นี่คือคำสั่ง LAshow ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
LAshow - แสดงการจัดตำแหน่งท้องถิ่นจากไฟล์ .las
เรื่องย่อ
ลาโชว์ [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|เขื่อน [src2:db|เขื่อน] จัดตำแหน่ง:las
[อ่านว่า FILE | อ่านว่า:ช่วง -
DESCRIPTION
ลาโชว์ จัดทำรายการพิมพ์ของการจัดตำแหน่งท้องถิ่นที่มีอยู่ใน .las . ที่ระบุ
ไฟล์ที่ a- และ b-reads มาจาก src1 หรือจาก src1 และ src2ตามลำดับ ถ้า
ไฟล์หรือรายการของช่วงการอ่านจะได้รับ จากนั้นจึงให้เฉพาะการทับซ้อนที่ a-read อยู่ใน
ชุดที่ระบุโดยไฟล์หรือรายการจะปรากฏขึ้น ดู ดีบีโชว์(1) สำหรับคำอธิบายของ
วิธีการตีความไฟล์และรายการช่วงการอ่าน
OPTIONS
-F ย้อนกลับบทบาทของ a- และ b- อ่านในจอแสดงผล
-U ใช้ตัวพิมพ์ใหญ่สำหรับลำดับ DNA แทนตัวพิมพ์เล็กที่เป็นค่าเริ่มต้น
-iรอยหยัก
ตั้งค่าการเยื้องสำหรับการแสดงการ์ตูนและ/หรือการจัดตำแหน่งหากมีการร้องขอ
(ค่าเริ่มต้น: 4)
-bnum_ symbols
กำหนดจำนวนสัญลักษณ์ที่ด้านใดด้านหนึ่งของส่วนที่จัดแนวในการจัดตำแหน่ง
แสดง. (ค่าเริ่มต้น: 10)
-ww พารามิเตอร์นี้ใช้สำหรับโหมดการแสดงผลที่ระบุโดย -a และ -r. (ค่าเริ่มต้น:
100)
-o แสดงเฉพาะการจัดตำแหน่งที่ซ้อนทับกันอย่างเหมาะสม นั่นคือที่ลำดับสิ้นสุด
เกิดขึ้นที่ปลายแต่ละด้านของการจัดตำแหน่ง
การแสดงผล โหมด
-c การเรนเดอร์การ์ตูนของการจัดตำแหน่ง
-NS, -r แสดงการจัดตำแหน่งการจัดตำแหน่งท้องถิ่น
พื้นที่ -a ตัวเลือกทำให้ตรง w คอลัมน์ต่อส่วนของจอแสดงผลในขณะที่ -r ตัวเลือก
ทำให้ตรง w สัญลักษณ์ a-read ในแต่ละส่วนของจอแสดงผล NS -r โหมดการแสดงผลคือ
มีประโยชน์เมื่อต้องการเปรียบเทียบการจัดตำแหน่งสองแนวที่เกี่ยวข้องกับ a-read เดียวกันด้วยสายตา ถ้า
การรวมกันของ -c, -aและ -r ตั้งค่าสถานะแล้วการ์ตูนมาก่อนแล้ว -a
การจัดตำแหน่งและสุดท้าย -r การจัดตำแหน่ง
ใช้ LAshow ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
