นี่คือคำสั่ง indigo-deco ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
indigo-deco - การตรวจจับโครงสร้างโมเลกุลและการถอดรหัสกลุ่ม R
เรื่องย่อ
ครามเดคโค ไฟล์ [พารามิเตอร์]
ครามเดคโค -h
DESCRIPTION
ครามเดคโค perfoms การตรวจจับโครงสรฉางของโมเลกุลและการแยกตัวของ R-group รับแล้ว
รูปแบบต่างๆ ได้แก่ Molfile, SDFile, RDFile, SMILES และ CML
OPTIONS
ครามเดคโค ยอมรับพารามิเตอร์ต่อไปนี้
-h พิมพ์ข้อความช่วยเหลือ
-a คำนวณโครงนั่งร้านโดยประมาณ (ค่าเริ่มต้นคือแน่นอน)
-s
เขียนโครงนั่งร้านที่พบสูงสุดไปยัง molfile
-S
เขียนนั่งร้านที่พบทั้งหมดไปยัง SD-file
-l
ไม่ต้องคำนวณนั่งร้าน แต่โหลดจากไฟล์
-sr
เขียนโครงนั่งร้านด้วย R-sites ไปยังไฟล์
-o
เขียนโมเลกุลที่เน้นผลลัพธ์ไปยังไฟล์
-r
เขียนโมเลกุลผลลัพธ์โดยแยกกลุ่ม r ไปยังไฟล์
สร้าง ไม่มีการพิจารณากลิ่นหอม
-- ทำเครื่องหมายจุดสิ้นสุดของตัวเลือก
ตัวอย่าง
ครามเดคโค *.โมล -o hl.sdf -s scaf.sdf
อ่านโมเลกุลจาก molfiles ในไดเร็กทอรีปัจจุบัน บันทึก scaffold สูงสุดที่พบ
เพื่อ scaf.mol และบันทึกโมเลกุลที่เน้นสีไปที่ hl.sdf
ครามเดคโค โครงสร้างโมล หลาย.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
อ่านหนึ่งโมเลกุลจาก structure.mol และหลายโมเลกุลจาก many.sdf, save
โมเลกุลที่มี r-rgoup เป็น rg.sdf และบันทึกโครงข่ายที่พบทั้งหมดลงใน allscafs.sdf
ครามเดคโค *.สมี -d readyscaf.mol -o hl.sdf
อ่านหลายโมเลกุลจากไฟล์ SMILES ทุกไฟล์ในไดเร็กทอรีปัจจุบัน read
นั่งร้านจาก readyscaf.mol และบันทึกโมเลกุลที่เน้นสีไปที่ hl.sdf
ใช้ indigo-deco ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
