นี่คือคำสั่ง gt-gff3validator ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gt-gff3validator - ตรวจสอบไฟล์ GFF3 ที่กำหนดอย่างเคร่งครัด
เรื่องย่อ
gt gff3validator [ตัวเลือก ...] [GFF3_file ...]
DESCRIPTION
-พิมพ์เช็ค [เชือก]
ใช้ ontology ที่ระบุในไฟล์ OBO เพื่อตรวจสอบความสัมพันธ์แบบ parent-child ถ้าไม่
อาร์กิวเมนต์ได้รับ ไฟล์ sofa.obo จากไดเร็กทอรี gtdata/obo_files ถูกใช้ ถ้า
อาร์กิวเมนต์จะได้รับ มันถูกใช้เป็นชื่อไฟล์ OBO ในกรณีที่ไฟล์ดังกล่าวไม่
ไม่มีอยู่จริง .obo ถูกเพิ่มไปยังอาร์กิวเมนต์และโหลดชื่อไฟล์ผลลัพธ์จาก
มีการพยายามไดเรกทอรี gtdata/obo_files (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-xrfcheck [เชือก]
ตรวจสอบแอตทริบิวต์ Dbxref และ Ontology_term สำหรับไวยากรณ์ที่ถูกต้องตามa
ไฟล์คำจำกัดความของตัวย่อ หากไม่มีการระบุอาร์กิวเมนต์ ไฟล์ GO.xrf_abbs จาก
ใช้ไดเร็กทอรี gtdata/xrf_abbr หากมีการให้อาร์กิวเมนต์ จะใช้เป็นการเฉพาะ
ชื่อไฟล์สำหรับไฟล์ตัวย่อ ในกรณีที่ไม่มีไฟล์ดังกล่าว
.xrf_abbr ถูกเพิ่มไปยังอาร์กิวเมนต์และโหลดชื่อไฟล์ผลลัพธ์จาก
มีการพยายามไดเรกทอรี gtdata/xrf_abbr (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-ช่วยด้วย
แสดงความช่วยเหลือและออก
-version
แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก
รายงาน ข้อบกพร่อง
รายงานจุดบกพร่องไปที่[ป้องกันอีเมล]>.
ใช้ gt-gff3validator ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
