นี่คือคำสั่ง gmx-dipoles ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-dipoles - คำนวณไดโพลทั้งหมดบวกความผันผวน
เรื่องย่อ
gmx ไดโพล [- ที่สุด [<.edr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-ตอน [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]] [-g [<.xvg>]]
[-adip [<.xvg>]] [-dip3d [<.xvg>]] [-คอส [<.xvg>]]
[-ซม [<.xpm>]] [-แผ่นพื้น [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ตอนนี้] [-xvg ] [-ม ]
[-มูแม็กซ์ ] [-เอปไซลอนRF ] [-ข้าม ]
[-อุณหภูมิ ] [- คอร์ ] [-[ไม่มี]คู่] [-[ไม่]ควอด]
[-ncos ] [-แกน ] [-sl ]
[-gkratom ] [-gkratom2 ] [-rcmax ]
[-[ไม่]พี] [-nระดับ ] [-n องศา ]
[-แอคเฟลน ] [-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน] [-P ]
[-fitfn ] [-เริ่มต้นฟิต ] [-จบพอดี ]
DESCRIPTION
GMX ไดโพล คำนวณไดโพลทั้งหมดบวกความผันผวนของระบบจำลอง จากนี้
คุณสามารถคำนวณได้ เช่น ค่าคงที่ไดอิเล็กตริกสำหรับตัวกลางไดอิเล็กตริกต่ำ สำหรับโมเลกุลที่มี
ประจุสุทธิ ประจุสุทธิถูกลบที่จุดศูนย์กลางมวลของโมเลกุล
ไฟล์ Mtot.xvg ประกอบด้วยโมเมนต์ไดโพลทั้งหมดของเฟรม ส่วนประกอบ และ
บรรทัดฐานของเวกเตอร์ ไฟล์ aver.xvg มี <|mu|^2> และ | |^2 ในช่วง
การจำลอง ไฟล์ dipdist.xvg มีการกระจายโมเมนต์ไดโพลระหว่าง
การจำลอง ค่าของ -มูแม็กซ์ ใช้เป็นค่าสูงสุดในกราฟการกระจาย
นอกจากนี้ ฟังก์ชันไดโพล autocorrelation จะถูกคำนวณเมื่อ option - คอร์ is
ใช้แล้ว. ชื่อไฟล์เอาต์พุตถูกกำหนดด้วย the -c ตัวเลือก. ฟังก์ชันสหสัมพันธ์สามารถเป็น
เฉลี่ยทั่วทุกโมเลกุล (ตุ่น) ถูกพล็อตต่อโมเลกุลแยกกัน (โมลเซป) หรือจะเป็น
คำนวณจากโมเมนต์ไดโพลทั้งหมดของกล่องจำลอง (ทั้งหมด).
ตัวเลือกเสริม (Option) -g สร้างพล็อตของระยะทางขึ้นอยู่กับปัจจัย G Kirkwood เช่นเดียวกับ
โคไซน์เฉลี่ยของมุมระหว่างไดโพลตามฟังก์ชันของระยะทาง โครงเรื่อง
รวมถึง gOO และ hOO ตาม Nymand & Linse, J. Chem สรีรวิทยา 112 (2000) หน้า
6386-6395. ในแผนภาพเดียวกัน เรายังรวมพลังงานต่อสเกลที่คำนวณโดยหาค่า
ผลคูณภายในของไดโพลหารด้วยระยะทางถึงกำลังสาม
ตัวอย่าง
GMX ไดโพล - คอร์ ตุ่น -P 1 -o dip_sqr -ม 2.273 -มูแม็กซ์ 5.0
สิ่งนี้จะคำนวณฟังก์ชันความสัมพันธ์อัตโนมัติของไดโพลโมเลกุลโดยใช้ first
ลำดับพหุนาม Legendre ของมุมของเวกเตอร์ไดโพลและตัวมันเองในเวลาต่อมา สำหรับ
การคำนวณนี้จะใช้ 1001 เฟรม นอกจากนี้ ค่าคงที่ไดอิเล็กตริกจะเป็น
คำนวณโดยใช้ an -เอปไซลอนRF ของอินฟินิตี้ (ค่าเริ่มต้น) อุณหภูมิ 300 K (ค่าเริ่มต้น) และ
โมเมนต์ไดโพลเฉลี่ยของโมเลกุล 2.273 (SPC) สำหรับฟังก์ชันการกระจาย a
สูงสุด 5.0 จะถูกใช้
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
- ที่สุด [<.edr>] (ener.edr) (เลือกได้)
ไฟล์พลังงาน
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา
-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-o [<.xvg>] (Mtot.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-ตอน [<.xvg>] (epsilon.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-a [<.xvg>] (aver.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-d [<.xvg>] (dipdist.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์
-c [<.xvg>] (dipcorr.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์
-g [<.xvg>] (gkr.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์
-adip [<.xvg>] (adip.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์
-dip3d [<.xvg>] (dip3d.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์
-คอส [<.xvg>] (cosaver.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์
-ซม [<.xpm>] (cmap.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap
-แผ่นพื้น [<.xvg>] (แผ่นพื้น.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์
ตัวเลือกอื่น:
-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)
-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์
-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none
-ม (-1)
ไดโพลของโมเลกุลเดี่ยว (ใน Debye)
-มูแม็กซ์ (5)
ไดโพลสูงสุดใน Debye (สำหรับฮิสโตแกรม)
-เอปไซลอนRF (0)
เอปซิลอนของสนามปฏิกิริยาที่ใช้ระหว่างการจำลอง ซึ่งจำเป็นสำหรับไดอิเล็กตริก
การคำนวณคงที่ คำเตือน: 0.0 หมายถึงอินฟินิตี้ (ค่าเริ่มต้น)
-ข้าม (0)
ข้ามขั้นตอนในผลลัพธ์ (แต่ไม่ใช่ในการคำนวณ)
-อุณหภูมิ (300)
อุณหภูมิเฉลี่ยของการจำลอง (จำเป็นสำหรับการคำนวณค่าคงที่ไดอิเล็กตริก)
- คอร์ (ไม่มี)
ฟังก์ชันสหสัมพันธ์ในการคำนวณ: none, mol, molsep, total
-[ไม่มี]คู่ (ใช่)
คำนวณ |cos(ทีต้า)| ระหว่างโมเลกุลทุกคู่ อาจจะช้า
-[ไม่]ควอด (ไม่มี)
คำนึงถึงสี่เท่า
-ncos (1)
ต้องเป็น 1 หรือ 2 กำหนดว่า ถูกคำนวณระหว่างทั้งหมด
โมเลกุลในกลุ่มเดียวหรือระหว่างโมเลกุลในสองกลุ่มที่แตกต่างกัน นี้เปิดขึ้น
-g ธง.
-แกน (ซ)
หาค่าปกติในกล่องคำนวณในทิศทาง X, Y หรือ Z
-sl (10)
แบ่งกล่องออกเป็นชิ้นนี้
-gkratom (0)
ใช้อะตอมที่ n ของโมเลกุล (เริ่มจาก 1) เพื่อคำนวณระยะห่างระหว่าง
โมเลกุลมากกว่าจุดศูนย์กลางประจุ (เมื่อ 0) ในการคำนวณระยะทาง
ขึ้นอยู่กับปัจจัยเคิร์กวูด
-gkratom2 (0)
เช่นเดียวกับตัวเลือกก่อนหน้าในกรณีที่ ncos = 2 เช่นการโต้ตอบไดโพลระหว่างสอง
กลุ่มโมเลกุล
-rcmax (0)
ระยะทางสูงสุดที่จะใช้ในการกระจายแนวไดโพล (ด้วย ncos == 2) ถ้า
ศูนย์ จะใช้เกณฑ์ตามความยาวของกล่อง
-[ไม่]พี (ไม่มี)
พล็อต 'มุมบิด' ที่กำหนดเป็นการหมุนของเวกเตอร์ไดโพลสองตัวรอบ ๆ
เวกเตอร์ระยะห่างระหว่างสองโมเลกุลใน .xpm ไฟล์จาก -ซม
ตัวเลือก. โดยค่าเริ่มต้น โคไซน์ของมุมระหว่างไดโพลจะถูกพล็อต
-nระดับ (20)
จำนวนสีในเอาต์พุต cmap
-n องศา (90)
จำนวนหน่วยงานใน y-axis ในเอาต์พุต cmap (สำหรับ 180 องศา)
-แอคเฟลน (-1)
ความยาวของ ACF ค่าเริ่มต้นคือครึ่งหนึ่งของจำนวนเฟรม
-[ไม่]ทำให้เป็นมาตรฐาน (ใช่)
ทำให้ ACF เป็นปกติ
-P (0)
ลำดับพหุนาม Legendre สำหรับ ACF (0 หมายถึงไม่มี): 0, 1, 2, 3
-fitfn (ไม่มี)
ฟังก์ชันพอดี: ไม่มี, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-เริ่มต้นฟิต (0)
เวลาที่จะเริ่มความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์
-จบพอดี (-1)
เวลาที่สิ้นสุดความพอดีเลขชี้กำลังของฟังก์ชันสหสัมพันธ์ -1 คือจนถึง
ปลาย
ใช้ gmx-dipoles ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
