gmx-density - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-density - คำนวณความหนาแน่นของระบบ

เรื่องย่อ

ความหนาแน่น gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-อี [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-เดนส์ ] [-ง ] [-[ไม่มี]ศูนย์]
[-[ไม่]สม] [-[ไม่มี]ญาติ]

DESCRIPTION

GMX คำนวณความหนาแน่นบางส่วนของกล่องโดยใช้ไฟล์ดัชนี

สำหรับความหนาแน่นรวมของการจำลอง NPT ให้ใช้ GMX พลังงาน แทน.

ตัวเลือกเสริม (Option) -ศูนย์ ทำการ Binning ฮิสโตแกรมที่สัมพันธ์กับจุดศูนย์กลางของกฎเกณฑ์
กลุ่มในกล่องพิกัดที่แน่นอน หากคุณกำลังคำนวณโปรไฟล์ตามกล่องแกน Z
มิติ bZ เอาต์พุตจะอยู่ที่ -bZ/2 ถึง bZ/2 หากคุณจัดกึ่งกลางตามระบบทั้งหมด
โปรดทราบว่าลักษณะการทำงานนี้มีการเปลี่ยนแปลงใน GROMACS 5.0; เวอร์ชันก่อนหน้าเพียงดำเนินการ a
สแตติก binning ใน (0,bZ) และเปลี่ยนเอาต์พุต ตอนนี้เราคำนวณศูนย์กลางสำหรับแต่ละเฟรม
และถังขยะใน (-bZ/2,bZ/2)

ตัวเลือกเสริม (Option) -ซิม สมมาตรเอาต์พุตรอบจุดศูนย์กลาง สิ่งนี้จะเปิดโดยอัตโนมัติ
-ศูนย์ ด้วย. ตัวเลือก -ญาติ ทำการ binning ในญาติแทนที่จะเป็นกล่องแน่นอน
พิกัดและปรับขนาดผลลัพธ์สุดท้ายด้วยขนาดกล่องเฉลี่ยตามผลลัพธ์
แกน. สามารถใช้ร่วมกับ -ศูนย์.

ความหนาแน่นอยู่ในหน่วย kg/m^3 และความหนาแน่นของตัวเลขหรือความหนาแน่นของอิเล็กตรอนก็สามารถเป็น
คำนวณแล้ว สำหรับความหนาแน่นของอิเล็กตรอน ไฟล์อธิบายจำนวนอิเล็กตรอนสำหรับแต่ละตัว
ประเภทของอะตอมควรจัดให้มีโดยใช้ -อี. ควรมีลักษณะดังนี้:

2
ชื่ออะตอม = nreelectrons
ชื่ออะตอม = nreelectrons

บรรทัดแรกมีจำนวนบรรทัดที่จะอ่านจากไฟล์ ควรมี
บรรทัดสำหรับชื่ออะตอมที่ไม่ซ้ำกันแต่ละรายการในระบบของคุณ จำนวนอิเล็กตรอนสำหรับแต่ละอะตอมคือ
แก้ไขโดยประจุบางส่วนของอะตอม

ข้อควรพิจารณาที่สำคัญสำหรับ BILAYERS

สถานการณ์การใช้งานทั่วไปอย่างหนึ่งคือการคำนวณความหนาแน่นของกลุ่มต่างๆ
ข้ามลิปิดไบเลเยอร์ โดยทั่วไปแล้วแกน z จะเป็นทิศทางปกติ สั้น ๆ
การจำลอง ระบบขนาดเล็ก และขนาดกล่องคงที่นี้จะทำงานได้ดี แต่สำหรับมากกว่านั้น
bilayers ไขมันในกรณีทั่วไปอาจมีความซับซ้อน ปัญหาแรกที่ในขณะที่ทั้งสอง
โปรตีนและลิพิดมีปริมาณการอัดตัวต่ำ ลิพิดมีพื้นที่ค่อนข้างสูง
การบีบอัด ซึ่งหมายความว่ารูปร่างของกล่อง (ความหนา พื้นที่/ไขมัน) จะผันผวน
อย่างมากแม้กระทั่งสำหรับระบบที่ผ่อนคลายอย่างเต็มที่ เนื่องจาก GROMACS วางกล่องไว้ระหว่าง
จุดกำเนิดและพิกัดบวก ซึ่งหมายความว่า bilayer มีศูนย์กลางในกล่อง
จะเลื่อนขึ้น/ลงเล็กน้อยเนื่องจากความผันผวนเหล่านี้ และทำให้โปรไฟล์ของคุณเปื้อน ง่ายที่สุด
วิธีแก้ไข (หากต้องการข้อต่อแรงดัน) คือการใช้ -ศูนย์ ตัวเลือกที่
คำนวณโปรไฟล์ความหนาแน่นเทียบกับศูนย์กลางของกล่อง โปรดทราบว่าคุณสามารถ
ยังคงเน้นที่ส่วน bilayer แม้ว่าคุณจะมีระบบที่ไม่สมมาตรที่ซับซ้อนด้วย a
bilayer และพูดอีกอย่างคือโปรตีนเมมเบรน - จากนั้นผลลัพธ์ของเราจะมีค่ามากกว่าในหนึ่ง
ด้านข้างของการอ้างอิงแหล่งกำเนิด (กลาง)

แม้แต่การคำนวณที่อยู่ตรงกลางก็จะนำไปสู่การละเลงโปรไฟล์เอาต์พุตเช่น
ไขมันเองถูกบีบอัดและขยายตัว ในกรณีส่วนใหญ่คุณอาจต้องการสิ่งนี้ (ตั้งแต่
มันสอดคล้องกับการทดลองด้วยตาเปล่า) แต่ถ้าคุณต้องการดูรายละเอียดระดับโมเลกุล
คุณสามารถใช้ไฟล์ -ญาติ ตัวเลือกในการพยายามลบเอฟเฟกต์ของระดับเสียงให้มากขึ้น
ความผันผวน

สุดท้าย bilayers ขนาดใหญ่ที่ไม่อยู่ภายใต้แรงตึงผิวจะแสดง undulatory
ความผันผวนซึ่งมี 'คลื่น' ก่อตัวขึ้นในระบบ นี้เป็นพื้นฐาน
คุณสมบัติของระบบชีวภาพ และถ้าคุณเปรียบเทียบกับการทดลอง คุณน่าจะ
ต้องการรวมเอฟเฟกต์รอยเปื้อนเป็นคลื่น

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-อี [<.dat>] (electrons.dat) (เลือกได้)
ไฟล์ข้อมูลทั่วไป

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.xvg>] (ความหนาแน่น.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-d (ซ)
หาค่าปกติบนเมมเบรนในทิศทาง X, Y หรือ Z

-sl (50)
แบ่งกล่องตามจำนวนชิ้นนี้

-เดนส์ (มวล)
ความหนาแน่น: มวล จำนวน ประจุ อิเล็กตรอน

-ง (1)
จำนวนกลุ่มที่จะคำนวณความหนาแน่น

-[ไม่มี]ศูนย์ (ไม่มี)
ดำเนินการ binning สัมพันธ์กับศูนย์กลางของกล่อง (กำลังเปลี่ยน) มีประโยชน์สำหรับ
ไบเลเยอร์

-[ไม่]สม (ไม่มี)
สมมาตรความหนาแน่นตามแนวแกนเทียบกับจุดศูนย์กลาง มีประโยชน์สำหรับ
ไบเลเยอร์

-[ไม่มี]ญาติ (ไม่มี)
ใช้พิกัดสัมพัทธ์สำหรับการเปลี่ยนกล่องและเอาต์พุตมาตราส่วนตามขนาดเฉลี่ย

ที่รู้จักกัน ประเด็น

· เมื่อคำนวณความหนาแน่นของอิเล็กตรอน จะใช้ชื่ออะตอมแทนประเภท นี้ไม่ดี.

ใช้ gmx-density ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net