นี่คือคำสั่ง glam2 ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
glam2 - การจัดตำแหน่ง Motifs ในพื้นที่ช่องว่าง
เรื่องย่อ
น่ามอง2 [ตัวเลือก] ตัวอักษร my_seqs.fa
ตัวอักษรอื่นที่ไม่ใช่ p or n ถูกตีความว่าเป็นชื่อของไฟล์ตัวอักษร
DESCRIPTION
GLAM2 เป็นชุดซอฟต์แวร์สำหรับค้นหาลวดลายตามลำดับ โดยทั่วไปจะเป็นกรดอะมิโนหรือ
ลำดับนิวคลีโอไทด์ แม่ลายคือรูปแบบลำดับที่เกิดขึ้นซ้ำ: ตัวอย่างทั่วไปคือ
กล่องทาทาและลวดลาย prenylation ของ CAAX นวัตกรรมหลักของ GLAM2 คือช่วยให้
การแทรกและการลบในลวดลาย
OPTIONS (ค่าเริ่มต้น การตั้งค่า)
-h
แสดงตัวเลือกทั้งหมดและการตั้งค่าเริ่มต้น
-o
ไฟล์เอาต์พุต (แย่).
-r
จำนวนการรันการจัดตำแหน่ง (10).
-n
สิ้นสุดการทำงานแต่ละครั้งหลังจากทำซ้ำหลายครั้งโดยไม่มีการปรับปรุง (10000).
-2
ตรวจสอบทั้งสองเส้น - ส่วนประกอบไปข้างหน้าและย้อนกลับ
-z
จำนวนลำดับขั้นต่ำในการจัดตำแหน่ง (2).
-a
จำนวนคอลัมน์ที่จัดตำแหน่งขั้นต่ำ (2).
-b
จำนวนคอลัมน์ที่จัดตำแหน่งสูงสุด (50).
-w
จำนวนคอลัมน์ที่จัดตำแหน่งเริ่มต้น (20).
-d
ไฟล์ผสม Dirichlet
-D
การลบจำนวนหลอก (0.1).
-E
นามแฝงที่ไม่มีการลบ (2.0).
-I
การนับเทียมแบบแทรก (0.02).
-J
ไม่มีการแทรก pseudocount (1.0).
-q
น้ำหนักสำหรับปริมาณเรซิดิวที่จำเพาะต่อชุดทั่วไปเทียบกับชุดลำดับ (1e + 99).
-t
อุณหภูมิเริ่มต้น (1.2).
-c
คูลลิ่งแฟคเตอร์ต่อการวนซ้ำ n ครั้ง (1.44).
-u
ขอบล่างของอุณหภูมิ (0.1).
-p
พิมพ์ข้อมูลความคืบหน้าในการทำซ้ำแต่ละครั้ง
-m
การสุ่มตัวอย่างคอลัมน์ต่อการย้ายการสุ่มตัวอย่างไซต์ (1.0).
-x
อัลกอริทึมการสุ่มตัวอย่างไซต์: 0=รวดเร็ว 1=ช้า 2=FFT (0).
-s
เมล็ดพันธุ์สำหรับตัวเลขสุ่มหลอก (1).
ใช้ glam2 ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net