hmm-assembler.pl - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

hmm-assembler.pl - โมดูล SNAP hmm-assembler.pl

เรื่องย่อ

อืม-assembler.pl [-ตัวเลือก [-MORE_OPTIONS---] [โปรแกรม_ARG1 ... ]

OPTIONS

พื้นที่ ดังต่อไปนี้ ตัวเดียว ตัวเลือก เป็น ยอมรับ:
ด้วยข้อโต้แย้ง: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c

บูลีน (ไม่มีอาร์กิวเมนต์): -r -o -x -p -t -1

อาจรวมตัวเลือกเข้าด้วยกัน -- หยุดการประมวลผลตัวเลือก ไม่ต้องการพื้นที่
ระหว่างตัวเลือกและข้อโต้แย้ง

ตัวเลือก:

-i [500]

-e [1000]

-A [0:30]

-D [0:9]

-M [0:15]

-S [0:9]

-C [4]

-I [4]

-N [4]

-3 [] รวมโมเดล 3'UTR ต้องการ -a

-a [] รวมโมเดล PolyA ที่จำเป็น -3

-5 [] รวม 5'UTR moel ต้องการ -p

-p รวมถึงรูปแบบโปรโมเตอร์ทั่วไป จำเป็น -5

-r รวมโมเดลการทำซ้ำทั่วไป

-o รวมรุ่น ORF ย้อนกลับ

-x ใช้โมเดลอินตรอนระยะเวลาที่ชัดเจน

-t รวม C.elegans trans-splicing, ต้องการ -p, -5

-Z กำหนดค่าเฉพาะของเคลด (หนอน แมลงวัน พืช)

-1 แบบจำลองยีนเดี่ยว

-c
รวมโมเดลผู้บริจาคประกบ GC-AG

ใช้ hmm-assembler.pl ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net