่องมือนี้เท่านั้น
ต้องการ sample_name จึงสามารถข้ามคอลัมน์อื่นๆ ได้ sample_name ต้องเป็น
เหมือนกับชื่อตัวอย่างเนื้องอกที่ใช้ในไฟล์ MAF (คอลัมน์ที่ 16 พร้อมส่วนหัว
Tumor_Sample_Barcode)
ใช้จีโนม-ดนตรี-เอาชีวิตรอดออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
