นี่คือคำสั่ง gmod_fasta2gff3.plp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
$O - แปลง FASTA เป็น GFF3 . แบบง่าย
เรื่องย่อ
% $O [ตัวเลือก]
บรรทัดคำสั่ง OPTIONS
--fasta_dir ไดเร็กทอรีมีไฟล์ fasta
(ค่าเริ่มต้น: ./fasta)
--gfffilename ชื่อของไฟล์ GFF3 ที่จะสร้าง
(ค่าเริ่มต้น: ./out.gff)
--type SO พิมพ์เพื่อกำหนดให้กับแต่ละคุณสมบัติ
(ค่าเริ่มต้น: EST)
--source ข้อความที่จะปรากฏในคอลัมน์ต้นทาง
(ค่าเริ่มต้น: .)
--attributes แท็กเพิ่มเติม=คู่ค่าที่จะปรากฏในคอลัมน์ 9
--nosequence ระงับส่วน ##FASTA (เช่น don't
พิมพ์ลำดับดีเอ็นเอ)
DESCRIPTION
สคริปต์นี้ใช้คอลเลกชันของไฟล์ fasta และแปลงเป็น GFF3 . แบบง่าย
เหมาะสำหรับบรรจุลงในชาโดว์
ผู้เขียน
สก็อตต์ เคน[ป้องกันอีเมล]>
ลิขสิทธิ์ (c) 2006
ห้องสมุดนี้เป็นซอฟต์แวร์ฟรี คุณสามารถแจกจ่ายซ้ำและ/หรือแก้ไขภายใต้รายการเดียวกันได้
เงื่อนไขเป็น Perl เอง
ใช้ gmod_fasta2gff3.plp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
