นี่คือคำสั่ง ipig ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
ipig - การรวม PSM เข้ากับการสร้างภาพข้อมูลเบราว์เซอร์จีโนม
เรื่องย่อ
ไอปิก <psm ไฟล์> |-g|-c|-cg [ ]
DESCRIPTION
iPiG ตั้งเป้าที่จะรวมการจับคู่เปปไทด์สเปกตรัม (PSM) จากแมสสเปกโตรเมตรี
(MS) การระบุเปปไทด์ในการแสดงภาพจีโนมโดยเบราว์เซอร์จีโนมเช่น
เป็นเบราว์เซอร์จีโนม UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG นำ PSM จากรูปแบบมาตรฐานของ MS mzIdentML (*.mzid) หรือในรูปแบบข้อความและ
ให้ผลลัพธ์ในรูปแบบการติดตามจีโนม (ไฟล์ BED และ GFF3) ซึ่งสามารถทำได้ง่าย
นำเข้ามาในเบราว์เซอร์จีโนม
OPTIONS
<psm ไฟล์>
ระบุไฟล์ที่มีสเปกตรัมเปปไทด์ตรงกัน (mzid/txt)
-g, -กุย
เริ่มส่วนต่อประสานกราฟิกกับผู้ใช้ของ iPiG
-c, -ควบคุม
เริ่มการควบคุมยีน ต้องระบุไฟล์ที่จำเป็นในการกำหนดค่า
ไฟล์
-ซีจี, -controlgui
เริ่มอินเทอร์เฟซผู้ใช้แบบกราฟิกของการควบคุมยีน
-d, -ดาวน์โหลด
เริ่มการดาวน์โหลด gui
สามารถระบุไฟล์การกำหนดค่าอื่นได้ (มิฉะนั้น ipig.conf จะถูกโหลดโดย
ค่าเริ่มต้น)
ข้อกำหนดเพิ่มเติม:
โดยใช้โหมดที่ไม่ใช่ gui ไฟล์ปรับแต่ง (ipig.conf โดยค่าเริ่มต้น) จะต้องมีหลายไฟล์
พารามิเตอร์เพิ่มเติม เช่น การระบุจีโนมอ้างอิง เป็นต้น
ในโหมด gui (-g และ -ซีจี) พารามิเตอร์เพิ่มเติมสามารถระบุได้สองวิธีภายใน
อินเทอร์เฟซหรือไฟล์ปรับแต่งด้วย
ดูใน readme.txt และ ipig.conf สำหรับตัวอย่างและรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับ
พารามิเตอร์เพิ่มเติม
ใช้ ipig ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
