gmx_d - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx - ชุดจำลองพลวัตของโมเลกุล

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ [-[ไม่]ห่า] [-[ไม่]เงียบ] [-[ไม่มี]รุ่น] [-[ไม่มี]ลิขสิทธิ์] [-Nice ]
[-[ไม่]สำรอง]

DESCRIPTION

GROMACS เป็นชุดโปรแกรมที่มีคุณสมบัติครบถ้วนสำหรับการจำลองไดนามิกของโมเลกุล
คือ เพื่อจำลองพฤติกรรมของระบบที่มีอนุภาคนับร้อยถึงล้านโดยใช้
สมการการเคลื่อนที่ของนิวตัน ส่วนใหญ่ใช้สำหรับการวิจัยเกี่ยวกับโปรตีน ไขมัน และ
โพลีเมอร์ แต่สามารถนำไปใช้กับการวิจัยทางเคมีและชีวภาพที่หลากหลาย
คำถาม

OPTIONS

ตัวเลือกอื่น:

-[ไม่]ห่า (ไม่มี)
พิมพ์ความช่วยเหลือและออก

-[ไม่]เงียบ (ไม่มี)
อย่าพิมพ์ข้อมูลการเริ่มต้นหรือคำพูดทั่วไป

-[ไม่มี]รุ่น (ไม่มี)
พิมพ์ข้อมูลเวอร์ชันเพิ่มเติมและออก

-[ไม่มี]ลิขสิทธิ์ (ใช่)
พิมพ์ข้อมูลลิขสิทธิ์เมื่อเริ่มต้น

-Nice (19)
ตั้งค่า nicelevel (ค่าเริ่มต้นขึ้นอยู่กับคำสั่ง)

-[ไม่]สำรอง (ใช่)
เขียนข้อมูลสำรองหากมีไฟล์เอาต์พุต

GMX คำสั่ง

คำสั่งต่อไปนี้สามารถใช้ได้ โปรดดูหน้าคนของพวกเขาหรือ GMX
ช่วย สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

เส้นโคจร การวิเคราะห์
gmx-ยุ่งเหยิง(1)
คำนวณมุม

gmx-ระยะทาง(1)
คำนวณระยะทางระหว่างคู่ของตำแหน่ง

gmx-freevolume(1)
คำนวณปริมาณฟรี

gmx-pairist(1)
คำนวณระยะทางเป็นคู่ระหว่างกลุ่มของตำแหน่ง

gmx-rdf(1)
คำนวณฟังก์ชันการกระจายแนวรัศมี

gmx-sasa(1)
พื้นที่ผิวที่เข้าถึงตัวทำละลายได้

gmx-เลือก(1)
พิมพ์ข้อมูลทั่วไปเกี่ยวกับการเลือก

ฝ่ายผลิต โทโพโลยี และ พิกัด
gmx-editconf(1)
แก้ไขช่องและเขียนกลุ่มย่อย

gmx-x2top(1)
สร้างโทโพโลยีดั้งเดิมจากพิกัด

gmx-solvate(1)
แก้ปัญหาระบบ

gmx-insert-โมเลกุล(1)
แทรกโมเลกุลลงในตำแหน่งว่างที่มีอยู่

gmx-genconf(1)
คูณรูปแบบในทิศทาง 'สุ่ม'

gmx-genion(1)
สร้างโมโนอะตอมมิกอิออนในตำแหน่งที่เอื้ออำนวย

gmx-genrestr(1)
สร้างการจำกัดตำแหน่งหรือข้อจำกัดระยะทางสำหรับกลุ่มดัชนี

gmx-pdb2gmx(1)
แปลงไฟล์พิกัดเป็นโทโพโลยีและไฟล์พิกัดที่สอดคล้องกับ FF

เล่น a จำลอง
gmx-gropp(1)
สร้างไฟล์อินพุตการทำงาน

gmx-mdrun(1)
ทำการจำลอง ทำการวิเคราะห์โหมดปกติหรือลดพลังงาน

gmx-แปลง-tpr(1)
สร้างไฟล์ run-input ที่แก้ไขแล้ว

กำลังดู วิถี
gmx-nmtraj(1)
สร้างวิถีการสั่นเสมือนจาก eigenvector

gmx-มุมมอง(1)
ดูวิถีบนเทอร์มินัล X-Windows

การประมวลผล พลังงาน
gmx-enemat(1)
แยกเมทริกซ์พลังงานออกจากไฟล์พลังงาน

gmx-พลังงาน(1)
เขียนพลังงานไปยังไฟล์ xvg และแสดงค่าเฉลี่ย

gmx-mdrun(1)
(Re) คำนวณพลังงานสำหรับเฟรมวิถีด้วย -rerun

แปลง ไฟล์
gmx-editconf(1)
แปลงและจัดการไฟล์โครงสร้าง

gmx-eneconv(1)
แปลงไฟล์พลังงาน

gmx-ซิกปส์(1)
แปลงชุดค่าผสม c6/12 หรือ c6/cn เป็นและกลับจาก sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
เชื่อมไฟล์วิถี

gmx-trjconv(1)
แปลงและจัดการไฟล์วิถี

gmx-xpm2ps(1)
แปลงเมทริกซ์ XPM (XPixelMap) เป็น postscript หรือ XPM

เครื่องมือ
gmx-วิเคราะห์(1)
วิเคราะห์ชุดข้อมูล

gmx-dyndom(1)
สอดแทรกและคาดการณ์การหมุนของโครงสร้าง

gmx-กรอง(1)
ตัวกรองความถี่ มีประโยชน์สำหรับการสร้างภาพยนตร์ที่ราบรื่น

gmx-โกหก(1)
ประมาณค่าพลังงานอิสระจากผลรวมเชิงเส้น

gmx-morph(1)
สอดแทรกเป็นเส้นตรงระหว่างรูปแบบต่างๆ

gmx-pme_error(1)
ประเมินข้อผิดพลาดของการใช้ PME กับไฟล์อินพุตที่กำหนด

gmx-แชม(1)
คำนวณพลังงานอิสระหรือฮิสโตแกรมอื่นๆ จากฮิสโตแกรม

gmx-เชิงพื้นที่(1)
คำนวณฟังก์ชันการกระจายเชิงพื้นที่

gmx-traj(1)
พล็อต x, v, f, กล่อง, อุณหภูมิ และพลังงานการหมุนจากวิถี

gmx-tune_pme(1)
เวลา mdrun เป็นฟังก์ชันของ PME จัดอันดับเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการตั้งค่า

gmx-wham(1)
ทำการวิเคราะห์ฮิสโตแกรมแบบถ่วงน้ำหนักหลังจากการสุ่มตัวอย่างร่ม

gmx-ตรวจสอบ(1)
ตรวจสอบและเปรียบเทียบไฟล์

gmx-การถ่ายโอนข้อมูล(1)
ทำให้ไฟล์ไบนารีมนุษย์สามารถอ่านได้

gmx-make_ndx(1)
สร้างไฟล์ดัชนี

gmx-mk_angndx(1)
สร้างไฟล์ดัชนีสำหรับ 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
จัดลำดับโมเลกุลตามระยะห่างของพวกมันไปยังกลุ่ม

gmx-xpm2ps(1)
แปลงเมทริกซ์ XPM (XPixelMap) เป็น postscript หรือ XPM

ระยะทาง ระหว่าง โครงสร้าง
gmx-คลัสเตอร์(1)
โครงสร้างคลัสเตอร์

gmx-confrms(1)
ใส่สองโครงสร้างและคำนวณ RMSD

gmx-rms(1)
คำนวณ RMSD ด้วยโครงสร้างอ้างอิงและเมทริกซ์ RMSD

gmx-rmsf(1)
คำนวณความผันผวนของอะตอม

ระยะทาง in โครงสร้าง เกิน เวลา
gmx-mindist(1)
คำนวณระยะทางขั้นต่ำระหว่างสองกลุ่ม

gmx-mdmat(1)
คำนวณแผนที่สัมผัสสารตกค้าง

gmx-polystat(1)
คำนวณคุณสมบัติคงที่ของพอลิเมอร์

gmx-rmsdist(1)
คำนวณระยะทางคู่อะตอมเฉลี่ยด้วยกำลัง -2, -3 หรือ -6

มวล การกระจาย คุณสมบัติ เกิน เวลา
gmx-ไจเรต(1)
คำนวณรัศมีการหมุน

gmx-msd(1)
คำนวณการกระจัดกำลังสองเฉลี่ย

gmx-polystat(1)
คำนวณคุณสมบัติคงที่ของพอลิเมอร์

gmx-rdf(1)
คำนวณฟังก์ชันการกระจายแนวรัศมี

gmx-rotacf(1)
คำนวณฟังก์ชันสหสัมพันธ์การหมุนของโมเลกุล

gmx-rotmat(1)
พล็อตเมทริกซ์การหมุนเพื่อให้พอดีกับโครงสร้างอ้างอิง

gmx-sans(1)
คำนวณสเปกตรัมการกระเจิงนิวตรอนมุมเล็ก

gmx-saxs(1)
คำนวณสเปกตรัมการกระเจิงเอ็กซ์เรย์มุมเล็ก

gmx-traj(1)
พล็อต x, v, f, กล่อง, อุณหภูมิ และพลังงานการหมุนจากวิถี

gmx-vanhove(1)
คำนวณ Van Hove displacement และฟังก์ชันสหสัมพันธ์

วิเคราะห์ ถูกผูกมัด ปฏิสัมพันธ์
gmx-มุม(1)
คำนวณการแจกแจงและความสัมพันธ์ของมุมและไดฮีดรัล

gmx-mk_angndx(1)
สร้างไฟล์ดัชนีสำหรับ 'gmx angle'

โครงสร้าง คุณสมบัติ
gmx-anadock(1)
โครงสร้างคลัสเตอร์จากการทำงาน Autodock

gmx-มัด(1)
วิเคราะห์กลุ่มของแกน เช่น ลานเกลียว

gmx-คลัสเตอร์(1)
คำนวณการกระจายขนาดของกระจุกอะตอม

gmx-disre(1)
วิเคราะห์ข้อจำกัดระยะทาง

gmx-hbond(1)
คำนวณและวิเคราะห์พันธะไฮโดรเจน

gmx-คำสั่ง(1)
คำนวณพารามิเตอร์ลำดับต่ออะตอมสำหรับหางคาร์บอน

gmx-ครูใหญ่(1)
คำนวณแกนหลักของความเฉื่อยสำหรับหมู่อะตอม

gmx-rdf(1)
คำนวณฟังก์ชันการกระจายแนวรัศมี

gmx-saltbr(1)
คำนวณสะพานเกลือ

gmx-sorient(1)
วิเคราะห์การวางแนวตัวทำละลายรอบ ๆ ตัวถูกละลาย

gmx-spol(1)
วิเคราะห์การวางแนวไดโพลของตัวทำละลายและโพลาไรเซชันรอบๆ ตัวถูกละลาย

เกี่ยวกับการเคลื่อนไหว คุณสมบัติ
gmx-บาร์(1)
คำนวณค่าประมาณความแตกต่างของพลังงานฟรีผ่านอัตราส่วนการยอมรับของเบนเน็ตต์

gmx-ปัจจุบัน(1)
คำนวณค่าคงที่ไดอิเล็กตริกและฟังก์ชันสหสัมพันธ์อัตโนมัติในปัจจุบัน

gmx-dos(1)
วิเคราะห์ความหนาแน่นของรัฐและคุณสมบัติตามนั้น

gmx-dyecoupl(1)
ดึงไดนามิกของสีย้อมออกจากวิถี

gmx-ครูใหญ่(1)
คำนวณแกนหลักของความเฉื่อยสำหรับหมู่อะตอม

gmx-tcaf(1)
คำนวณความหนืดของของเหลว

gmx-traj(1)
พล็อต x, v, f, กล่อง, อุณหภูมิ และพลังงานการหมุนจากวิถี

gmx-vanhove(1)
คำนวณ Van Hove displacement และฟังก์ชันสหสัมพันธ์

gmx-velac(1)
คำนวณฟังก์ชันสหสัมพันธ์ความเร็วอัตโนมัติ

ไฟฟ้าสถิต คุณสมบัติ
gmx-ปัจจุบัน(1)
คำนวณค่าคงที่ไดอิเล็กตริกและฟังก์ชันสหสัมพันธ์อัตโนมัติในปัจจุบัน

gmx-อิเล็กทริก(1)
คำนวณค่าคงที่ไดอิเล็กตริกที่ขึ้นกับความถี่

gmx-ไดโพล(1)
คำนวณไดโพลทั้งหมดบวกความผันผวน

gmx-ศักยภาพ(1)
คำนวณศักย์ไฟฟ้าสถิตทั่วกล่อง

gmx-spol(1)
วิเคราะห์การวางแนวไดโพลของตัวทำละลายและโพลาไรเซชันรอบๆ ตัวถูกละลาย

gmx-genion(1)
สร้างโมโนอะตอมมิกอิออนในตำแหน่งที่เอื้ออำนวย

โปรตีนจำเพาะ การวิเคราะห์
gmx-do_dssp(1)
กำหนดโครงสร้างรองและคำนวณพื้นที่ผิวที่ตัวทำละลายเข้าถึงได้

gmx-ไค(1)
คำนวณทุกสิ่งที่คุณอยากรู้เกี่ยวกับพลังชี่และไดฮีดรัลอื่น ๆ

gmx-เกลียว(1)
คำนวณคุณสมบัติพื้นฐานของอัลฟาเฮลิซ

gmx-helixorient(1)
คำนวณระยะพิทช์ / การดัด / การหมุน / การวางแนวภายในลาน

gmx-พระราม(1)
คำนวณแผนรามาจันทรัน

gmx-ล้อ(1)
พล็อตล้อลาน

อินเตอร์เฟซ
gmx-มัด(1)
วิเคราะห์กลุ่มของแกน เช่น ลานเกลียว

ความหนาแน่น gmx(1)
คำนวณความหนาแน่นของระบบ

gmx-densmap(1)
คำนวณแผนที่ความหนาแน่นระนาบ 2 มิติหรือแนวรัศมีแนวรัศมี

gmx-densorder(1)
คำนวณความผันผวนของพื้นผิว

gmx-h2คำสั่ง(1)
คำนวณทิศทางของโมเลกุลของน้ำ

gmx-hydorder(1)
คำนวณพารามิเตอร์จัตุรมุขรอบอะตอมที่กำหนด

gmx-คำสั่ง(1)
คำนวณพารามิเตอร์ลำดับต่ออะตอมสำหรับหางคาร์บอน

gmx-ศักยภาพ(1)
คำนวณศักย์ไฟฟ้าสถิตทั่วกล่อง

ความแปรปรวนร่วม การวิเคราะห์
gmx-anaeig(1)
วิเคราะห์เวกเตอร์ลักษณะเฉพาะ

gmx-covar(1)
คำนวณและแนวทแยงของเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วม

gmx-make_edi(1)
สร้างไฟล์อินพุตสำหรับการสุ่มตัวอย่างไดนามิกที่จำเป็น

ปกติ โหมด
gmx-anaeig(1)
วิเคราะห์โหมดปกติ

gmx-nmeig(1)
ทำแนวทแยง Hessian สำหรับการวิเคราะห์โหมดปกติ

gmx-nmtraj(1)
สร้างวิถีการสั่นเสมือนจาก eigenvector

gmx-nmens(1)
สร้างชุดโครงสร้างจากโหมดปกติ

gmx-gropp(1)
สร้างไฟล์อินพุตการทำงาน

gmx-mdrun(1)
ค้นหาพลังงานศักย์ขั้นต่ำและคำนวณเฮสเซียน

ลิขสิทธิ์

2015 ทีมพัฒนา GROMACS

ใช้ gmx_d ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net