gmx-sham - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gmx-sham - คำนวณพลังงานฟรีหรือฮิสโตแกรมอื่น ๆ จากฮิสโตแกรม

เรื่องย่อ

gmx หลอกลวง [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-เขต [<.xvg>]]
[-ฮิสโต [<.xvg>]] [- ถัง [<.ndx>]] [-ลพ [<.xpm>]]
[-ล [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[ตอนนี้] [-xvg ]
[-[ไม่มีเวลา] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[ไม่]ด] [-[ไม่]หลอก] [-แชม ]
[-พีมิน ] [-ติ่ม ] [-กริด ]
[-xmin ] [-xmax ] [-พีแม็กซ์ ]
[-gmax ] [-อีมิน ] [-อีแม็กซ์ ]
[-nระดับ ]

DESCRIPTION

GMX เสแสร้ง สร้างแผนภาพพลังงานฟรี เอนทาลปี และเอนโทรปีหลายมิติ GMX เสแสร้ง อ่าน
หนึ่งหรือมากกว่า .xvg ไฟล์และวิเคราะห์ชุดข้อมูล วัตถุประสงค์พื้นฐานของ GMX เสแสร้ง คือการวางแผน
ภูมิทัศน์พลังงานกิ๊บส์ฟรี (ตัวเลือก -ล) โดย Bolzmann พลิกกลับหลายมิติ
ฮิสโตแกรม (ตัวเลือก -ลพ) แต่ก็สามารถสร้างเอนทาลปีได้ (ตัวเลือก -lsh) และเอนโทรปี (ตัวเลือก
-lss) แปลง สามารถสร้างฮิสโตแกรมสำหรับปริมาณใดๆ ที่ผู้ใช้จัดหาได้ เส้นใน
ไฟล์อินพุตอาจเริ่มต้นด้วยเวลา (ดูตัวเลือก -เวลา) และจำนวน y-ค่าอาจ
ติดตาม. สามารถอ่านได้หลายชุดเมื่อคั่นด้วย & (ตัวเลือก -n), ในเรื่องนี้
กรณีเดียวเท่านั้น y-ค่าจะถูกอ่านจากแต่ละบรรทัด ทุกบรรทัดที่ขึ้นต้นด้วย # และ @ are
ข้ามไป

ตัวเลือกเสริม (Option) -ge สามารถใช้ในการจัดหาไฟล์ที่มีพลังงานฟรีเมื่อทั้งมวลไม่ใช่
Boltzmann ทั้งมวล แต่ต้องลำเอียงด้วยพลังงานอิสระนี้ ค่าพลังงานฟรีหนึ่งค่าคือ
ที่จำเป็นสำหรับจุดข้อมูล (หลายมิติ) แต่ละจุดใน -f อินพุต

ตัวเลือกเสริม (Option) -ene สามารถใช้ในการจัดหาไฟล์ที่มีพลังงาน พลังงานเหล่านี้ถูกใช้เป็น
ฟังก์ชันการถ่วงน้ำหนักในวิธีการวิเคราะห์ฮิสโตแกรมเดียวโดย Kumar et al เมื่อไหร่
มีการระบุอุณหภูมิ (เป็นคอลัมน์ที่สองในไฟล์) การให้น้ำหนักแบบทดลอง
มีการใช้รูปแบบ นอกจากนี้ vales ยังใช้สำหรับทำแปลงเอนทาลปีและเอนโทรปี

ด้วยตัวเลือก -ติ่ม, ขนาดสามารถกำหนดระยะทางได้ เมื่อระยะทางเท่ากับ 2- หรือ
3 มิติ เส้นรอบวงหรือพื้นผิวที่สุ่มตัวอย่างโดยอนุภาคสองตัวเพิ่มขึ้นด้วย
ระยะทางที่เพิ่มขึ้น ขึ้นอยู่กับว่าต้องการแสดงอะไร สามารถเลือกแก้ไขได้
ฮิสโตแกรมและพลังงานอิสระสำหรับเอฟเฟกต์โวลุ่มนี้ ความน่าจะเป็นถูกทำให้เป็นมาตรฐานโดย r
และ r^2 สำหรับมิติที่ 2 และ 3 ตามลำดับ ค่า -1 ใช้เพื่อบ่งชี้ an
มุมเป็นองศาระหว่างเวกเตอร์สองตัว: การทำให้เป็นมาตรฐานของบาป (มุม) จะถูกนำไปใช้ หมายเหตุ
สำหรับมุมระหว่างเวกเตอร์ ผลคูณภายในหรือโคไซน์คือปริมาณธรรมชาติถึง
ใช้เพราะจะสร้างถังที่มีปริมาตรเท่ากัน

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-f [<.xvg>] (กราฟ.xvg)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-เขต [<.xvg>] (ener.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

-ฮิสโต [<.xvg>] (แก้ไข.xvg) (เลือกได้)
xvgr/xmgr ไฟล์

- ถัง [<.ndx>] (bindex.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

-ลพ [<.xpm>] (prob.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-ล [<.xpm>] (gibbs.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-lsh [<.xpm>] (เอนทัลปี.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-lss [<.xpm>] (เอนโทรปี.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (เลือกได้)
ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน

-g [<.log>] (shamlog.log) (เลือกได้)
ล็อกไฟล์

ตัวเลือกอื่น:

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-xvg
การจัดรูปแบบพล็อต xvg: xmgrace, xmgr, none

-[ไม่มีเวลา (ใช่)
คาดหวังเวลาในการป้อนข้อมูล

-b (-1)
ครั้งแรกที่อ่านจาก set

-e (-1)
ครั้งสุดท้ายที่อ่านจาก set

-ttol (0)
ความอดทนตรงเวลาในหน่วยที่เหมาะสม (โดยปกติ ps)

-n (1)
อ่านจำนวนชุดที่คั่นด้วยบรรทัดที่มีเพียงเครื่องหมายและ

-[ไม่]ด (ไม่มี)
ใช้อนุพันธ์

-[ไม่]หลอก (ใช่)
ปิดการให้น้ำหนักพลังงานแม้ว่าจะให้พลังงานก็ตาม

-แชม (298.15)
อุณหภูมิสำหรับการวิเคราะห์ฮิสโตแกรมเดียว

-พีมิน (0)
ความน่าจะเป็นขั้นต่ำ ค่าที่ต่ำกว่านี้จะถูกตั้งค่าเป็นศูนย์

-ติ่ม (1 1 1)
ขนาดสำหรับระยะทาง ใช้สำหรับการแก้ไขระดับเสียง (สูงสุด 3 ค่า ขนาด > 3
จะได้ค่าเท่าครั้งสุดท้าย)

-กริด (32 32 32)
จำนวนถังขยะสำหรับภูมิทัศน์พลังงาน (สูงสุด 3 ค่า ขนาด > 3 จะได้รับ
ค่าเดียวกับครั้งสุดท้าย)

-xmin (0 0 0)
ขั้นต่ำสำหรับแกนในแนวพลังงาน (ดูด้านบนสำหรับ > 3 มิติ)

-xmax (1 1 1)
สูงสุดสำหรับแกนในแนวพลังงาน (ดูด้านบนสำหรับ > 3 มิติ)

-พีแม็กซ์ (0)
ความน่าจะเป็นสูงสุดในการส่งออก ค่าเริ่มต้นคือการคำนวณ

-gmax (0)
พลังงานอิสระสูงสุดในการส่งออก ค่าเริ่มต้นคือการคำนวณ

-อีมิน (0)
เอนทาลปีขั้นต่ำในเอาต์พุต ค่าเริ่มต้นคือการคำนวณ

-อีแม็กซ์ (0)
เอนทาลปีสูงสุดในเอาต์พุต ค่าเริ่มต้นคือการคำนวณ

-nระดับ (25)
จำนวนระดับสำหรับภูมิทัศน์พลังงาน

ใช้ gmx-sham ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net