gmx-nmeig - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gmx-nmeig - ทำแนวทแยงมุมสำหรับการวิเคราะห์โหมดปกติ

เรื่องย่อ

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-ของ [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-กระดูก [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[ไม่]m] [- ประการแรก ] [-ล่าสุด ]
[-maxspec ] [-T ] [-[ไม่]คอนสตรัค] [-ความกว้าง ]

DESCRIPTION

GMX นเมก คำนวณเวกเตอร์ลักษณะเฉพาะ/ค่าของเมทริกซ์ (เฮสเซียน) ซึ่งสามารถเป็น
คำนวณด้วย GMX มดรัน. eigenvectors ถูกเขียนลงในไฟล์วิถี (-v)
โครงสร้างถูกเขียนขึ้นก่อนด้วย t=0 eigenvectors เขียนเป็นเฟรมด้วย
eigenvector number เป็นการประทับเวลา สามารถวิเคราะห์เวกเตอร์ลักษณะเฉพาะได้ด้วย GMX อนาอิก.
โครงสร้างของโครงสร้างสามารถสร้างขึ้นได้จากเวกเตอร์ลักษณะเฉพาะด้วย GMX เมนส์. เมื่อมวล
ใช้การถ่วงน้ำหนัก eigenvectors ที่สร้างขึ้นจะถูกปรับขนาดกลับไปเป็นคาร์ทีเซียนธรรมดา
พิกัดก่อนสร้างเอาต์พุต ในกรณีนี้จะไม่ตรงอีกต่อไป
มุมฉากในบรรทัดฐานคาร์ทีเซียนมาตรฐาน แต่ในบรรทัดฐานแบบถ่วงน้ำหนักพวกเขาจะเป็น

โปรแกรมนี้สามารถเลือกใช้ในการคำนวณการแก้ไขควอนตัมเพื่อความจุความร้อนและ
enthalpy โดยให้อาร์กิวเมนต์ไฟล์พิเศษ -qcorr. ดูคู่มือ GROMACS บทที่ 1
เพื่อดูรายละเอียด ผลลัพธ์รวมถึงการลบระดับความเป็นอิสระของฮาร์มอนิกตามที่กำหนด
อุณหภูมิ. การแก้ไขทั้งหมดจะถูกพิมพ์บนหน้าจอเทอร์มินัล ทางที่แนะนำ
ของการแก้ไขคือ:

GMX นเมก -s โทโพล.tpr -f นาโนเมตร.mtx - ประการแรก 7 -ล่าสุด 10000 -T 300 -qc [-constr]

การขอ -constr ควรใช้ตัวเลือกเมื่อใช้ข้อจำกัดพันธะระหว่างการจำลอง
สำหรับ ทั้งหมด โควาเลนต์ พันธบัตร. หากไม่เป็นเช่นนั้น คุณต้องวิเคราะห์
quant_corr.xvg ไฟล์ตัวเอง

เพื่อให้สิ่งต่าง ๆ มีความยืดหยุ่นมากขึ้น โปรแกรมยังสามารถพิจารณาไซต์เสมือนเมื่อ
การคำนวณการแก้ไขควอนตัม เมื่อเลือก -constr และ -qcที่ -เริ่ม และ -End ตัวเลือก
จะถูกตั้งค่าโดยอัตโนมัติเช่นกัน อีกครั้ง ถ้าคุณคิดว่าคุณรู้ดีขึ้น โปรดตรวจสอบ
eigenfreq.xvg เอาท์พุต

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.mtx>] (เฮสเซียน.mtx)
เมทริกซ์เฮสเซียน

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-ของ [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-กระดูก [<.xvg>] (สเปกตรัม.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
วิถีลูกที่แม่นยำเต็ม: TRR CPT ทง

ตัวเลือกอื่น:

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่]m (ใช่)
แบ่งองค์ประกอบของ Hessian ด้วยผลคูณของ ตร.ว(มวล) ของอะตอมที่เกี่ยวข้องก่อน
เส้นทแยงมุม ควรใช้สำหรับการวิเคราะห์ 'โหมดปกติ'

- ประการแรก (1)
eigenvector แรกที่จะเขียนออกไป

-ล่าสุด (50)
eigenvector สุดท้ายที่จะเขียนออกไป

-maxspec (4000)
ความถี่สูงสุด (1/ซม.) ที่ต้องพิจารณาในสเปกตรัม

-T (298.15)
อุณหภูมิสำหรับคำนวณความจุความร้อนควอนตัมและเอนทาลปีเมื่อใช้โหมดปกติ
การคำนวณเพื่อแก้ไขการจำลองแบบคลาสสิก

-[ไม่]คอนสตรัค (ไม่มี)
หากใช้ข้อจำกัดในการจำลองแต่ไม่ได้ใช้ในการวิเคราะห์โหมดปกติ
(นี่คือวิธีการที่แนะนำ) คุณจะต้องตั้งค่านี้สำหรับการคำนวณ
การแก้ไขควอนตัม

-ความกว้าง (1)
ความกว้าง (ซิกมา) ของยอดเกาส์เซียน (1/ซม.) เมื่อสร้างสเปกตรัม

ใช้ gmx-nmeig ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net