idba - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler สำหรับข้อมูลการจัดลำดับไฮบริด

เรื่องย่อ

idba_ไฮบริด -r อ่าน.ฟะ -o เอาท์พุท_dir [--อ้างอิง Ref.fa]

DESCRIPTION

IDBA-Tran เป็น De Bruijn Graph De Novo แอสเซมเบลอร์แบบอ่านสั้นซ้ำสำหรับการถอดความ
เป็นแอสเซมเบลอร์เดอโนโวล้วนๆ โดยอิงจากการอ่านลำดับอาร์เอ็นเอเท่านั้น IDBA-Tran ใช้ local
การประกอบเพื่อสร้าง k-mers ที่ขาดหายไปขึ้นใหม่ในรูปแบบการถอดเสียงต่ำ แล้วจึงจ้าง
การตัดแบบก้าวหน้าบน contig เพื่อแยกกราฟออกเป็นส่วนประกอบ แต่ละองค์ประกอบ
สอดคล้องกับยีนหนึ่งตัวในกรณีส่วนใหญ่และมีการถอดเสียงไม่มากนัก ฮิวริสติก
จากนั้นใช้อัลกอริธึมตามการอ่านแบบคู่เพื่อค้นหาไอโซฟอร์ม

OPTIONS

-o, --ออก หาเรื่อง (=ออก)
ไดเร็กทอรีเอาต์พุต

-r, --อ่าน หาเรื่อง
ไฟล์อ่านเร็ว (<=128)

--read_level_2 หาเรื่อง
ปลายคู่อ่าน fasta สำหรับโครงนั่งร้านระดับที่สอง

--read_level_3 หาเรื่อง
ปลายคู่อ่าน fasta สำหรับนั่งร้านระดับที่สาม

--read_level_4 หาเรื่อง
ปลายคู่อ่าน fasta สำหรับนั่งร้านระดับที่สี่

--read_level_5 หาเรื่อง
ปลายคู่อ่าน fasta สำหรับนั่งร้านระดับที่ห้า

-l, --long_read หาเรื่อง
ไฟล์อ่านแบบยาว fasta (>128)

--อ้างอิง หาเรื่อง
จีโนมอ้างอิง

--มิงค์ หาเรื่อง (=20)
ค่า k ขั้นต่ำ (<=124)

--แม็กซ์ หาเรื่อง (=100)
ค่า k สูงสุด (<=124)

--ขั้นตอน หาเรื่อง (=20)
การเพิ่มขึ้นของ k-mer ของการวนซ้ำแต่ละครั้ง

--inner_mink หาเรื่อง (=10)
ค่า k ต่ำสุดภายใน

--inner_step หาเรื่อง (=5)
เพิ่มขึ้นภายในของ k-mer

--คำนำหน้า หาเรื่อง (=3)
ความยาวของคำนำหน้าที่ใช้สร้างตารางย่อย k-mer

--min_count หาเรื่อง (=2)
หลายหลากขั้นต่ำสำหรับการกรอง k-mer เมื่อสร้างกราฟ

--min_support หาเรื่อง (=1)
การสนับสนุนขั้นต่ำในการทำซ้ำแต่ละครั้ง

--num_threads หาเรื่อง (=0)
จำนวนเธรด

--seed_kmer หาเรื่อง (=30)
ขนาดเมล็ด kmer สำหรับการจัดตำแหน่ง

--min_contig หาเรื่อง (=200)
ขนาดต่ำสุดของ contig

--min_region หาเรื่อง (=500)
ขนาดต่ำสุดของภูมิภาคในจีโนมอ้างอิง

--คล้ายกัน หาเรื่อง (=0.95)
ความคล้ายคลึงกันสำหรับการจัดตำแหน่ง

--max_mismatch หาเรื่อง (=3)
ไม่ตรงกันสูงสุดของการแก้ไขข้อผิดพลาด

--min_pairs หาเรื่อง (=3)
จำนวนคู่ขั้นต่ำ

--max_gap หาเรื่อง (=50)
ช่องว่างสูงสุดในการอ้างอิง

--no_local
อย่าใช้การชุมนุมในท้องถิ่น

--no_coverage
อย่าย้ำความคุ้มครอง

--no_correct
ห้ามแก้ไข

--pre_correction
ดำเนินการแก้ไขก่อนประกอบ

ใช้ idba ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net