ipcress - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ipcress - ระบบจำลองการทดลอง PCR ในซิลิโคน

เรื่องย่อ

ไอเพรส [ ตัวเลือก ] <ไพรเมอร์ ไฟล์> <ลำดับ เส้นทาง>

DESCRIPTION

ไอเพรส คือ In-ซิลิโค PCR Eทดลอง Sการจำลอง Sตั้งค่า

เป็นเครื่องมือจำลองการทดลอง PCR คุณจัดหาไฟล์ที่มีไพรเมอร์
และชุดของลำดับ และคาดการณ์ผลิตภัณฑ์ PCR

Ipcress คล้ายกับโปรแกรม e-PCR จาก NCBI แต่เร็วกว่ามากและไม่
ประสบปัญหาในการระบุการจับคู่เมื่อมีสัญลักษณ์กำกวมใกล้ไพรเมอร์
จบลง

หากคุณจัดหาไพรเมอร์หลายคู่ไว้ด้วยกัน ipcress จะจำลองการทดลอง PCR ใน
แบบคู่ขนานทำให้สามารถจำลองการทดลองจำนวนมากได้ในระดับจีโนม ใช้หลายอย่าง
ห้องสมุดจาก อโหสิ เครื่องมือเปรียบเทียบลำดับ

INPUT FORMAT

อินพุตสำหรับ ipcress เป็นไฟล์คั่นด้วยช่องว่างสีขาวอย่างง่ายที่อธิบายการทดลองหนึ่งครั้งต่อ
ไลน์. แต่ละบรรทัดประกอบด้วย 5 ฟิลด์ต่อไปนี้:

id ตัวระบุสำหรับการทดลองนี้
ไพรเมอร์_A ลำดับของไพรเมอร์แรก
ไพรเมอร์_B ลำดับของไพรเมอร์ที่สอง
min_product_len ความยาวขั้นต่ำของผลิตภัณฑ์ในการรายงาน
max_product_len ความยาวสูงสุดของผลิตภัณฑ์ที่จะรายงาน

นี่คือตัวอย่างบรรทัดในรูปแบบนี้:

ID0001 CATGCATGCATC CGATGCANGCATGCT 900 1100

เอาท์พุท FORMAT

รูปแบบเอาต์พุตอธิบายผลิตภัณฑ์ PCR หนึ่งรายการต่อบรรทัด
และนำหน้าด้วย "ipcress:" ตามด้วย 11 ช่องต่อไปนี้:

ลำดับ_id ตัวระบุลำดับ
การทดลอง_id รหัสการทดสอบ PCR
สินค้า_ความยาว ความยาวของผลิตภัณฑ์ PCR
ไพรเมอร์_5 ไพรเมอร์ 5' (ทั้ง A หรือ B)
ตำแหน่ง_5 ตำแหน่งของไพรเมอร์ 5'
ไม่ตรงกัน_5 จำนวนที่ไม่ตรงกันบนไพรเมอร์ 5'
ไพรเมอร์_3 |
ตำแหน่ง_3 | ช่องเดียวกันสำหรับไพรเมอร์ 3'
ไม่ตรงกัน_3 |
ลักษณะ คำอธิบายผลิตภัณฑ์ PCR

ฟิลด์คำอธิบายเป็นหนึ่งใน 4 สตริงต่อไปนี้:

ข้างหน้า ผลิตภัณฑ์ธรรมดา ไพรเมอร์ A ตามด้วย B
เรฟคอมพ์ ผลิตภัณฑ์ธรรมดา ไพรเมอร์ B ตามด้วย A
โสด_A ผลิตภัณฑ์ไม่ดีที่สร้างโดย primer_A เท่านั้น
โสด_B ผลิตภัณฑ์ไม่ดีที่สร้างโดย primer_B เท่านั้น

นอกจากนี้ยังมีเอาต์พุตที่มนุษย์อ่านได้แสดงขึ้น ซึ่งไม่ได้ออกแบบมาสำหรับการแยกวิเคราะห์ (ดู:
--สวยข้างล่าง)

ทั่วไป OPTIONS

อาร์กิวเมนต์ส่วนใหญ่มีรูปแบบสั้นและยาว แบบยาว
มีแนวโน้มที่จะมีเสถียรภาพมากขึ้นเมื่อเวลาผ่านไป และด้วยเหตุนี้จึงควรใช้ในสคริปต์ที่
โทร ipcress

-h | --ชอร์ตเฮลป์
แสดงความช่วยเหลือ นี้จะแสดงสรุปย่อของตัวเลือกที่มีโดยย่อ, defaults
และค่าที่ตั้งไว้ในปัจจุบัน

--ช่วยด้วย
ซึ่งจะแสดงตัวเลือกความช่วยเหลือทั้งหมด รวมถึงค่าเริ่มต้น ค่าที่ตั้งไว้ในปัจจุบัน
และตัวแปรสภาพแวดล้อมที่อาจใช้ในการตั้งค่าแต่ละพารามิเตอร์ จะ
เป็นตัวบ่งชี้ว่าตัวเลือกใดบังคับ ตัวเลือกบังคับไม่มี
ค่าเริ่มต้น และต้องมีค่าที่ให้มาเพื่อให้ ipcress ทำงาน ถ้าตัวเลือกบังคับ
ถูกใช้ตามลำดับ แฟล็กของพวกเขาอาจถูกข้ามจากบรรทัดคำสั่ง (ดูตัวอย่าง
ด้านล่าง). ข้อมูลจากตัวเลือกนี้จะไม่เหมือนกับ man page นี้
กับโปรแกรมเวอร์ชั่นล่าสุด

-v | --รุ่น
แสดงหมายเลขรุ่น ยังแสดงข้อมูลอื่นๆ เช่น วันที่สร้าง
และเวอร์ชัน glib ที่ใช้

ไฟล์ INPUT OPTIONS

-i | --ป้อนข้อมูล
ข้อมูลการทดสอบ PCR ในรูปแบบไฟล์ ipcress ที่อธิบายไว้ข้างต้น

-s | --ลำดับ
ระบุลำดับ อาจมีการระบุไฟล์หลายไฟล์ที่นี่ ซึ่งจะช่วยลด FSM
สร้างโอเวอร์เฮดและทำให้ ipcress ทำงานเร็วกว่าการรันกระบวนการ
แยกต่างหาก

ไอพีเครส พารามิเตอร์

-m | --ไม่ตรงกัน
ระบุจำนวนที่ไม่ตรงกันที่อนุญาตต่อไพรเมอร์ การปล่อยให้ไม่ตรงกันลดลง
จะต้องสร้างความเร็วของโปรแกรมเป็นพื้นที่ใกล้เคียงไพรเมอร์ขนาดใหญ่และ
สามารถติดตั้งการทดลองน้อยลงในหน่วยความจำก่อนการสแกนลำดับแต่ละครั้ง
ฐานข้อมูล

-M | --หน่วยความจำ
ระบุจำนวนหน่วยความจำที่โปรแกรมควรใช้ ยิ่งสร้างความทรงจำ
ipcress ที่พร้อมใช้งาน ยิ่งทำงานเร็วขึ้น สามารถทำการทดลอง PCR ได้มากขึ้น
ในการสแกนฐานข้อมูลตามลำดับแต่ละครั้ง ไม่รวมหน่วยความจำที่ใช้ระหว่าง
การสแกน (สำหรับจัดเก็บผลลัพธ์บางส่วนและลำดับ) ดังนั้นจำนวนจริงของ
หน่วยความจำที่ใช้จะสูงขึ้นเล็กน้อย

-p | --สวย
แสดงผลในรูปแบบที่มนุษย์อ่านได้ ไม่ได้ออกแบบมาสำหรับการแยกวิเคราะห์

-P | --สินค้า
แสดงผลิตภัณฑ์ PCR เป็นลำดับรูปแบบ FASTA

-S | --เมล็ด
ระบุความยาวของเมล็ดสำหรับคำว่าเพื่อนบ้านสำหรับ FSM หากตั้งค่าเป็นศูนย์
ใช้ไพรเมอร์เต็มรูปแบบ คำที่สั้นลงจะลดขนาดของพื้นที่ใกล้เคียง แต่
เพิ่มเวลาที่ใช้โดย ipcress เพื่อกรองการจับคู่ที่ผิดพลาด

และพวกเรา

ยังไม่ได้จัดทำเอกสาร

ตัวอย่าง

ไอเพรส ทดสอบ ipress ลำดับ.fasta
นี่เป็นวิธีที่ง่ายที่สุดที่สามารถใช้ ipcress ได้
ไอเพรส dbsts_human.icress --ลำดับ ncbi30/*.fasta --ไม่ตรงกัน 1
เปรียบเทียบไฟล์อินพุตกับชุดของไฟล์ fasta โดยให้ไฟล์หนึ่งไม่ตรงกันในแต่ละไฟล์
ไพรเมอร์.

VERSION

เอกสารนี้มาพร้อมกับเวอร์ชัน 2.2.0 ของแพ็คเกจที่ยกเว้น

ใช้ ipcress ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net