āļāļĩāđāļāļ·āļāļāļģāļŠāļąāđāļ go2pathlistp āļāļĩāđāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāđāļāļāļđāđāđāļŦāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢāđāļŪāļŠāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļ OnWorks āđāļāļĒāđāļāđāđāļ§āļīāļĢāđāļāļŠāđāļāļāļąāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļāđāļĢāļē āđāļāđāļ Ubuntu Online, Fedora Online, āđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ Windows āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ MAC OS
āđāļāļĢāļāļāļēāļĢ:
āļāļ·āđāļ
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - āđāļāļĢāļ·āđāļāļāļĄāļ·āļāđāļāļĨāļāđāļĨāļ°āļŦāđāļ
āđāļĢāļ·āđāļāļāļĒāđāļ
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml āļāļ āļīāļāļĢāļąāļāļāļē/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml āļāļ āļīāļāļĢāļąāļāļāļē/gene_ontology.obo
DESCRIPTION
āđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļāļĨāđ ontology āļŠāđāļāļĨāđ GO/OBO āđāļĨāļ°āđāļāļĩāļĒāļāđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļāļāļ·āđāļ
āļāļēāļĢāđāļāļīāļ§āđāļĄāļāļāđ
-e āļāļīāļāļāļĨāļēāļ
āđāļāļĩāļĒāļāļāđāļāļāļīāļāļāļĨāļēāļāđāļāļāļēāļĢāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļ XML - āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāđāļāđāļ STDERR (āđāļĄāđāļāļ§āļĢāļĄāļĩāļāđāļāļāļīāļāļāļĨāļēāļāđāļāļāļēāļĢāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļāđāļāļāļĒāđāļēāļāļāļĩ
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļŠāļĢāđāļēāļāļāļķāđāļ)
-p FORMAT
āļāļģāļŦāļāļāļ§āđāļē parser āđāļāļāļĩāđāļāļ°āđāļāđ āļāđāļēāđāļĄāđāļĢāļ°āļāļļāļāļ°āļāļģāļāļēāļĢāđāļāļēāļāļēāļĄ file
āļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒ āļāļđāļāđāļēāļāļĨāđāļēāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļĢāļđāļāđāļāļ
-w|āļāļąāļāđāļāļĩāļĒāļ FORMAT
āļĢāļđāļāđāļāļāļāļēāļĢāļŠāđāļāļāļāļ - āļāļđāļāđāļēāļāļĨāđāļēāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļĢāļēāļĒāļāļēāļĢ
-|xslt XSLT
āļāļ·āđāļāļŦāļĢāļ·āļāļāļ·āđāļāđāļāļĨāđāļāļāļāļāļēāļĢāđāļāļĨāļ XSLT
āļāļĩāđāļāļēāļāđāļāđāļāļāļēāļāļŠāļąāļĄāļāļđāļĢāļāđāđāļāļĒāļąāļāđāļāļĨāđāļāļĩāđāđāļāļāđāđāļāđāļāļāļĢāļ°āļāļāđāļāļĨāđ āļŦāļĢāļ·āļāļāļēāļāđāļāđāļāđāļāļĩāļĒāļ
āđāļāđāļāļāļ·āđāļāļāļāļ xslt; āđāļāđāļ
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
āļŦāļēāļāļĢāļ°āļāļļāļāļ·āđāļāđāļ§āđ āļāđāļāļāļāļ·āđāļ $G_ROOT/xml/xsl/*.xsl āļāļ°āļāļđāļāļāđāļāļŦāļē āļāđāļē
āđāļĄāđāđāļāđāļāļąāđāļāļāđāļē GO_ROOT āļāļēāļāļāļąāđāļāđāļĄāļāļđāļĨ Perl dir āļāļĩāđāļāļīāļāļāļąāđāļ GO āļāļ°āļāļđāļāļāđāļāļŦāļē (
xslts āļāļ°āļāļđāļāļāļīāļāļāļąāđāļāļāļĩāđāļāļĩāđāđāļāļĒāļāļąāļāđāļāļĄāļąāļāļīāļŦāļēāļāļāļļāļāļāļģāļāļēāļĄāļāļąāđāļāļāļāļāļāļēāļĢāļāļīāļāļāļąāđāļāļāļāļāļī)
-use_cache
āļŦāļēāļāļĢāļ°āļāļļāļŠāļ§āļīāļāļāđāļāļĩāđāđāļ§āđ āđāļŦāļĄāļāđāļāļāļāļ°āđāļāļīāļāļāļķāđāļ
āļāđāļ§āļĒāđāļŦāļĄāļāđāļāļ āđāļāļāļĢāļąāđāļāđāļĢāļāļāļĩāđāļāļļāļāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļāļĨāđ āđāļāļĨāđāđāļāļīāđāļĄāđāļāļīāļĄāļāļ°āđāļāđāļ
āļŠāđāļāļāļāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļāļāļīāđāļĻāļĐāļāļĩāđāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļāđāļāļĒāđāļēāļāļĢāļ§āļāđāļĢāđāļ§ āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļāļ°āļĄāļĩāļāļ·āđāļāđāļāļĨāđāđāļŦāļĄāļ·āļāļāļāļąāļ
āđāļāđāļāđāļāļĨāđāļāđāļāļāļāļąāļ āļĒāļāđāļ§āđāļāļ§āđāļēāļāļ°āļĄāļĩāļŠāđāļ§āļāļāđāļāļāđāļēāļĒ ".cache"
āļāļĢāļąāđāļāļāđāļāđāļāļāļĩāđāļāļļāļāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļāļĨāđ āđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļĩāđāļāļ°āļāļĢāļ§āļāļŠāļāļāļāļēāļĢāļĄāļĩāļāļĒāļđāđāđāļāļĒāļāļąāļāđāļāļĄāļąāļāļī
āļāļāļāđāļāļĨāđ ".cache" āļŦāļēāļāļĄāļĩāđāļĨāļ°āđāļŦāļĄāđāļāļ§āđāļēāđāļāļĨāđāļāļĩāđāļāļļāļāļĢāļ°āļāļļ this
āļāļđāļāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāđāļāļ āļāđāļēāđāļĄāđāļĄāļĩāļāđāļŠāļĢāđāļēāļāđāļŦāļĄāđ
āļŠāļīāđāļāļāļĩāđāļāļ°āļāļģāļĄāļēāļāļķāđāļāļāļēāļĢāļāļĢāļąāļāļāļĢāļļāļāļāļ§āļēāļĄāđāļĢāđāļ§āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļ b āļāļāļāļĢāļđāļāđāļāļāļāļĨāļĨāļąāļāļāđāļāđāļēāļāļĨāđāļēāļ (āđāļāđāļ
āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢāđāļŠāđāļāļāļēāļ) āļĢāļđāļāđāļāļāđāļāļēāļāđāļāļļāļāļŠāđāļ§āļāđāļŦāļāđāļāļģāļāļēāļāļāļąāļāļāļēāļĢāđāļĒāļāļ§āļīāđāļāļĢāļēāļ°āļŦāđāļāļēāļĄāđāļŦāļāļļāļāļēāļĢāļāđ āļāļąāļāļāļąāđāļāļāļēāļĢāđāļāļāļ§āļąāļāļāļļāļāļķāļāļāļģāđāļŦāđ
āđāļĄāđāļĄāļĩāļāļĢāļ°āđāļĒāļāļāđāđāļĨāļ°āđāļāļāļ§āļēāļĄāđāļāđāļāļāļĢāļīāļāļāļ°āļāđāļēāļāļ§āđāļēāļāļēāļĢāļāđāļēāļĄāđāļāļ
āļĢāļđāļāđāļāļ
āļĢāļđāļāđāļāļāļāļĩāđāđāļāļĩāļĒāļāđāļāđāļāļ·āļ
go_ont
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒ ".ontology"
āļŠāļīāđāļāđāļŦāļĨāđāļēāļāļĩāđāđāļāđāļ ontology DAGs
go_def
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒ ".defs"
go_xref
āļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļīāļāļāļēāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāļ āļēāļĒāļāļāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāđāļāļ·āđāļāļāđāļ GO
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒ "2go" (āđāļāđāļ ec2go, metacyc2go)
go_assoc
āļāļģāļāļāļīāļāļēāļĒāļāļĢāļ°āļāļāļāļāļāļāļĒāļĩāļāļŦāļĢāļ·āļāļāļĨāļīāļāļ āļąāļāļāđāļĒāļĩāļāđāļāļĒāđāļāđGO
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāļģāļŦāļāđāļē "āļāļēāļĢāđāļāļ·āđāļāļĄāđāļĒāļāļĒāļĩāļ"
obo_text
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒ ".obo"
āļāļĩāđāļāļ·āļāļāļēāļĢāđāļāļāļāļĩāđāļĢāļđāļāđāļāļāđāļāļĨāđāđāļŦāļĄāđāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļĢāļđāļāđāļāļāđāļāļĨāđ GO flat āļāļĩāđāļĄāļĩāļāļĒāļđāđ āļĄāļąāļ
āļāļąāļāļāļēāļĢ ontology āļāļģāļāļģāļāļąāļāļāļ§āļēāļĄāđāļĨāļ° xrefs (āđāļāđāđāļĄāđāđāļāđāļāļēāļĢāđāļāļ·āđāļāļĄāđāļĒāļ)
obo_xml
āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒ ".obo.xml" āļŦāļĢāļ·āļ ".obo-xml"
āļāļĩāđāļāļ·āļāđāļ§āļāļĢāđāļāļąāļ XML āļāļāļāļĢāļđāļāđāļāļāđāļāļĨāđāđāļāļ OBO āļāđāļēāļāļāļ
āļāļēāļĢāļąāļĄāļ āļāļ
āļāđāļāđāļāđāļāļāļĢāļīāļāđāļāļĩāđāļĒāļ§āļāļąāļāļāļēāļĢāđāļāļīāļāļāļēāļ - āļāļļāļāļāļ°āļāđāļāļāļĄāļĩāļāļāļĄāđāļāđāļĨāļāļĢāđ/āļĨāđāļēāļĄāļāļģāļāļģāđāļāļ·āđāļāđāļāđāļāļēāļāļŠāļīāđāļāđāļŦāļĨāđāļēāļāļĩāđ āļāļļāļāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļ
āđāļŦāļāļļāļāļĨāđāļāļĩāđāļĒāļ§āļāļąāļāļāđāļāđāļāđāļāļāļĢāļīāļāđāļŦāļĨāđāļēāļāļĩāđāđāļāļĒāđāļāđ Obol āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĢāļāļāļēāļĢ Bio-LP āļāļĩāđāļāļ°āđāļāļīāļāļāļķāđāļ
tbl āļāļēāļĢāđāļŠāļāļāļāļēāļĢāļēāļāđāļāļāļāđāļēāļĒ (āļŠāļđāļāđāļŠāļĩāļĒ)
āļŠāļĢāļļāļ
āļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļāđāđāļāđāļāļąāđāļāđāļāļĨāđ ontology āđāļĨāļ°āđāļāļĨāđāļŠāļĄāļēāļāļĄ
āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢāđāļŠāđāļāļāļēāļ
āđāļŠāļāļāđāļŠāđāļāļāļēāļāļāļąāđāļāļŦāļĄāļāđāļāļĒāļąāļāļĢāļđāļ
āļĢāļđāļāđāļāļāļāļāļŪāļđāļ OWL (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļ: OWL-DL)
OWL āđāļāđāļāļĢāļđāļāđāļāļāļĄāļēāļāļĢāļāļēāļ W3C āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļāļāđāļāđāļĨāļāļĩ
āļāļļāļāļāļ°āļāđāļāļāđāļāđāđāļāļĨāđ XSL āļāļēāļ go-dev distribution āđāļāļāđāļāđāļĄāđāļāļ·āđāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāļŠāļīāđāļāļāļĩāđ āļāļđ XML
āļŠāđāļ§āļāđāļhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
āļāļēāļĢāđāļŠāļāļ YAML āļāļāļāļ§āļąāļāļāļļ GO::Model::Graph
obj_storable
āļāļąāļĄāļāđāļāļāļāļ§āļąāļāļāļļ perl GO::Model::Graph āļāļļāļāļāđāļāļāļāļēāļĢ Storable āļāļēāļ CPAN āđāļāļ·āđāļ
āļāļēāļ. āļŠāļīāđāļāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļļāļāļāļĢāļ°āļŠāļāļāđāđāļāļ·āđāļāđāļāļāļāđāļāļāđāļāđāļāļāđāļāļāļĢāļ°āļāļāđāļāļĨāđ āđāļāļ·āđāļāļāļēāļĢāđāļāđāļēāļāļķāļāļāļĩāđāļĢāļ§āļāđāļĢāđāļ§ NS
āļāļēāļĢāđāļŠāļāļ obj_storable āļāļēāļāđāļĄāđāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāļāļāļāļēāđāļāđ
text_html
āļĢāļđāļāđāļāļāđāļāļēāļāđāļāļļāļ OBO āļāļĩāđāđāļāđāđāļāļāđāļ§āļĒ html
godb_prestore
XML āļāļĩāđāđāļĄāļāđāļāļĒāļāļĢāļāļāļąāļāļŠāļāļĩāļĄāļēāđāļāļīāļāļŠāļąāļĄāļāļąāļāļāđāļāļāļ GODB (āļāļēāļāļāļąāđāļāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļŦāļĨāļāđāļāđāđāļāļĒāđāļāđ
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML āļāļĩāđāđāļĄāļāđāļāļĒāļāļĢāļāļāļąāļāļŠāļāļĩāļĄāļēāđāļāļīāļāļŠāļąāļĄāļāļąāļāļāđ Chado (āļāļēāļāļāļąāđāļāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļŦāļĨāļāđāļāđāđāļāļĒāđāļāđ
stag-storenode.pl)
āđāļāļāļŠāļēāļĢāļāļāļąāļ
<http://www.godatabase.org/dev>
āđāļāđ go2pathlistp āļāļāļāđāļĨāļāđāđāļāļĒāđāļāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢ onworks.net