นี่คือคำสั่ง gmx-sasa ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-sasa - พื้นที่ผิวที่เข้าถึงตัวทำละลายได้
เรื่องย่อ
จีเอ็มเอ็กซ์ ซาซ่า [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [- แปลก [<.xvg>]] [หรือ [<.xvg>]] [-โอ [<.xvg>]]
[-โทรทัศน์ [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-คุณ ] [-xvg ] [-[ไม่]rmpbc]
[-[ไม่]pbc] [-เอสเอฟ ] [-เซลโพส ] [-สอบสวน ]
[-ดอทส์ ] [-[ไม่]โปรท] [-dgs ]
[- พื้นผิว ] [-เอาต์พุต ]
DESCRIPTION
GMX Sasa คำนวณพื้นที่ผิวที่ตัวทำละลายเข้าถึงได้ ดู Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C และ Scharf M (1995) J. Comput เคมี. 16, 273-284 สำหรับอัลกอริทึมที่ใช้ กับ
-q, สามารถสร้างพื้นผิว Connolly ได้เช่นกันในa .pdb ไฟล์ที่โหนดอยู่
แสดงเป็นอะตอมและขอบที่เชื่อมต่อโหนดที่ใกล้ที่สุดเป็นระเบียน CONECT - แปลก
ช่วยให้สามารถประมาณค่าพลังงานที่ปราศจากการละลายจากพลังงานการละลายต่ออะตอมต่อ
พื้นที่ผิวสัมผัส
โปรแกรมต้องการการเลือกการคำนวณพื้นผิวที่จะระบุด้วย
- พื้นผิว. สิ่งนี้ควรประกอบด้วยอะตอมที่ไม่ใช่ตัวทำละลายในระบบเสมอ พื้นที่ของ
กลุ่มนี้มีการคำนวณอยู่เสมอ หรือ -เอาต์พุต สามารถระบุตัวเลือกเพิ่มเติม
ซึ่งควรเป็นส่วนย่อยของกลุ่มการคำนวณ พื้นที่ที่ตัวทำละลายเข้าถึงได้สำหรับสิ่งเหล่านี้
กลุ่มยังถูกดึงออกจากพื้นผิวทั้งหมด
ค่าเฉลี่ยและส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานของพื้นที่เหนือวิถีสามารถคำนวณได้ต่อ
สารตกค้างและอะตอม (ตัวเลือก หรือ และ -โอ).
กับ -โทรทัศน์ ตัวเลือกที่สามารถคำนวณปริมาตรรวมและความหนาแน่นของโมเลกุลได้ กับ
-pbc (ค่าดีฟอลต์) คุณต้องแน่ใจว่าโมเลกุล/กลุ่มพื้นผิวของคุณไม่ถูกแยกออก
พีบีซี. มิฉะนั้น คุณจะได้ผลลัพธ์ที่ไม่สมเหตุสมผล โปรดพิจารณาด้วยว่า
รัศมีของโพรบปกติเหมาะสมในกรณีนี้ หรือว่าคุณอยากจะใช้หรือไม่ เช่น 0
พึงระลึกไว้เสมอว่าผลลัพธ์ของปริมาตรและความหนาแน่นนั้นใกล้เคียงกันมาก
ตัวอย่างเช่น ในน้ำแข็ง Ih เราสามารถใส่โมเลกุลของน้ำลงในรูพรุนได้อย่างง่ายดายซึ่งจะทำให้เกิด
ปริมาตรที่ต่ำเกินไป และพื้นที่ผิวและความหนาแน่นที่สูงเกินไป
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (เลือกได้)
วิถีอินพุตหรือการกำหนดค่าเดี่ยว: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (เลือกได้)
โครงสร้างอินพุต: tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์
-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
กลุ่มดัชนีพิเศษ
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-o [<.xvg>] (พื้นที่.xvg)
พื้นที่ทั้งหมดเป็นฟังก์ชันของเวลา
- แปลก [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (เลือกได้)
ประมาณการพลังงานปราศจากตัวทำละลายเป็นฟังก์ชันของเวลา
หรือ [<.xvg>] (resarea.xvg) (เลือกได้)
พื้นที่เฉลี่ยต่อสารตกค้าง
-โอ [<.xvg>] (atomarea.xvg) (เลือกได้)
พื้นที่เฉลี่ยต่ออะตอม
-โทรทัศน์ [<.xvg>] (volume.xvg) (เลือกได้)
ปริมาตรและความหนาแน่นรวมเป็นฟังก์ชันของเวลา
-q [<.pdb>] (คอนนอลลี่.pdb) (เลือกได้)
ไฟล์ PDB สำหรับพื้นผิวคอนนอลลี่
ตัวเลือกอื่น:
-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี
-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt == ครั้งแรก (ps)
-คุณ (ป.ล.)
หน่วยของค่าเวลา: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (เอ็กซ์มเกรซ)
การจัดรูปแบบพล็อต: none, xmgrace, xmgr
-[ไม่]rmpbc (ใช่)
ทำให้โมเลกุลสมบูรณ์สำหรับแต่ละเฟรม
-[ไม่]pbc (ใช่)
ใช้เงื่อนไขขอบเขตเป็นระยะสำหรับการคำนวณระยะทาง
-เอสเอฟ
ให้การเลือกจากไฟล์
-เซลโพส (อะตอม)
ตำแหน่งอ้างอิงการเลือก: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-สอบสวน (0.14)
รัศมีของโพรบตัวทำละลาย (นาโนเมตร)
-ดอทส์ (24)
จำนวนจุดต่อทรงกลม ยิ่งจำนวนจุดยิ่งมีความแม่นยำมากขึ้น
-[ไม่]โปรท (ใช่)
ส่งออกโปรตีนไปยัง Connolly .pdb ไฟล์ด้วย
-dgs (0)
ค่าเริ่มต้นสำหรับพลังงานที่ปราศจากตัวทำละลายต่อพื้นที่ (kJ/mol/nm^2)
- พื้นผิว
การเลือกการคำนวณพื้นผิว
-เอาต์พุต
การเลือกเอาท์พุต
ใช้ gmx-sasa ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
