indexdb_rna - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

indexdb_rna - เครื่องมือสำหรับการกรอง, การทำแผนที่และการอ่าน NGS การเลือก OTU (indexdb)

เรื่องย่อ

indexdb_rna --อ้างอิง db.fasta,db.idx [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

SortMeRNA เป็นเครื่องมือวิเคราะห์ลำดับทางชีวภาพสำหรับการกรอง การทำแผนที่ และการเลือก OTU
NGS อ่านว่า อัลกอริทึมหลักขึ้นอยู่กับเมล็ดพันธุ์โดยประมาณและช่วยให้รวดเร็วและ
การวิเคราะห์ที่ละเอียดอ่อนของลำดับนิวคลีโอไทด์ แอปพลิเคชั่นหลักของ SortMeRNA กำลังกรอง
rRNA จากข้อมูล metatranscriptomic แอปพลิเคชันเพิ่มเติมรวมถึงการหยิบ OTU และ
การกำหนดอนุกรมวิธานใช้ได้ผ่าน QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1)

SortMeRNA ใช้เป็นอินพุตไฟล์ของการอ่าน (รูปแบบ fasta หรือ fastq) และหนึ่งหรือหลาย rRNA
ไฟล์ฐานข้อมูลและแยก rRNA และปฏิเสธการอ่านออกเป็นสองไฟล์ที่ระบุโดย
ผู้ใช้ อีกทางเลือกหนึ่ง มันสามารถให้การจัดตำแหน่งท้องถิ่นคุณภาพสูงของ rRNA ที่อ่านเทียบกับ
ฐานข้อมูล rRNA SortMeRNA ทำงานร่วมกับข้อมูล Illumina, 454, Ion Torrent และ PacBio และ can
สร้างการจัดตำแหน่งเหมือน SAM และ BLAST

OPTIONS

บังคับ OPTIONS
--อ้างอิง สตริง,สตริง
ไฟล์อ้างอิง FASTA ไฟล์ดัชนี
ตัวอย่าง:
--อ้างอิง /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
หากส่งไฟล์ลำดับการอ้างอิงหลายไฟล์ ให้แยกไฟล์เหล่านั้นด้วย ':'
ตัวอย่าง:
--อ้างอิง /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,เส้นทาง/index2

ตัวเลือก OPTIONS
--เร็ว บูล
ตัวเลือกที่แนะนำสำหรับการจัดตำแหน่งสปีชีส์ที่เกี่ยวข้อง ~ 99% (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

--อ่อนไหว บูล
ตัวเลือกที่แนะนำสำหรับการจัดตำแหน่งที่เกี่ยวข้อง ~75-98% (ค่าเริ่มต้น: เปิด)

--tmpdir STRING
ไดเร็กทอรีที่จะเขียนไฟล์ชั่วคราว

-m INT จำนวนหน่วยความจำ (เป็นเมกะไบต์) สำหรับการสร้างดัชนี (ค่าเริ่มต้น: 3072)

-L INT ความยาวของเมล็ด (ค่าเริ่มต้น: 18)

--max_pos INT
จำนวนตำแหน่งสูงสุดในการจัดเก็บสำหรับ L-mer ที่ไม่ซ้ำกันแต่ละรายการ (ค่าเริ่มต้น: 10000, การตั้งค่า
--max_pos 0 จะเก็บทุกตำแหน่ง)

-v บูล
ละเอียด

-h บูล
ช่วย

ใช้ indexdb_rna ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net