impala - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, อิมพาลา, megablast, rpsblast,
seedtop - เครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งพื้นฐานในท้องถิ่น

เรื่องย่อ

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I "เริ่มต้น หยุด"] [-J "เริ่มต้น หยุด"] [-M Str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ชื่อไฟล์] [-d N] [-e X] [-g F] -i ชื่อไฟล์
-j ชื่อไฟล์ [-m] [-o ชื่อไฟล์] -p Str [-q N] [-r N] [-t N]

ระเบิด2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H] [-I "เริ่มต้น หยุด"]
[-J "เริ่มต้น หยุด"] [-K N] [-L] [-M Str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ชื่อไฟล์]
[-j ชื่อไฟล์] [-k Str] [-m N] [-n] [-o ชื่อไฟล์] -p Str [-q N] [-r N] [-NS] [-NS N] [-ยู]
[-v N] [-ว N] [-ย N] [-z N]

บลาสทอล [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L เริ่มหยุด] [-M Str] [-O ชื่อไฟล์] [-P N] [-Q N] [-R ชื่อไฟล์] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ชื่อไฟล์]
[-l Str] [-m N] [-n] [-o ชื่อไฟล์] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L เริ่มหยุด] [-M Str] [-O ชื่อไฟล์] [-P N] [-Q N] [-R ชื่อไฟล์] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ชื่อไฟล์] [-l Str]
[-m N] [-n] [-o ชื่อไฟล์] -p Str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L เริ่มหยุด]
[-M Str] [-O ชื่อไฟล์] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d Str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ชื่อไฟล์] [-m N] [-n] [-o ชื่อไฟล์] -p Str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u Str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

บลาสพีจีพี [-] [-A N] [-B ชื่อไฟล์] [-C ชื่อไฟล์] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M Str] [-N X] [-O ชื่อไฟล์] [-P N] [-Q ชื่อไฟล์] [-R ชื่อไฟล์] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d Str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ชื่อไฟล์] [-j N] [-k ชื่อไฟล์] [-l Str] [-m N] [-o ชื่อไฟล์] [-p Str] [-q N] [-s]
[-t N[u--u N] [-v N] [-y X] [-z N]

ละมั่งอาฟริกา [-] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M Str] [-O ชื่อไฟล์] [-P ชื่อไฟล์]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d Str] [-e X] [-h X] [-i ชื่อไฟล์] [-j N] [-m N] [-o ชื่อไฟล์]
[-v N] [-y X] [-z N]

mega blast [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F Str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L เริ่มหยุด] [-M N]
[-N N] [-O ชื่อไฟล์] [-P N] [-Q ชื่อไฟล์] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d Str] [-e X] [-f] [-g F] [-i ชื่อไฟล์] [-l Str] [-m N] [-n]
[-o ชื่อไฟล์] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F Str] [-I] [-J] [-L เริ่มหยุด] [-N X] [-O ชื่อไฟล์] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ชื่อไฟล์ [-e X] [-i ชื่อไฟล์] [-l ชื่อไฟล์] [-m N]
[-o ชื่อไฟล์] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

ต้นอ่อน [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M Str] [-O ชื่อไฟล์]
[-S N] [-X N] [-d Str] [-e X] [-f] [-i ชื่อไฟล์] [-k ชื่อไฟล์] [-o ชื่อไฟล์] [-p Str]
[-q N] [-r N]

DESCRIPTION

คู่มือหน้านี้จัดทำเอกสารคำสั่งสั้น ๆ bl2seq, ระเบิด, บลาสทอล, blastcl3,
บลาสพีจีพี, ละมั่งอาฟริกา, mega blast, rpsblastและ ต้นอ่อน. คำสั่งเหล่านี้ได้รับการบันทึกไว้
ร่วมกันเพราะมีทางเลือกร่วมกันมากมาย

bl2seq ทำการเปรียบเทียบระหว่างสองลำดับโดยใช้ blastn หรือ blastp
อัลกอริทึม ลำดับทั้งสองต้องเป็นนิวคลีโอไทด์หรือโปรตีนอย่างใดอย่างหนึ่ง

ระเบิด2 เปรียบเทียบลำดับกับฐานข้อมูลภายในเครื่องหรือลำดับที่สอง มัน
รวมฟังก์ชั่นส่วนใหญ่ของทั้งสอง bl2seq และ บลาสทอลแต่ใช้กึ่ง
เครื่องยนต์ภายในใหม่รุ่นทดลอง

บลาสทอล และ blastall_old ค้นหารายการที่ตรงกันที่สุดในฐานข้อมูลท้องถิ่นสำหรับลำดับ
บลาสทอล ใช้เอ็นจิ้นที่ใหม่กว่า blastall_old โดยค่าเริ่มต้น แต่รองรับการใช้งานที่เก่ากว่า
เครื่องยนต์เช่นกัน (เมื่อเรียกใช้ด้วย option -V F).

blastcl3 เข้าถึงเครื่องมือค้นหา NCBI BLAST ใหม่ล่าสุด (เวอร์ชัน 2.0) ซอฟต์แวร์เบื้องหลัง
BLAST เวอร์ชัน 2.0 เขียนขึ้นใหม่ทั้งหมดเพื่อให้ BLAST จัดการกับความท้าทายใหม่ได้
ถูกวางโดยฐานข้อมูลลำดับในปีต่อๆ ไป การอัปเดตซอฟต์แวร์นี้จะ
ต่อไปในปีต่อๆ ไป

บลาสพีจีพี ทำการค้นหาแบบ gapped blastp และสามารถใช้เพื่อทำการค้นหาแบบวนซ้ำใน
โหมด psi-blast และ phi-blast

ละมั่งอาฟริกา ค้นหาฐานข้อมูลของเมทริกซ์คะแนน จัดทำโดย สำเนา(1) ผลิต BLAST เหมือน
เอาท์พุต

mega blast ใช้อัลกอริธึมโลภของ Webb Miller et al สำหรับลำดับนิวคลีโอไทด์
การค้นหาการจัดตำแหน่งและเชื่อมข้อความค้นหาหลายรายการเข้าด้วยกันเพื่อประหยัดเวลาในการสแกนฐานข้อมูล
โปรแกรมนี้ได้รับการปรับให้เหมาะสมสำหรับการจัดตำแหน่งลำดับที่แตกต่างกันเล็กน้อยอันเป็นผลมาจาก
ลำดับหรือ "ข้อผิดพลาด" อื่นที่คล้ายคลึงกัน เร็วกว่าปกติถึง 10 เท่า
ลำดับโปรแกรมความคล้ายคลึงกัน ดังนั้นจึงสามารถใช้เปรียบเทียบชุดใหญ่สองชุดได้อย่างรวดเร็ว
ของลำดับต่อกัน

rpsblast (ย้อนกลับ PSI-BLAST) ค้นหาลำดับการสืบค้นกับฐานข้อมูลของโปรไฟล์
นี่คือสิ่งที่ตรงกันข้ามกับ PSI-BLAST ที่ค้นหาโปรไฟล์กับฐานข้อมูลของลำดับ
ดังนั้น 'ย้อนกลับ' rpsblast ใช้อัลกอริธึมคล้าย BLAST ค้นหาคำเดียวหรือสองคำ
hits และจากนั้นดำเนินการขยายที่ไม่ได้ใช้งานในการจับคู่ผู้สมัครเหล่านี้ ถ้า
มีการจัดตำแหน่ง unapped คะแนนสูงเพียงพอ ดำเนินการขยายช่องว่าง
และการจัดตำแหน่ง (ช่องว่าง) ที่มีค่าคาดหวังต่ำเพียงพอจะถูกรายงาน นี้
ขั้นตอนตรงกันข้ามกับอิมพาลาที่ทำการคำนวณ Smith-Waterman ระหว่าง
แบบสอบถามและแต่ละโปรไฟล์ แทนที่จะใช้วิธีตีคำเพื่อระบุการจับคู่ที่
ควรขยาย

ต้นอ่อน ตอบคำถามง่ายๆ สองข้อ:
1. กำหนดลำดับและฐานข้อมูลของรูปแบบซึ่งรูปแบบเกิดขึ้นตามลำดับ
และที่ไหน?
2. กำหนดรูปแบบและฐานข้อมูลลำดับ ซึ่งลำดับมีรูปแบบและ
ที่ไหน

คำสั่งเหล่านี้บางคำสั่งสนับสนุนการเปรียบเทียบหลายประเภท ซึ่งควบคุมโดย -p
("โปรแกรม") แฟล็ก:

blastp เปรียบเทียบลำดับการสืบค้นกรดอะมิโนกับฐานข้อมูลลำดับโปรตีน

blastn เปรียบเทียบลำดับการสืบค้นนิวคลีโอไทด์กับฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์

blastx เปรียบเทียบผลิตภัณฑ์การแปลแนวคิดแบบหกเฟรมของการสืบค้นนิวคลีโอไทด์
ลำดับ (สายทั้งสอง) กับฐานข้อมูลลำดับโปรตีน สำหรับ bl2seqที่
นิวคลีโอไทด์ควรเป็นลำดับแรกที่กำหนด

psitblastn เปรียบเทียบลำดับการสืบค้นโปรตีนกับฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์
แปลแบบไดนามิกในกรอบการอ่านทั้งหก (ทั้งสองเส้น) โดยใช้a
เมทริกซ์เฉพาะตำแหน่งที่สร้างโดย PSI-BLAST

tblastn เปรียบเทียบลำดับการสืบค้นโปรตีนกับฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์
แปลแบบไดนามิกในกรอบการอ่านทั้งหกกรอบ (ทั้งสองเส้น) สำหรับ bl2seq,
นิวคลีโอไทด์ควรเป็นลำดับที่สองที่กำหนด

tblastx เปรียบเทียบการแปลแบบหกเฟรมของลำดับคิวรีนิวคลีโอไทด์กับ
การแปลหกเฟรมของฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์

OPTIONS

สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง

- พิมพ์ข้อความการใช้งาน

-A (bl2seq)
ลำดับอินพุตในรูปแบบของ accession.version

-A N (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสพพีจีพี, เมกะบลาสต์)
ขนาดหน้าต่างฮิตหลายรายการ; โดยทั่วไปแล้วจะมีค่าเริ่มต้นเป็น 0 (สำหรับส่วนขยายแบบตีครั้งเดียว) แต่
ค่าเริ่มต้นเป็น 40 เมื่อใช้เทมเพลตที่ไม่ต่อเนื่องกัน

-B N (บลาสต์2)
ผลิตได้ทันที:
0 ไม่มี (ค่าเริ่มต้น)
1 ตารางออฟเซ็ตและค่าคุณภาพ
2 เพิ่มข้อมูลลำดับ
3 ข้อความ ASN.1
4 ไบนารี ASN.1

-B N (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์)
จำนวนการสืบค้นที่ต่อกัน ในโหมด blastn หรือ tblastn

-B ชื่อไฟล์ (บลาสพีจีพี)
ไฟล์การจัดตำแหน่งอินพุตสำหรับ PSI-BLAST Restart

-C X (บลาสทู, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์ซีแอล2)
ใช้สถิติตามองค์ประกอบสำหรับ blastp หรือ tblastn:
T, t, D หรือ d
ค่าเริ่มต้น (เทียบเท่ากับ 1 for ระเบิด2 และ blastall_old และเพื่อ 2 for บลาสทอล
และ blastcl3)
0, F หรือ f
ไม่มีสถิติตามองค์ประกอบ
1 สถิติตามองค์ประกอบเช่นใน ทับทิม 29:2994-3005, 2001
2 การปรับคะแนนตามองค์ประกอบใน ชีวสารสนเทศศาสตร์ 21:902-911, 2005,
กำหนดคุณสมบัติของลำดับ
3 การปรับคะแนนตามองค์ประกอบใน ชีวสารสนเทศศาสตร์ 21:902-911, 2005,
โดยไม่มีเงื่อนไข
เมื่อเปิดใช้งานสถิติใน blastall, blastall_old หรือ blastcl3 (เช่น, ไม่ใช่ blast2),
ท้าย u (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่) กับโหมดทำให้สามารถใช้ค่า p ที่เป็นหนึ่งเดียวได้
การรวมค่าการจัดตำแหน่งและค่า p แบบผสมในรอบที่ 1 เท่านั้น

-C ชื่อไฟล์ (บลาสพีจีพี)
ไฟล์เอาต์พุตสำหรับจุดตรวจ PSI-BLAST

-C N (บนเมล็ดพืช)
คะแนนเท่านั้นหรือไม่ (ค่าเริ่มต้น = 1)

-D N (bl2seq)
รูปแบบผลลัพธ์:
0 ดั้งเดิม (ค่าเริ่มต้น)
1 ตาราง

-D N (บลาสทู, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์ซีแอล2)
แปลลำดับในฐานข้อมูลตามรหัสพันธุกรรม N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (ค่าเริ่มต้นคือ 1 ใช้กับ tblast เท่านั้น*)

-D N (เมกาบลาส)
ประเภทของเอาต์พุต:
0 จุดสิ้นสุดการจัดตำแหน่งและคะแนน
1 จุดสิ้นสุดของเซ็กเมนต์ที่ไม่ได้รับการตรวจสอบทั้งหมด
2 เอาต์พุต BLAST ดั้งเดิม (ค่าเริ่มต้น)
รูปแบบบรรทัดเดียวคั่น 3 แท็บ
4 ข้อความที่เพิ่มขึ้น ASN.1
5 ASN.1 ไบนารีที่เพิ่มขึ้น

-D N (บนเมล็ดพืช)
ต้นทุนลดลงเพื่อจัดตำแหน่ง (ค่าเริ่มต้น = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, เมกะบลาสต์)
การขยายช่องว่างค่าใช้จ่าย N (-1 เรียกใช้พฤติกรรมเริ่มต้น)

-E N (บลาสทู, บลาสทอล, บลาสตอล_โอลด์)
การขยายช่องว่างค่าใช้จ่าย N (-1 เรียกใช้พฤติกรรมเริ่มต้น: ไม่ผูกมัดหากโลภ, 2
มิฉะนั้น)

-E N (blastpgp, อิมพาลา, เมล็ดพืช)
การขยายช่องว่างค่าใช้จ่าย N (ค่าเริ่มต้นคือ 1)

-F Str (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสตอล_โอลด์, บลาสพีพีพี,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) ตัวเลือกตัวกรองสำหรับฝุ่นหรือ SEG; ค่าเริ่มต้นเป็น
T สำหรับ bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 และ megablast และ F for
blastpgp, impala และ rpsblast

-F (บนเมล็ดพืช)
ลำดับการกรองด้วย SEG

-G N (bl2seq, blastcl3, เมกะบลาสต์)
ค่าใช้จ่ายในการเปิดช่องว่าง N (-1 เรียกใช้พฤติกรรมเริ่มต้น)

-G N (บลาสทู, บลาสทอล, บลาสตอล_โอลด์)
ค่าใช้จ่ายในการเปิดช่องว่าง N (-1 เรียกใช้พฤติกรรมเริ่มต้น: ไม่ผูกมัดหากโลภ 5 if
โดยใช้โปรแกรมไดนามิก)

-G N (blastpgp, อิมพาลา, เมล็ดพืช)
ค่าใช้จ่ายในการเปิดช่องว่าง N (ค่าเริ่มต้นคือ 11)

-H (บลาสต์2)
สร้างเอาต์พุต HTML

-H N (บลาสพีจีพี)
สิ้นสุดขอบเขตที่ต้องการในการค้นหา (-1 หมายถึงสิ้นสุดการสืบค้น)

-H (อิมพาลา)
พิมพ์ช่วยเหลือ (แตกต่างจากข้อความการใช้งาน)

-H N (เมกาบลาส)
จำนวน HSP สูงสุดที่จะบันทึกต่อลำดับฐานข้อมูล (ค่าเริ่มต้นคือ 0, ไม่จำกัด)

-I "เริ่มต้น หยุด" (bl2seq, blast2)
ตำแหน่งในลำดับแรก (แบบสอบถาม) (ใช้เฉพาะเมื่อไฟล์ที่ระบุด้วย -i มี
ลำดับเดียว)

-I (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสพพีจีพี, อิมพาลา, เมกะบลาสต์,
rpsblast, seedtop) แสดง GI ใน deflines

-J "เริ่มต้น หยุด" (bl2seq, blast2)
ตำแหน่งในลำดับที่สอง (หัวเรื่อง) (ใช้เฉพาะเมื่อไฟล์ที่ระบุด้วย -j
มีลำดับเดียว)

-J (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสพพีจีพี, อิมพาลา, เมกะบลาสต์,
rpsblast, seedtop) เชื่อคำค้นหาที่กำหนด

-K N (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์ซีแอล3, บลาสต์พีจีพี)
จำนวนเพลงฮิตที่ดีที่สุดจากภูมิภาคที่ควรเก็บไว้ ปิดโดยค่าเริ่มต้น หากใช้ค่า 100
ขอแนะนำ ค่าที่สูงมากของ -v or -b ยังแนะนำอีกด้วย

-K N (บนเมล็ดพืช)
ตัวคูณขนาดบัฟเฟอร์ภายใน (ความยาวข้อความค้นหา wrt ค่าเริ่มต้น = 2)

-L (บลาสต์2)
ใช้ตารางค้นหา (คลาสสิก Mega BLAST) ที่มีความกว้าง 12

-L เริ่มหยุด (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสตคลิ3, เมกะบลาสต์,
rpsblast) ตำแหน่งบนลำดับการสืบค้น (สำหรับ rpsblast ใช้ได้เฉพาะในโหมด blastp)

-M Str (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
blastpgp, impala, seedtop) ใช้ matrix Str (ค่าเริ่มต้น = BLOSUM62)

-M N (เมกาบลาส)
ความยาวรวมสูงสุดของข้อความค้นหาสำหรับการค้นหาครั้งเดียว (ค่าเริ่มต้น = 5000000)

-N (บลาสต์2)
แสดงเฉพาะภาคยานุวัติสำหรับรหัสลำดับในเอาต์พุตแบบตาราง

-N X (blastpgp, rpsblast)
จำนวนบิตที่จะทำให้เกิดช่องว่าง (ค่าเริ่มต้น = 22.0)

-N N (เมกาบลาส)
ประเภทของเทมเพลตคำที่ไม่ต่อเนื่องกัน:
การเข้ารหัส 0 (ค่าเริ่มต้น)
1 ดีที่สุด
2 สองพร้อมกัน

-O ชื่อไฟล์ (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสตัลคลิ3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) เขียนการจัดตำแหน่ง (ASN.1)
ไปยัง ชื่อไฟล์; ใช้ได้เฉพาะกับ blastpgp, impala, rpsblast และ seedtop ด้วย -Jและ
ใช้ได้เฉพาะกับ megablast ด้วย -D2.

-P X (บลาสต์2)
การตัดเปอร์เซ็นต์ตัวตน

-P N (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสพพีจีพี, อาร์พีสบลาสต์)
ตั้งค่าเป็น 1 สำหรับโหมดโจมตีครั้งเดียวหรือ 0 สำหรับโหมดโจมตีหลายครั้ง (ค่าเริ่มต้น) ใช้ไม่ได้
ที่จะระเบิด

-P ชื่อไฟล์ (อิมพาลา)
อ่านโปรไฟล์เมทริกซ์จากฐานข้อมูล ชื่อไฟล์

-P N (เมกาบลาส)
จำนวนตำแหน่งสูงสุดสำหรับค่าแฮช (ตั้งค่าเป็น 0 [ค่าเริ่มต้น] เพื่อละเว้น)

-Q N (บลาสทู, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์ซีแอล2)
แปลแบบสอบถามตามรหัสพันธุกรรม N ใน /usr/share/ncbi/data/gc.prt (ค่าเริ่มต้น
คือ 1)

-Q ชื่อไฟล์ (บลาสพีจีพี)
ไฟล์เอาต์พุตสำหรับ PSI-BLAST Matrix ใน ASCII

-Q ชื่อไฟล์ (เมกาบลาส)
เอาต์พุตแบบสอบถามที่ปิดบัง; ต้องใช้ -D 2

-R (บลาสต์2)
คำนวณการจัดตำแหน่ง Smith-Waterman ที่เหมาะสมที่สุดในพื้นที่ (ตัวเลือกนี้ใช้ได้เฉพาะ
สำหรับช่องว่าง tblastn)

-R ชื่อไฟล์ (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์)
อ่านไฟล์จุดตรวจ PSI-TBLASTN ชื่อไฟล์

-R (บลาสต์ซีแอล3)
การค้นหา RPS Blast

-R ชื่อไฟล์ (บลาสพีจีพี)
ไฟล์อินพุตสำหรับการรีสตาร์ท PSI-BLAST

-R (เมกาบลาส)
รายงานข้อมูลบันทึกเมื่อสิ้นสุดการส่งออก

-S N (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
megablast) สืบค้นข้อมูลเพื่อค้นหาฐานข้อมูลสำหรับ blastn, blastx, tblastx:
1 ด้านบน
2 ด้านล่าง
3 ทั้งสอง (ค่าเริ่มต้น)

-S N (บลาสพีจีพี)
จุดเริ่มต้นของภูมิภาคที่ต้องการในแบบสอบถาม (ค่าเริ่มต้น = 1)

-S N (บนเมล็ดพืช)
ค่าตัด (ค่าเริ่มต้น = 30)

-T (bl2seq, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสต์พีจีพี, เมกะบลาสต์,
rpsblast) สร้างเอาต์พุต HTML

-T N (บลาสต์2)
ประเภทของเทมเพลตคำที่ไม่ต่อเนื่องกัน:
การเข้ารหัส 0 (ค่าเริ่มต้น)
1 ดีที่สุด
2 สองพร้อมกัน

-U (bl2seq, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสต์พีจีพี, เมกะบลาสต์,
rpsblast) ใช้การกรองตัวพิมพ์เล็กสำหรับลำดับการสืบค้น

-V (bl2seq, บลาสทอล, เมกะบลาสต์)
บังคับให้ใช้เครื่องยนต์รุ่นเก่า

-V (บลาสต์2)
ใช้วิธีการปรับขนาดคำแบบแปรผันในการสแกนฐานข้อมูล

-W N (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) ใช้คำที่มีขนาด N (ความยาวของคู่ที่สมบูรณ์แบบที่สุด;
ศูนย์เรียกใช้การทำงานเริ่มต้น ยกเว้นกับ megablast ซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น 28 และ
blastpgp ซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น 3 ค่าเริ่มต้นสำหรับคำสั่งอื่นๆ จะแตกต่างกันไปด้วย
"โปรแกรม": 11 สำหรับ blastn, 28 สำหรับ megablast และ 3 สำหรับอย่างอื่น)

-X N (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) X ค่า dropoff สำหรับการจัดตำแหน่งที่มีช่องว่าง (in
บิต) (ศูนย์เรียกใช้พฤติกรรมเริ่มต้น ยกเว้นกับ megablast ซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น 20
และ rpsblast และ seedtop ซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น 15 ค่าเริ่มต้นสำหรับ other
คำสั่งแตกต่างกันไปตาม "โปรแกรม": 30 สำหรับ blastn, 20 สำหรับ megablast, 0 สำหรับ tblastx และ
15 สำหรับอย่างอื่น)

-Y X (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) ความยาวที่มีประสิทธิภาพของพื้นที่การค้นหา (ใช้ศูนย์สำหรับ
ขนาดจริง)

-Z N (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
megablast, rpsblast) X ค่า dropoff สำหรับขั้นสุดท้าย [ไดนามิกโปรแกรมมิง?] gapped
การจัดตำแหน่งเป็นบิต (ค่าเริ่มต้นคือ 100 สำหรับ blastn และ megablast, 0 สำหรับ tblastx, 25 สำหรับ
คนอื่น)

-a ชื่อไฟล์ (bl2seq)
เขียนข้อความ ASN.1 เอาต์พุตไปที่ ชื่อไฟล์

-a N (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
impala, megablast, rpsblast) จำนวนเธรดที่จะใช้ (ค่าเริ่มต้นคือหนึ่ง)

-b N (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
impala, megablast, rpsblast) จำนวนลำดับฐานข้อมูลที่จะแสดงการจัดตำแหน่งสำหรับ
(B) (ค่าเริ่มต้นคือ 250)

-c (บลาสต์2)
หน้ากากตัวพิมพ์เล็ก

-c N (อิมพาลา)
ค่าคงที่ใน pseudocounts สำหรับเวอร์ชัน multipass; 0 (ค่าเริ่มต้น) ใช้วิธีเอนโทรปี
มิฉะนั้น ค่าใกล้ 30 แนะนำ

-c N (อิมพาลา)
ค่าคงที่ใน pseudocounts สำหรับเวอร์ชัน multipass (ค่าเริ่มต้นคือ 10)

-d N (bl2seq)
ใช้ขนาดฐานข้อมูลตามทฤษฎีของ N (ศูนย์หมายถึงขนาดจริง)

-d Str (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
impala, megablast, seedtop) ฐานข้อมูลที่จะใช้ (ค่าเริ่มต้นคือ nr สำหรับไฟล์เรียกทำงานทั้งหมด
ยกเว้น blast2 ซึ่งต้องใช้ลำดับ FASTA ที่สอง หากไม่ได้ตั้งค่าไว้)

-d ชื่อไฟล์ (อาร์พีเอสบลาสต์)
RPS BLAST ฐานข้อมูล

-e X ค่าความคาดหวัง (E) (ค่าเริ่มต้น = 10.0)

-f X (บลาสทู, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์ซีแอล2)
เกณฑ์สำหรับการขยาย Hit ค่าเริ่มต้นถ้าเป็นศูนย์: 0 สำหรับ blastn และ megablast 11 สำหรับ
blastp, 12 สำหรับ blastx และ 13 สำหรับ tblasn และ tblastx

-f N (บลาสพีจีพี)
เกณฑ์สำหรับการขยายจำนวนครั้ง (ค่าเริ่มต้น 11)

-f (เมกาบลาส)
แสดง ID แบบเต็มในเอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น: เฉพาะ GI หรือภาคยานุวัติ)

-f (บนเมล็ดพืช)
บังคับค้นหารูปแบบแม้ว่าจะมีโอกาสมากเกินไป

-g F (bl2seq, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3)
ห้ามจัดตำแหน่งที่มีช่องว่าง (N/A สำหรับ tblastx)

-g (บลาสต์2)
ใช้อัลกอริทึมที่โลภสำหรับส่วนขยายที่มีช่องว่าง

-g F (เมกาบลาส)
ทำให้ megablast ที่ไม่ต่อเนื่องกันสร้างคำสำหรับทุกฐานของฐานข้อมูล
(บังคับกับเครื่องยนต์ BLAST ปัจจุบัน)

-h N (บลาสต์2)
ค่าปรับการเลื่อนเฟรมสำหรับการเว้นช่องว่างนอกเฟรม (blastx, tblastn เท่านั้น ค่าเริ่มต้นคือ
ศูนย์)

-h X (บลาสพีจีพี, อิมพาลา)
เกณฑ์ค่า e-value สำหรับการรวมอยู่ในโมเดล multipass (ค่าเริ่มต้น = 0.002 สำหรับ blastpgp
0.005 สำหรับอิมพาลา)

-i ชื่อไฟล์
อ่าน (ก่อน แบบสอบถาม) ลำดับหรือตั้งค่าจาก ชื่อไฟล์ (ค่าเริ่มต้นคือ stdin ไม่จำเป็นสำหรับ
blastpgp หากรีสตาร์ทจาก scoremat)

-j ชื่อไฟล์ (bl2seq, บลาสต์2)
อ่านลำดับที่สอง (หัวเรื่อง) หรือตั้งค่าจาก ชื่อไฟล์

-j N (บลาสพีจีพี)
จำนวนรอบสูงสุดที่จะใช้ในเวอร์ชันมัลติพาส (ค่าเริ่มต้น = 1)

-k Str (บลาสต์2)
รูปแบบสำหรับ PHI-BLAST

-k ชื่อไฟล์ (บลาสพีพีพี, ท็อปท็อป)
ป้อนไฟล์ Hit สำหรับ PHI-BLAST (ค่าเริ่มต้น = hit_file)

-l Str (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสทพีจีพี, เมกะบลาสต์)
จำกัดการค้นหาฐานข้อมูลเฉพาะรายการ [สตริง] ของ GI

-l ชื่อไฟล์ (อาร์พีเอสบลาสต์)
บันทึกข้อความถึง ชื่อไฟล์ มากกว่าข้อผิดพลาดมาตรฐาน

-m (bl2seq)
ใช้ Mega Blast สำหรับการค้นหา

-m N (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
impala, megablast, rpsblast) ตัวเลือกมุมมองการจัดตำแหน่ง:
0 คู่ (ค่าเริ่มต้น)
1 ที่ยึดคำค้นหาแสดงตัวตน
2 ยึดข้อความค้นหาไม่มีตัวตน
3 แบนด์วิดธ์แบบสอบถามแบบแบนแสดงข้อมูลประจำตัว
4 ยึดข้อความค้นหาแบบเรียบๆ ไม่มีการระบุตัวตน
5 ยึดข้อความค้นหาไม่มีตัวตนและปลายทู่
6 ยึดคำค้นหาแบบเรียบไม่มีตัวตนและปลายทู่
เอาต์พุต XML Blast 7 รายการ (ไม่พร้อมใช้งานสำหรับอิมพาลา)
8 ตาราง (ไม่สามารถใช้ได้สำหรับอิมพาลา)
9 ตารางพร้อมบรรทัดความคิดเห็น (ไม่สามารถใช้ได้สำหรับอิมพาลา)
10 ASN.1 ข้อความ (ไม่พร้อมใช้งานสำหรับอิมพาลาหรือ rpsblast)
11 ASN.1 ไบนารี (ไม่สามารถใช้ได้สำหรับอิมพาลาหรือ rpsblast)

-n (บลาสต์2)
แสดง GI ในรหัสลำดับ

-n (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสตัล 3)
ค้นหา MegaBlast

-n (เมกาบลาส)
ใช้ส่วนขยายที่ไม่โลภ (การเขียนโปรแกรมแบบไดนามิก) สำหรับคะแนน affine gap

-o ชื่อไฟล์
เขียนรายงานการจัดตำแหน่งขั้นสุดท้ายไปที่ ชื่อไฟล์ มากกว่า stdout

-p Str (bl2seq, blast2, บลาสตอล, blastall_old, blastcl3)
ใช้ "โปรแกรม" (ประเภทเปรียบเทียบ) Str. DESCRIPTION ส่วนนี้ครอบคลุม
ตัวเลือกในรายละเอียดเพิ่มเติม

-p Str (บลาสพีจีพี)
ตัวเลือกโปรแกรมสำหรับ PHI-BLAST (ค่าเริ่มต้น = blastpgp)

-p X (เมกาบลาส)
การตัดเปอร์เซ็นต์เอกลักษณ์ (ค่าเริ่มต้น = 0)

-p F (อาร์พีเอสบลาสต์)
ลำดับการค้นหาคือนิวคลีโอไทด์ ไม่ใช่โปรตีน

-p Str (บนเมล็ดพืช)
ชื่อโปรแกรม:
patmatchp ระบุรูปแบบที่เกิดขึ้นในลำดับ
patternp ระบุลำดับที่มีรูปแบบ

-q N (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
megablast, seedtop) บทลงโทษสำหรับนิวคลีโอไทด์ที่ไม่ตรงกัน (บลาสต์เท่านั้น) (ค่าเริ่มต้น = -10
สำหรับ seedtop, -3 สำหรับอย่างอื่น)

-q N (บลาสพีจีพี)
ASN.1 การป้อนข้อมูล Scoremat ของข้อมูลจุดตรวจ:
0 ไม่มีอินพุต scoremat (ค่าเริ่มต้น)
1 รีสตาร์ทจากไฟล์จุดตรวจ ASCII scoremat
2 รีสตาร์ทจากไฟล์จุดตรวจ binary scoremat

-r N (bl2seq, blast2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์cl3,
megablast, seedtop) รางวัลสำหรับการจับคู่นิวคลีโอไทด์ (บลาสต์เท่านั้น) (ค่าเริ่มต้น = 10 สำหรับ
seedtop, -10 สำหรับอย่างอื่น)

-s (บลาสต์2)
No-op (ก่อนหน้านี้ขอสร้างคำสำหรับทุกฐานของฐานข้อมูล)

-s (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสต์คลิล3, บลาสพพีจีพี)
คำนวณการจัดตำแหน่ง Smith-Waterman ที่เหมาะสมที่สุดในพื้นที่ สำหรับ blastall, blastall_old และ
blastcl3 ใช้ได้เฉพาะในโหมด tblastn ที่มีช่องว่างเท่านั้น

-s N (เมกาบลาส)
คะแนน Hit ขั้นต่ำที่จะรายงาน (0 สำหรับพฤติกรรมเริ่มต้น)

-t N (bl2seq, blast2, บลาสตอล, blastall_old, blastcl3)
ความยาวของเทมเพลตคำที่ไม่ต่อเนื่องกัน (อินตรอนที่ใหญ่ที่สุดที่อนุญาตในการแปล
ลำดับนิวคลีโอไทด์เมื่อเชื่อมโยงการกำหนดที่แตกต่างกันหลายรายการ ค่าเริ่มต้น = 0;
ค่าลบปิดการเชื่อมโยงสำหรับ blastall, blastall_old และ blastcl3)

-t N[u] (บลาสพีจีพี)
การปรับคะแนนตามองค์ประกอบ อักขระตัวแรกถูกตีความดังนี้:
0, F หรือ f
ไม่มีสถิติตามองค์ประกอบ
1 สถิติตามองค์ประกอบเช่นใน ทับทิม 29:2994-3005, 2001
2, T หรือ t
การปรับคะแนนตามองค์ประกอบเช่นใน ชีวสารสนเทศศาสตร์ 21:902-911, 2005,
กำหนดคุณสมบัติของลำดับในรอบที่ 1 (ค่าเริ่มต้น)
การปรับคะแนนตามองค์ประกอบ 3 อย่าง เช่น ใน ชีวสารสนเทศศาสตร์ 21:902-911, 2005,
โดยไม่มีเงื่อนไขในรอบ 1

เมื่อใช้สถิติตามองค์ประกอบ ให้ต่อท้าย u (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่) ต่อ the
อาร์กิวเมนต์ร้องขอ unified p-value รวมการจัดตำแหน่ง p-value และ Compositional p-
มูลค่ารอบที่ 1 เท่านั้น

-t N (เมกาบลาส)
ความยาวของเทมเพลตคำที่ไม่ต่อเนื่องกัน (คำที่ต่อเนื่องกันถ้า 0 [ค่าเริ่มต้น])

-u (บลาสต์2)
ทำเฉพาะการจัดตำแหน่งที่ไม่มีแอป (TRUE เสมอสำหรับ tblastx)

-u Str (บลาสต์ซีแอล3)
จำกัดการค้นหาฐานข้อมูลเฉพาะผลลัพธ์ของการค้นหา Entrez2

-u N (บลาสพีจีพี)
ASN.1 Scoremat เอาต์พุตของข้อมูลจุดตรวจ:
0 ไม่มีเอาต์พุต Scoremat (ค่าเริ่มต้น)
ไฟล์จุดตรวจ ASCII Scoremat 1 ไฟล์ (requires -J)
2 เอาต์พุตไฟล์จุดตรวจไบนารี scoremat (requires -J)

-v N (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
impala, megablast, rpsblast) จำนวนคำอธิบายหนึ่งบรรทัดที่จะแสดง (V) (ค่าเริ่มต้น =
500)

-w N (บลาสต์2)
ขนาดหน้าต่าง (ระยะห่างสูงสุดที่อนุญาตระหว่างคู่ของการโจมตีเริ่มต้น; 0 เรียกใช้
พฤติกรรมเริ่มต้น -1 ปิดหลาย Hit)

-w N (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสตัล 3)
บทลงโทษการเปลี่ยนเฟรม (อัลกอริทึม OOF สำหรับ blastx)

-y X (บลาสต์2, บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสทอล,
impala, rpsblast) X dropoff สำหรับส่วนขยายที่ไม่ได้ใช้งานเป็นบิต (0.0 เรียกใช้ค่าเริ่มต้น
ลักษณะการทำงาน: 20 สำหรับ blastn, 10 สำหรับ megablast และ 7 สำหรับอื่นๆ ทั้งหมด)

-y N (เมกาบลาส)
ค่าดรอปดาวน์ X สำหรับส่วนขยายที่ไม่ได้ใช้งาน (ค่าเริ่มต้นคือ 10)

-z N (บลาสต์2)
ความยาวอินตรอนที่ยาวที่สุดสำหรับการเชื่อมโยง HSP ที่มีช่องว่างไม่เท่ากัน (tblastn เท่านั้น ค่าเริ่มต้นคือ 0)

-z N (บลาสทอล, บลาสทอล_โอลด์, บลาสซีแอล3, บลาสพพีจีพี, อิมพาลา,
megablast, rpsblast) ความยาวที่มีประสิทธิภาพของฐานข้อมูล (ใช้ศูนย์สำหรับขนาดจริง)

ใช้อิมพาลาออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net