getcds.pl - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

getcds.pl - การแยก CDS จากรูปแบบคำอธิบายประกอบต่างๆ

เรื่องย่อ

getcds.pl [ตัวเลือก] ไฟล์อินพุต [ไฟล์เอาต์พุต] [ไฟล์อินพุต [ไฟล์เอาต์พุต] ...]

OPTIONS

ตัวเลือกรวมถึง:
เปลี่ยนเส้นทาง => เปิดใช้งานการเปลี่ยนเส้นทางที่รันไทม์ อธิบายไว้ด้านล่าง
บังคับ => อนุญาตให้เขียนไฟล์ .cds เปล่า

หาก [ไฟล์เอาต์พุต] ไม่เจาะจง ระบบจะใช้ "[ไฟล์อินพุต].cds"

มีมนต์ดำมากมายที่สามารถทำได้ด้วยไฟล์ .redirect ใช้การเปลี่ยนเส้นทาง
เพื่อแก้ไขพฤติกรรมทั่วไปและสามารถนำมาใช้ได้ทั่วโลก (ไฟล์ .redirect ใน
ไดเร็กทอรีเดียวกันกับ [input file]) และ/หรือตามแต่ละอินพุต ([input file].redirect)
การเปลี่ยนเส้นทางจะถูกอ่านตามลำดับเพื่อให้เอฟเฟกต์ต่ออินพุตถูกนำไปใช้กับ global
ผลกระทบ

หากคุณปล่อยชื่อไฟล์ตามที่มาจากการดาวน์โหลด Ensembl ไฟล์ Ensembl DB . ที่เหมาะสม
แหล่งที่มาจะถูกเดาโดยอัตโนมัติ

การเปลี่ยนเส้นทางที่เป็นไปได้:

CDS - เปลี่ยนประเภทแท็กที่จะค้นหาเมื่อเรียกใช้ไฟล์ bioperl (ค่าเริ่มต้นคือ CDS)
offset - เพิ่มค่าให้กับทุกพิกัด
+bioperl - ด้านบนของข้อมูลที่อิงตามการเปลี่ยนเส้นทางอื่นๆ แยกคำอธิบายประกอบผ่าน bioperl
(การใช้โปรแกรมแยกวิเคราะห์ bioperl ปิดการใช้งานโดยตรงโดยค่าเริ่มต้น)
ensembl_build - ดึงข้อมูลจากทั้งมวล (ในสคีมาที่ระบุ)
ucsc_build - ดึงข้อมูลจาก (ในสคีมาที่ระบุ)
murasaki_synth - สังเคราะห์ข้อมูลคำอธิบายประกอบสำหรับแต่ละจุดยึดจากการจัดตำแหน่ง (ถ้าเป็น
ไดเร็กทอรี จากนั้นแต่ละไฟล์อินพุต (เช่น input.lav) จะถูกตรวจสอบหา .anchors . ที่สอดคล้องกัน
ไฟล์ (เช่น input.anchors)
หลัก - แท็กประเภทใดที่จะสร้างจากข้อมูลที่รวบรวมจากข้อมูลภายนอก (เช่น:
วงดนตรี ucsc หรือมุราซากิ) ค่าเริ่มต้นจะเหมือนกับการเปลี่ยนเส้นทางซีดี
โครโมโซม - บังคับโครโมโซมเฉพาะแทนที่จะมาจากชื่อไฟล์
gtf - แยกคำอธิบายประกอบจากไฟล์ .gtf

ใช้ getcds.pl ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net