นี่คือคำสั่งสีครามที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
สีคราม - ยูทิลิตี้การเรนเดอร์โมเลกุลและปฏิกิริยา
เรื่องย่อ
สีคราม infile.{mol,rxn,cml,smi} ไฟล์นอก.{png,svg,pdf} [พารามิเตอร์]
สีคราม infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [พารามิเตอร์]
สีคราม infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [พารามิเตอร์]
สีคราม - ยิ้ม ไฟล์ outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [พารามิเตอร์]
สีคราม -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
สีคราม ใช้สำหรับแสดงภาพโมเลกุล
OPTIONS
สีคราม สามารถอ่านไฟล์อินพุตหรือรหัส SMILES จากอินพุตมาตรฐานได้ เหล่านี้สามารถ
ตามด้วยพารามิเตอร์ต่อไปนี้อย่างน้อยหนึ่งรายการ
-w
ความกว้างของรูปภาพเป็นพิกเซล
-h
ความสูงของรูปภาพเป็นพิกเซล
-พันธบัตร
ความยาวพันธะเฉลี่ยเป็นพิกเซล
-ระยะขอบ
ระยะขอบแนวนอนและแนวตั้ง หน่วยเป็นพิกเซล ไม่มีระยะขอบโดยค่าเริ่มต้น
-ความหนา
กำหนดตัวคูณความหนาสัมพัทธ์ ค่าเริ่มต้นคือ 1.0
-linewidth
ตั้งค่าตัวคูณความกว้างของเส้นบอนด์ ค่าเริ่มต้นคือ 1.0
-ฉลาก
ตั้งค่าโหมดการแสดงฉลากอะตอม ค่าเริ่มต้นคือ ขั้ว hetero
- ไฮโดร
แสดงไฮโดรเจนโดยนัย ค่าเริ่มต้นคือ on
-[เด]อารมณ์
บังคับ [de] aromatization
-ระบบเสียงสเตอริโอ
โหมดการแสดงกลุ่มสเตอริโอ ค่าเริ่มต้นคือ เก่า
-cdbwsa
พันธะคู่ตรงกลางซึ่งมีพันธะสเตอริโอที่อยู่ติดกัน (ปิดใช้งานโดยค่าเริ่มต้น)
แบบสอบถาม ถือว่าอินพุตเป็นโมเลกุลคิวรีหรือปฏิกิริยา (ปิดใช้งานโดยค่าเริ่มต้น)
-กึ๋น
ถือว่าอินพุตเป็นโมเลกุลหรือปฏิกิริยาของแบบสอบถาม SMARTS (ปิดใช้งานโดยค่าเริ่มต้น)
-idfield
ฟิลด์ SDF/RDF ที่จะแทนที่ '%s' ในชื่อของไฟล์ที่บันทึกไว้ (ค่าเริ่มต้นคือ
โมเลกุล/เลขปฏิกิริยา)
-ตัวเร่งปฏิกิริยา
ตัวเร่งปฏิกิริยาปฏิกิริยาตำแหน่ง wrt ลูกศร ค่าเริ่มต้นคือ ด้านบนและด้านล่าง
-แสดงความคิดเห็น
แสดงความคิดเห็นข้อความที่จะวางเหนือโมเลกุลหรือปฏิกิริยา ไม่มีค่าเริ่มต้น
-commentoffset
ช่องว่างแนวตั้ง (เป็นพิกเซล) ระหว่างความคิดเห็นและโครงสร้าง
-ช่องแสดงความคิดเห็น
ใช้ฟิลด์ SDF/RDF ที่ระบุเป็นความคิดเห็น
-ชื่อความคิดเห็น
ใช้ชื่อโมเลกุล/ปฏิกิริยาเป็นความคิดเห็น
-ขนาดความคิดเห็น
ตัวคูณขนาดตัวอักษรของความคิดเห็นข้อความที่สัมพันธ์กับความหนาของพันธะ ค่าเริ่มต้นคือ 6
-แสดงความคิดเห็น
ตำแหน่งความคิดเห็นข้อความ (ด้านล่างโดยค่าเริ่มต้น)
-commentalign <0..1>
การจัดแนวความคิดเห็นข้อความ ค่าทศนิยม: 0 = ซ้าย, 0.5 = ศูนย์ 1 = ถูกต้อง
- การระบายสี
เปิด / ปิดการระบายสี ค่าเริ่มต้นคือ on
-hlthick
เปิดใช้งานการเน้นด้วยเส้นหนาและตัวหนา
-hlcolor
เปิดใช้งานการเน้นด้วยสี ค่าส่วนประกอบต้องอยู่ในช่วง [0 .. 255]
-บีจีคัลเลอร์
กำหนดสีพื้นหลัง ค่าส่วนประกอบต้องอยู่ในช่วง [0 .. 255]
-สีเบส
ตั้งค่าสีพื้นหน้าเริ่มต้น ค่าส่วนประกอบต้องอยู่ในช่วง [0 .. 255]
-aamcolor
กำหนดสีของดัชนี AAM ค่าส่วนประกอบต้องอยู่ในช่วง [0 .. 255]
-dsgcolor
กำหนดสีของข้อมูล SGroups ค่าส่วนประกอบต้องอยู่ในช่วง [0 .. 255]
-ความคิดเห็นสี
กำหนดสีของความคิดเห็น ค่าส่วนประกอบต้องอยู่ในช่วง [0 .. 255]
-อะตอม
แสดงเลขอะตอม (เพื่อการดีบักเท่านั้น)
-พันธบัตร
แสดงหมายเลขบอนด์ (เพื่อการดีบักเท่านั้น)
- หนึ่งเดียว
เริ่มดัชนีอะตอมและพันธบัตรจากที่เดียว ค่าเริ่มต้นคือจากศูนย์
-ช่วยด้วย พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้
ตัวอย่าง
สีคราม infile.mol ไฟล์เอาท์ไฟล์.png - การระบายสี ปิด -กลิ่นหอม
สีคราม ฐานข้อมูล.sdf โมเลกุล_%s.png -idfield ซีดีเบรกโน -ความหนา 1.1
สีคราม ฐานข้อมูล.smi ฐานข้อมูล.sdf
สีคราม - CC.[O-][*-]([O-])=O ข้อความค้นหา.png แบบสอบถาม
สีคราม - OCO>>CC(C)น ปฏิกิริยา.rxn
ใช้สีครามออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
