นี่คือคำสั่ง gmx-genconf ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-genconf - คูณรูปแบบในทิศทาง 'สุ่ม'
เรื่องย่อ
จีเอ็มเอ็กซ์ เจนคอนฟ [-f [<.gro/.g96/...>]] [-trj [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-nbox ] [-เขต ]
[- เมล็ด ] [-[ไม่]เน่า] [-[ไม่]สับเปลี่ยน] [-[ไม่] sort]
[-บล็อก ] [-nmolat ] [-แมกซ์รอท ]
[-[ไม่มี]เลขหมาย]
DESCRIPTION
GMX เจนคอนเฟอเรนซ์ คูณไฟล์พิกัดที่กำหนดโดยเพียงแค่วางซ้อนกันบนแต่ละไฟล์
อื่นๆ เหมือนเด็กเล็กกำลังเล่นบล็อคไม้ โปรแกรมสร้างกริดของ
ผู้ใช้กำหนดเอง สัดส่วน (-nbox) และคั่นจุดกริดด้วยช่องว่างพิเศษ
-เขต.
เมื่อตัวเลือก -เน่า ใช้โปรแกรมไม่ตรวจสอบการทับซ้อนกันระหว่างโมเลกุลบนกริด
คะแนน ขอแนะนำให้ทำกล่องในไฟล์อินพุตอย่างน้อยก็ใหญ่เท่ากับ
พิกัด + รัศมี van der Waals
หากให้ไฟล์เส้นทางที่เป็นทางเลือก จะไม่สร้างรูปแบบ แต่อ่านจาก
ไฟล์นี้และแปลอย่างเหมาะสมเพื่อสร้างกริด
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ tpr
-trj [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (เลือกได้)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
ไฟล์โครงสร้าง: เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK ENT โดยเฉพาะ
ตัวเลือกอื่น:
-nbox (1 1 1)
จำนวนกล่อง
-เขต (0 0 0)
ระยะห่างระหว่างกล่อง
- เมล็ด (0)
สุ่มตัวสร้าง seed หากสร้าง 0 จากเวลา
-[ไม่]เน่า (ไม่มี)
สุ่มหมุนรูปแบบ
-[ไม่]สับเปลี่ยน (ไม่มี)
สุ่มสับเปลี่ยนโมเลกุล
-[ไม่] sort (ไม่มี)
จัดเรียงโมเลกุลบน X coord
-บล็อก (1)
แบ่งกล่องเป็นบล็อคตามจำนวนซีพียูนี้
-nmolat (3)
จำนวนอะตอมต่อโมเลกุล ถือว่าเริ่มต้นจาก 0 ถ้าคุณตั้งค่านี้ผิด มัน
จะทำให้ระบบของคุณเสียหาย!
-แมกซ์รอท (180 180 180)
การหมุนแบบสุ่มสูงสุด
-[ไม่มี]เลขหมาย (ใช่)
รีนัมเบอร์สารตกค้าง
ที่รู้จักกัน ประเด็น
· โปรแกรมควรอนุญาตให้มีการกระจัดจุดขัดแตะแบบสุ่ม
ใช้ gmx-genconf ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
