EnglishFrenchSpanish

เรียกใช้เซิร์ฟเวอร์ | Ubuntu > | Fedora > |


ไอคอน Fav ของ OnWorks

indexdb_rna - ออนไลน์ใน Cloud

เรียกใช้ indexdb_rna ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks ผ่าน Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

นี่คือคำสั่ง indexdb_rna ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS

โครงการ:

ชื่อ


indexdb_rna - เครื่องมือสำหรับการกรอง, การทำแผนที่และการอ่าน NGS การเลือก OTU (indexdb)

เรื่องย่อ


indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [ตัวเลือก]

DESCRIPTION


SortMeRNA เป็นเครื่องมือวิเคราะห์ลำดับทางชีวภาพสำหรับการกรอง การทำแผนที่ และการเลือก OTU
NGS อ่านว่า อัลกอริทึมหลักขึ้นอยู่กับเมล็ดพันธุ์โดยประมาณและช่วยให้รวดเร็วและ
การวิเคราะห์ที่ละเอียดอ่อนของลำดับนิวคลีโอไทด์ แอปพลิเคชั่นหลักของ SortMeRNA กำลังกรอง
rRNA จากข้อมูล metatranscriptomic แอปพลิเคชันเพิ่มเติมรวมถึงการหยิบ OTU และ
การกำหนดอนุกรมวิธานใช้ได้ผ่าน QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA ใช้เป็นอินพุตไฟล์ของการอ่าน (รูปแบบ fasta หรือ fastq) และหนึ่งหรือหลาย rRNA
ไฟล์ฐานข้อมูลและแยก rRNA และปฏิเสธการอ่านออกเป็นสองไฟล์ที่ระบุโดย
ผู้ใช้ อีกทางเลือกหนึ่ง มันสามารถให้การจัดตำแหน่งท้องถิ่นคุณภาพสูงของ rRNA ที่อ่านเทียบกับ
ฐานข้อมูล rRNA SortMeRNA ทำงานร่วมกับข้อมูล Illumina, 454, Ion Torrent และ PacBio และ can
สร้างการจัดตำแหน่งเหมือน SAM และ BLAST

OPTIONS


บังคับ OPTIONS
--ref STRING,STRING
ไฟล์อ้างอิง FASTA ไฟล์ดัชนี
ตัวอย่าง:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
หากส่งไฟล์ลำดับการอ้างอิงหลายไฟล์ ให้แยกไฟล์เหล่านั้นด้วย ':'
ตัวอย่าง:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

ตัวเลือก OPTIONS
--เร็ว บูล
ตัวเลือกที่แนะนำสำหรับการจัดตำแหน่งสปีชีส์ที่เกี่ยวข้อง ~ 99% (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

--อ่อนไหว บูล
ตัวเลือกที่แนะนำสำหรับการจัดตำแหน่งที่เกี่ยวข้อง ~75-98% (ค่าเริ่มต้น: เปิด)

--tmpdir STRING
ไดเร็กทอรีที่จะเขียนไฟล์ชั่วคราว

-m INT จำนวนหน่วยความจำ (เป็นเมกะไบต์) สำหรับการสร้างดัชนี (ค่าเริ่มต้น: 3072)

-L INT ความยาวของเมล็ด (ค่าเริ่มต้น: 18)

--max_pos INT
จำนวนตำแหน่งสูงสุดในการจัดเก็บสำหรับ L-mer ที่ไม่ซ้ำกันแต่ละรายการ (ค่าเริ่มต้น: 10000, การตั้งค่า
--max_pos 0 จะเก็บทุกตำแหน่ง)

-v บูล
ละเอียด

-h บูล
ช่วย

ใช้ indexdb_rna ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net


Ad


Ad