gmx-mindist - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-mindist - คำนวณระยะทางต่ำสุดระหว่างสองกลุ่ม

เรื่องย่อ

นักคิด gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [-บน [<.xvg>]] [-o [<.ออก>]]
[-วัว [<.xtc/.trr/...>]] [หรือ [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-คุณ ] [-[ตอนนี้]
[-xvg ] [-[ไม่]เมทริกซ์] [-[ไม่]max] [-d ]
[-[ไม่มี]กลุ่ม] [-[ไม่]ปี่] [-[ไม่]แยก] [-ง ]
[-[ไม่]pbc] [-[ไม่]เวลาตอบสนอง] [-[ไม่]ชื่อพิมพ์]

DESCRIPTION

GMX นักคิด คำนวณระยะห่างระหว่างกลุ่มหนึ่งกับอีกกลุ่มหนึ่ง ทั้ง
ระยะทางขั้นต่ำ (ระหว่างคู่ของอะตอมจากกลุ่มที่เกี่ยวข้อง) และจำนวน
ผู้ติดต่อภายในระยะทางที่กำหนดจะถูกเขียนลงในไฟล์เอาต์พุตแยกกันสองไฟล์ กับ
-กลุ่ม เลือกการติดต่อของอะตอมในกลุ่มอื่นที่มีหลายอะตอมในกลุ่มแรก
ถูกนับเป็นผู้ติดต่อรายเดียวแทนที่จะเป็นผู้ติดต่อหลายราย กับ หรือ, ระยะทางต่ำสุดถึง
เรซิดิวแต่ละตัวในกลุ่มแรกถูกกำหนดและวางแผนเป็นฟังก์ชันของเรซิดิว
จำนวน.

ด้วยตัวเลือก -pi ระยะทางขั้นต่ำของกลุ่มไปยังภาพเป็นระยะจะถูกพล็อต นี่คือ
มีประโยชน์ในการตรวจสอบว่าโปรตีนเห็นภาพเป็นระยะระหว่างการจำลองหรือไม่ หนึ่งเดียว
พิจารณากะแต่ละทิศทาง รวม 26 กะ นอกจากนี้ยังวางแผน
ระยะทางสูงสุดภายในกลุ่มและความยาวของเวกเตอร์กล่องสามช่อง

Also GMX ระยะทาง และ GMX นักจับคู่ คำนวณระยะทาง

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (เลือกได้)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-od [<.xvg>] (mindist.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-บน [<.xvg>] (numcont.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-o [<.ออก>] (atm-pair.out) (เลือกได้)
ไฟล์เอาต์พุตทั่วไป

-วัว [<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) (เลือกได้)
วิถี: ความปีติยินดี TRR เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

หรือ [<.xvg>] (mindistres.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-คุณ (ป.ล.)
หน่วยของค่าเวลา: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่]เมทริกซ์ (ไม่มี)
คำนวณครึ่งเมทริกซ์ของระยะทางแบบกลุ่ม-กลุ่ม

-[ไม่]max (ไม่มี)
คำนวณ สูงสุด ระยะทางแทนขั้นต่ำ

-d (0.6)
ระยะทางในการติดต่อ

-[ไม่มี]กลุ่ม (ไม่มี)
นับรายชื่อที่มีหลายอะตอมในกลุ่มแรกเป็นหนึ่ง

-[ไม่]ปี่ (ไม่มี)
คำนวณระยะทางขั้นต่ำด้วยภาพเป็นระยะ

-[ไม่]แยก (ไม่มี)
แยกกราฟโดยที่เวลาเป็นศูนย์

-ง (1)
จำนวนกลุ่มรองเพื่อคำนวณระยะทางไปยังกลุ่มกลาง

-[ไม่]pbc (ใช่)
คำนึงถึงเงื่อนไขขอบเขตเป็นระยะ

-[ไม่]เวลาตอบสนอง (ไม่มี)
เมื่อเขียนระยะทางต่อสารตกค้าง ให้เขียนระยะทางสำหรับแต่ละจุดเวลา

-[ไม่]ชื่อพิมพ์ (ไม่มี)
เขียนชื่อสารตกค้าง

ใช้ gmx-mindist ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net