gtf2gff3p - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gtf2gff3 - แปลงไฟล์ที่จัดรูปแบบ GTF เป็นไฟล์ GFF3 ที่ถูกต้อง

VERSION

เอกสารนี้อธิบายเวอร์ชัน 0.1

เรื่องย่อ

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

DESCRIPTION

สคริปต์นี้จะแปลงไฟล์ที่จัดรูปแบบ GTF เป็นไฟล์รูปแบบ GFF3 ที่ถูกต้อง มันจะแมป
ค่าในคอลัมน์ 3 (คอลัมน์ \"ประเภท\") เป็น SO ที่ถูกต้อง แต่เนื่องจากเงื่อนไขที่ไม่ใช่มาตรฐานจำนวนมาก
อาจปรากฏในคอลัมน์นั้นในไฟล์ GTF คุณสามารถแก้ไขไฟล์ปรับแต่งเพื่อให้ของคุณเองได้
คุณลักษณะ GTF กับการทำแผนที่ SO สคริปต์จะสร้างแบบจำลองยีนจาก exons, CDS และ
คุณสมบัติอื่นๆ ที่ระบุในไฟล์ GTF กำลังทดสอบกับ Ensemble และ Twinscan
GTF และควรทำงานกับไฟล์อื่นๆ ที่เป็นไปตามข้อกำหนดเดียวกัน มันไม่
ไม่ทำงานบน GTF จากเบราว์เซอร์ตาราง UCSC เนื่องจากไฟล์เหล่านั้นใช้ ID เดียวกันสำหรับยีน
และการถอดเสียง ดังนั้นจึงเป็นไปไม่ได้ที่จะจัดกลุ่มการถอดเสียงหลายชุดเข้ากับยีน ดู
README ที่มาพร้อมกับสคริปต์สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม

ตัวเลือก:

--cfg
ระบุชื่อไฟล์สำหรับไฟล์ปรับแต่ง ดูไฟล์การกำหนดค่าที่ให้มากับสิ่งนี้
สคริปต์สำหรับรายละเอียดรูปแบบ ใช้ไฟล์การกำหนดค่านี้เพื่อแก้ไขพฤติกรรมของ
สคริปต์ หากไม่มีไฟล์กำหนดค่าจะค้นหา ./gtf2gff3.cfg ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg ตามลำดับ

--ช่วยด้วย
ระบุข้อความช่วยเหลือเกี่ยวกับสไตล์ man page โดยละเอียดแล้วออก

วินิจฉัย

"ข้อผิดพลาด: แอตทริบิวต์ที่หายไปหรือไม่ได้มาตรฐาน: parse_attributes"
บรรทัดในไฟล์ GTF ไม่มีแอตทริบิวต์หรือคอลัมน์แอตทริบิวต์เป็น
แยกวิเคราะห์ไม่ได้

"ข้อผิดพลาด: ไม่รองรับคุณลักษณะยีนที่ไม่ใช่การถอดเสียง โปรดติดต่อผู้เขียนเพื่อขอรับการสนับสนุน:
build_gene"
คำเตือนนี้ระบุว่ามีการข้ามบรรทัดเนื่องจากมีการถอดเสียงเป็นคำ
คุณลักษณะของยีน และขณะนี้โค้ดยังไม่พร้อมที่จะจัดการกับคุณลักษณะประเภทนี้
การเพิ่มนี้อาจไม่ยากเกินไป ดังนั้นโปรดติดต่อฉันหากคุณได้รับข้อผิดพลาดนี้และจะ
ชอบที่จะมีคุณสมบัติเหล่านี้ได้รับการสนับสนุน

"ข้อผิดพลาด: ต้องมี exons หรือ CDS อย่างน้อยเพื่อสร้างการถอดเสียง: build_trnsc"
คุณลักษณะบางอย่างมี transcript_id และยังไม่มี exons หรือ CDS ที่เกี่ยวข้องกับ
transcript_id นั้นดังนั้นสคริปต์จึงไม่สามารถสร้างการถอดเสียงได้

"ข้อผิดพลาด: ข้อขัดแย้ง seq_id: validate_and_finish_trnsc"
พบสองคุณสมบัติภายในข้อความถอดเสียงเดียวกันซึ่งไม่ได้ใช้ seq_id เดียวกัน

"ข้อผิดพลาด: ความขัดแย้งของแหล่งที่มา: validate_and_finish_trnsc"
พบสองคุณสมบัติภายในข้อความถอดเสียงเดียวกันซึ่งไม่ได้ใช้แหล่งที่มาเดียวกัน

"ข้อผิดพลาด: ประเภทข้อขัดแย้ง: validate_and_finish_trnsc"
พบสองคุณสมบัติภายในข้อความถอดเสียงเดียวกันที่คาดว่าจะใช้ร่วมกัน
พิมพ์แต่พวกเขาไม่ได้

"ข้อผิดพลาด: ความขัดแย้งของสาระ: ตรวจสอบ_and_finish_trnsc"
พบสองคุณสมบัติภายในข้อความถอดเสียงเดียวกันซึ่งไม่ได้ใช้สาระเดียวกัน

"ข้อผิดพลาด: seq_id ขัดแย้ง: validate_and_build_gene"
พบสองคุณลักษณะภายในยีนเดียวกันซึ่งไม่ได้ใช้ seq_id เดียวกัน

"ข้อผิดพลาด: ความขัดแย้งของแหล่งที่มา: validate_and_build_gene"
พบสองคุณลักษณะภายในยีนเดียวกันซึ่งไม่ได้ใช้แหล่งเดียวกัน

"ข้อผิดพลาด: ความขัดแย้งของสาระ: ตรวจสอบ_and_build_gene"
พบคุณสมบัติสองประการภายในยีนเดียวกันซึ่งไม่มีสายเดียวกัน

"ข้อผิดพลาด: gene_id ขัดแย้ง: validate_and_build_gene"
พบคุณสมบัติสองอย่างภายในยีนเดียวกันซึ่งไม่ได้ใช้ยีน_id เดียวกัน

"FATAL: ไม่สามารถเปิดไฟล์ GTF: file_name สำหรับการอ่าน"
ไม่สามารถเปิดไฟล์ GTF เพื่ออ่านได้

"FATAL: ต้องการ exons หรือ CDS เพื่อสร้างการถอดเสียง: process_start"
คุณลักษณะ start_codon มีคำอธิบายประกอบและยังไม่มี exons หรือ CDS ที่เกี่ยวข้อง
ด้วย transcript_id นั้นดังนั้นสคริปต์จึงล้มเหลว

"FATAL: รหัสที่ยังไม่ได้ทดสอบใน process_start ติดต่อผู้เขียนเพื่อขอรับการสนับสนุน"
สคริปต์นี้เขียนขึ้นเพื่อสรุป codon เริ่มต้นตามการมีอยู่ของ UTR 5' แต่เรา
ไม่มีตัวอย่าง GTF ประเภทนี้เมื่อเราเขียนโค้ด ดังนั้นเราจึงฆ่ากระบวนการมากกว่า
กว่าเรียกใช้รหัสที่ยังไม่ได้ทดสอบ ติดต่อผู้เขียนเพื่อรับการสนับสนุน

"FATAL: ชุดคุณลักษณะไม่ถูกต้อง: process_start"
เราพยายามพิจารณาวิธีที่เป็นไปได้ทั้งหมดในการอนุมาน codon เริ่มต้นหรืออนุมาน aa ไม่ใช่
การเข้ารหัสยีน แต่เราล้มเหลว การผสมผสานคุณสมบัติยีนของคุณไม่ได้ทำให้
รู้สึกกับเรา คุณไม่ควรได้รับข้อผิดพลาดนี้ และถ้าเป็นเช่นนั้น เราอยากเห็น
ไฟล์ GTF ที่สร้างมันขึ้นมา โปรดติดต่อผู้เขียนเพื่อรับการสนับสนุน

"FATAL: ต้องการ exons หรือ CDS เพื่อสร้างการถอดเสียง: process_stop"
คุณลักษณะ stop_codon มีคำอธิบายประกอบและยังไม่มี exons หรือ CDS ที่เกี่ยวข้องกับ
transcript_id นั้นดังนั้นสคริปต์จึงล้มเหลว

"FATAL: รหัสที่ยังไม่ได้ทดสอบใน process_stop ติดต่อผู้เขียนเพื่อขอรับการสนับสนุน"
สคริปต์นี้เขียนขึ้นเพื่ออนุมาน codon หยุดตามการมีอยู่ของ UTR 3' แต่เรา
ไม่มีตัวอย่าง GTF ประเภทนี้เมื่อเราเขียนโค้ด ดังนั้นเราจึงฆ่ากระบวนการมากกว่า
กว่าเรียกใช้รหัสที่ยังไม่ได้ทดสอบ ติดต่อผู้เขียนเพื่อรับการสนับสนุน

"FATAL: ชุดคุณลักษณะไม่ถูกต้อง: process_stop"
เราพยายามพิจารณาวิธีที่เป็นไปได้ทั้งหมดในการอนุมาน codon หยุดหรืออนุมาน aa ไม่ใช่
การเข้ารหัสยีน แต่เราล้มเหลว การผสมผสานคุณสมบัติยีนของคุณไม่ได้ทำให้
รู้สึกกับเรา คุณไม่ควรได้รับข้อผิดพลาดนี้ และถ้าเป็นเช่นนั้น เราอยากเห็น
ไฟล์ GTF ที่สร้างมันขึ้นมา โปรดติดต่อผู้เขียนเพื่อรับการสนับสนุน

"FATAL: ชุดคุณลักษณะไม่ถูกต้อง: process_exon_CDS_UTR"
เราพยายามพิจารณาวิธีที่เป็นไปได้ทั้งหมดในการอนุมาน exons, CDS และ UTR แต่เราก็
ล้มเหลว. การผสมผสานคุณสมบัติยีนของคุณไม่สมเหตุสมผลสำหรับเรา คุณจริงๆ
ควรได้รับข้อผิดพลาดนี้ และถ้าคุณพบ เราอยากเห็นไฟล์ GTF ที่
สร้างมันขึ้นมา โปรดติดต่อผู้เขียนเพื่อรับการสนับสนุน

"FATAL: ต้องมีการอ้างอิงอาร์เรย์: sort_features"
ผู้ใช้ไม่ควรสามารถทำให้เกิดข้อผิดพลาดนี้ได้ มันเกือบจะบ่งบอกถึง a . อย่างแน่นอน
ข้อบกพร่องของซอฟต์แวร์ โปรดติดต่อผู้เขียน

"FATAL: ไม่สามารถระบุสาระใน: sort_feature_types"
ซึ่งอาจบ่งชี้ว่าไฟล์ GTF ของคุณไม่ได้ระบุกลุ่มของคุณสมบัติที่
ต้องการมัน นอกจากนี้ยังอาจบ่งบอกถึงข้อบกพร่องของซอฟต์แวร์ โปรดติดต่อผู้เขียน

"FATAL: ต้องมีการอ้างอิงแฮช: sort_feature_types"
ผู้ใช้ไม่ควรสามารถทำให้เกิดข้อผิดพลาดนี้ได้ มันเกือบจะบ่งบอกถึง a . อย่างแน่นอน
ข้อบกพร่องของซอฟต์แวร์ โปรดติดต่อผู้เขียน

"FATAL: ค่าที่ส่งไปยัง strand: strand ไม่ถูกต้อง"
ซึ่งอาจบ่งชี้ว่าไฟล์ GTF ของคุณไม่ได้ระบุกลุ่มของคุณสมบัติที่
ต้องการมัน พิจารณาใช้พารามิเตอร์ DEFAULT_STRAND ในไฟล์ปรับแต่ง มันอาจ
ยังระบุข้อบกพร่องของซอฟต์แวร์ โปรดติดต่อผู้เขียน

การกำหนดค่า AND และพวกเรา

ไฟล์การกำหนดค่ามีให้พร้อมกับสคริปต์นี้ สคริปต์จะมองหาสิ่งนั้น
ไฟล์การกำหนดค่าใน ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg หรือ /etc/gtf2gff3.cfg ตามลำดับนั้น
หากไม่พบไฟล์การกำหนดค่าในตำแหน่งใดตำแหน่งหนึ่งและไม่มีให้
ผ่านแฟล็ก --cfg มันจะพยายามเลือกค่าเริ่มต้นที่สมเหตุสมผล แต่คุณควรจัดเตรียม
ไฟล์การกำหนดค่า ดูไฟล์การกำหนดค่าที่ให้มาเองรวมถึง README
ที่มาพร้อมกับแพ็คเกจนี้สำหรับรูปแบบและรายละเอียดเกี่ยวกับไฟล์การกำหนดค่า

การพึ่งพาอาศัย

สคริปต์นี้ต้องใช้แพ็คเกจ Perl ต่อไปนี้ซึ่งมีให้จากCPAN
(www.cpan.org)

Getopt::ยาว; ใช้ Config::Std;

ความเข้ากันไม่ได้

ไม่มีรายงาน

ใช้ gtf2gff3p ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net