นี่คือคำสั่ง gt-ltrharvest ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gt-ltrharvest - ทำนาย LTR retrotransposons
เรื่องย่อ
gt ltrharvest [ตัวเลือก ... ] -index
DESCRIPTION
-ดัชนี [เชือก]
ระบุชื่อของดัชนีอาร์เรย์ส่วนต่อท้ายที่ปรับปรุง (บังคับ) (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-พิสัย [เริ่มต้น ปลาย]
ระบุช่วงในลำดับอินพุตซึ่งค้นหาคู่ LTR (ค่าเริ่มต้น:
[0..0])
- เมล็ด [ความคุ้มค่า]
ระบุความยาวเมล็ดพันธุ์ขั้นต่ำสำหรับการทำซ้ำที่แน่นอน (ค่าเริ่มต้น: 30)
-minlenltr [ความคุ้มค่า]
ระบุความยาวขั้นต่ำสำหรับแต่ละ LTR (ค่าเริ่มต้น: 100)
-maxlenltr [ความคุ้มค่า]
ระบุความยาวสูงสุดสำหรับแต่ละ LTR (ค่าเริ่มต้น: 1000)
-mindistltr [ความคุ้มค่า]
ระบุระยะทางขั้นต่ำของตำแหน่งเริ่มต้น LTR (ค่าเริ่มต้น: 1000)
-maxdistltr [ความคุ้มค่า]
ระบุระยะทางสูงสุดของตำแหน่งเริ่มต้น LTR (ค่าเริ่มต้น: 15000)
- คล้ายกัน [ความคุ้มค่า]
ระบุเกณฑ์ความคล้ายคลึงกันในช่วง [1..100%] (ค่าเริ่มต้น: 85.000000)
-mintsd [ความคุ้มค่า]
ระบุความยาวขั้นต่ำสำหรับแต่ละ TSD (ค่าเริ่มต้น: 4)
-maxtsd [ความคุ้มค่า]
ระบุความยาวสูงสุดสำหรับแต่ละ TSD (ค่าเริ่มต้น: 20)
- ลวดลาย [เชือก]
ระบุ 2 นิวคลีโอไทด์ startmotif + 2 นิวคลีโอไทด์ endmotif: ** (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-motifmis [ความคุ้มค่า]
ระบุจำนวนสูงสุดของไม่ตรงกันในบรรทัดฐาน [0,3] (ค่าเริ่มต้น: 4)
-วิค [ความคุ้มค่า]
ระบุจำนวนนิวคลีโอไทด์ (ทางซ้ายและขวา) ที่จะค้นหา
สำหรับ TSD และ/หรือลวดลายประมาณ 5' และ 3' ขอบเขตของ LTR retrotransposons ที่คาดการณ์ไว้
(ค่าเริ่มต้น: 60)
-คาบเกี่ยวกัน [...]
ระบุ no|ดีที่สุด|ทั้งหมด (ค่าเริ่มต้น: ดีที่สุด)
-xdrop [ความคุ้มค่า]
ระบุ xdropbelowscore สำหรับการจัดตำแหน่งส่วนขยาย (ค่าเริ่มต้น: 5)
-เสื่อ [ความคุ้มค่า]
ระบุคะแนนการจับคู่สำหรับการจัดตำแหน่งส่วนขยาย (ค่าเริ่มต้น: 2)
- ผิด [ความคุ้มค่า]
ระบุ mismatchscore สำหรับการจัดตำแหน่งส่วนขยาย (ค่าเริ่มต้น: -2)
- อิน [ความคุ้มค่า]
ระบุ insertionscore สำหรับการจัดตำแหน่งส่วนขยาย (ค่าเริ่มต้น: -3)
-เดล [ความคุ้มค่า]
ระบุการลบคะแนนสำหรับการจัดตำแหน่งส่วนขยาย (ค่าเริ่มต้น: -3)
-v [ใช่|ไม่]
โหมด verbose (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
- เกี่ยวกับ [ใช่|ไม่]
โชว์ เก่า เอาต์พุตแบบตารางแทน GFF3 บน stdout (ค่าเริ่มต้น: ใช่)
-seqids [ใช่|ไม่]
ใช้คำอธิบายลำดับแทนหมายเลขลำดับในเอาต์พุต GFF3 (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-md5 [ใช่|ไม่]
เพิ่มแฮช MD5 ให้กับ seqids ในเอาต์พุต GFF3 (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-longoutput [ใช่|ไม่]
โมทีฟเพิ่มเติม/เอาต์พุต TSD (ค่าเริ่มต้น: ไม่ใช่)
-ออก [เชือก]
ระบุชื่อไฟล์เอาต์พุต FASTA (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-คนนอก [เชือก]
ระบุชื่อไฟล์เอาต์พุต FASTA สำหรับพื้นที่ภายใน (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-gff3 [เชือก]
ระบุชื่อไฟล์เอาต์พุต GFF3 (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
- ชดเชย [ความคุ้มค่า]
เพิ่มออฟเซ็ตในพิกัด GFF3 (ค่าเริ่มต้น: 0)
สแกน [ใช่|ไม่]
สแกนดัชนีตามลำดับแทนที่จะแมปลงในหน่วยความจำทั้งหมด (ค่าเริ่มต้น: ใช่)
-ช่วยด้วย
แสดงความช่วยเหลือสำหรับตัวเลือกพื้นฐานและทางออก
- ช่วย +
แสดงความช่วยเหลือสำหรับตัวเลือกทั้งหมดและออก
-version
แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก
เพิ่มเติม ข้อมูล
สำหรับข้อมูลโดยละเอียด โปรดดูที่คู่มือของ ltrharvest
รายงาน ข้อบกพร่อง
รายงานจุดบกพร่องไปที่[ป้องกันอีเมล]>.
ใช้ gt-ltrharvest ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
