นี่คือคำสั่ง geom ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
geom - วิเคราะห์อินพุตเรขาคณิตของโมเลกุลในพิกัดคาร์ทีเซียน
DESCRIPTION
โปรแกรม เรขาคณิต อ่านชุดพิกัดคาร์ทีเซียนและกำหนดพันธะจากพวกมัน
ระยะทาง (บอร์และอังสตรอม) มุมพันธะ มุมบิด มุมนอกระนาบ
(ทางเลือก) โมเมนต์ความเฉื่อย และค่าคงที่การหมุน
ไฟล์ ที่จำเป็น
input.dat - ไฟล์อินพุต
และข้อใดข้อหนึ่งต่อไปนี้:
geom.dat - ไฟล์เรขาคณิต
file11.dat - ไฟล์เรขาคณิตรูปแบบ PSI / การไล่ระดับสี
ไฟล์ สร้าง
geom.out - ไฟล์ที่มีการวิเคราะห์
INPUT OPTIONS
พื้นที่ เรขาคณิต โปรแกรมมีตัวเลือกดังต่อไปนี้:
-h พิมพ์ข้อมูลวิธีใช้ (ตัวเลือกเหล่านี้)
-เอซ [ชื่อไฟล์]
อ่านอินพุตในรูปแบบเอาต์พุต ACES โดยแต่ละบรรทัดประกอบด้วย atomic
สัญลักษณ์ เลขอะตอม และพิกัดคาร์ทีเซียน (ในบอร์) อาร์กิวเมนต์ทางเลือก
เป็นชื่อของไฟล์อินพุตรูปเรขาคณิต ซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น geom.dat.
-qchem [ชื่อไฟล์]
อ่านอินพุตในรูปแบบเอาต์พุต QCHEM โดยแต่ละบรรทัดประกอบด้วย atom
ตัวเลข สัญลักษณ์อะตอม และพิกัดคาร์ทีเซียน (ในอังสตรอม) ตัวเลือก
อาร์กิวเมนต์คือชื่อของไฟล์อินพุตเรขาคณิตซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น geom.dat.
-xyz [ชื่อไฟล์]
อ่านอินพุตในรูปแบบเอาต์พุต XYZ บรรทัดแรกมีจำนวน
อะตอมและบรรทัดที่สองคือบรรทัดแสดงความคิดเห็น บรรทัดถัดมาแต่ละบรรทัดมี
สัญลักษณ์อะตอมและพิกัดคาร์ทีเซียน XY และ Z (ในอังสตรอม) ตัวเลือก
อาร์กิวเมนต์คือชื่อของไฟล์อินพุตเรขาคณิตซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น geom.dat.
-อุ๊บ พิมพ์มุมนอกระนาบ โดยที่มุม abcd ถูกกำหนดเป็นมุมที่เกิดขึ้น
โดยโฆษณาเวกเตอร์และระนาบที่กำหนดโดยอะตอม b, c และ d
DO_OOP = บูล
เช่นเดียวกับสวิตช์บรรทัดคำสั่ง -oop ที่อธิบายไว้ข้างต้น
ไอโซโทป = เมทริกซ์ of เรียล/สตริง
ใช้เพื่อระบุมวลที่จะใช้ในการคำนวณหาจุดศูนย์กลางมวลและ
ค่าคงที่การหมุน มีอาร์เรย์หนึ่งรายการสำหรับไอโซโทเมอร์แต่ละตัวที่จะคำนวณ
อาร์เรย์สามารถผสมตัวเลขทศนิยมกับสตริงที่กำหนดไอโซโทปได้
หากไม่ได้ระบุอาร์เรย์นี้และมี file11.dat อยู่ มวลจะเป็น
ได้จากการแปลงเลขอะตอมในไฟล์ 11 ถ้ามวลชนไม่ได้รับโดย
ISOTOPES หรือตามไฟล์ 11 จะไม่มีการคำนวณปริมาณที่เกี่ยวข้องกับมวล
-g [ชื่อไฟล์]
อ่านพิกัดคาร์ทีเซียนจากไฟล์อื่นที่ไม่ใช่ file11.dat ถ้าไม่ใช่ชื่อไฟล์
กำหนด ค่าเริ่มต้นคือ geom.dat ไฟล์สำรองจะถือว่าอยู่ในรูปแบบ
คล้ายกับ geom.dat ของ PSI เนื่องจากไฟล์ดังกล่าวไม่มีเลขอะตอม
โมเมนต์ของความเฉื่อยและค่าคงที่การหมุนจะไม่ถูกคำนวณหากตัวเลือกนี้
ถูกนำมาใช้.
READ_GEOM = บูล
ตัวเลือกนี้ใน input.dat บอก เรขาคณิต เพื่ออ่านเรขาคณิตจาก geom.dat ใน PSI
รูปแบบ geom.dat
-a พิมพ์พารามิเตอร์สำหรับระยะทางคู่ทั้งหมด
PRINT_ALL_DIST = บูล
เช่นเดียวกับแฟล็ก -a ที่อธิบายไว้ข้างต้น
-d ระยะทาง
พิมพ์เฉพาะพารามิเตอร์ที่เกี่ยวข้องกับคู่ของอะตอมที่น้อยกว่า ระยะทาง บอร์
ห่างกัน (ค่าเริ่มต้นคือ 4.0 bohr)
PRINT_DISTANCE = ความคุ้มค่า
เช่นเดียวกับแฟล็ก -d ที่อธิบายไว้ข้างต้น
-อังสตรอม
พิกัดอินพุตอยู่ในอังสตรอม ไม่ใช่บอร์
อังสตรอม = บูล
If TRUEพิกัดอินพุตอยู่ใน angstrom แทนที่จะเป็น bohr ค่าเริ่มต้นคือ
FALSE.
ตัวอย่างต่อไปนี้ใช้สำหรับการคำนวณข้อมูลทางเรขาคณิตสำหรับน้ำด้วย
ไอโซโทปที่แตกต่างกันหลายอย่าง เรขาคณิตอ่านจาก geom.dat มากกว่าจาก
ไฟล์11.dat
อัญมณี: (
read_geom = จริง
ไอโซโทป = (
(โอ้)
(แปลก)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 มิถุนายน 1998 เรขาคณิต(1)
ใช้ geom ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
