นี่คือคำสั่ง load_genbankp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
load_genbank.pl - โหลดฐานข้อมูล Bio::DB::GFF จากไฟล์ GENBANK
เรื่องย่อ
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
หมายเหตุ: สคริปต์ bp_genbank2gff.pl ในการแจกจ่าย BioPerl จะเหมือนกับสคริปต์นี้
DESCRIPTION
สคริปต์นี้โหลดฐานข้อมูล Bio::DB::GFF ที่มีคุณสมบัติที่มีอยู่ใน local
ไฟล์ genbank หรือภาคยานุวัติที่ดึงมาจาก genbank ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งต่างๆ
ให้คุณควบคุมว่าจะโหลดฐานข้อมูลใดและจะอนุญาตให้ฐานข้อมูลที่มีอยู่ทำหรือไม่
จะถูกเขียนทับ
ปัจจุบันสคริปต์นี้ใช้เฉพาะ MySQL แม้ว่าจะเป็นการพิสูจน์หลักการและสามารถทำได้ง่าย
ขยายเพื่อทำงานร่วมกับ RDMS อื่น ๆ ที่ GFF รองรับผ่านอะแดปเตอร์
บรรทัดคำสั่ง OPTIONS
ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งสามารถย่อเป็นตัวเลือกตัวอักษรเดียว เช่น -d แทน
--ฐานข้อมูล
--create การสร้าง Force และการเริ่มต้นของฐานข้อมูล
--dsn แหล่งข้อมูล (ค่าเริ่มต้น dbi:mysql:test)
--ผู้ใช้ ชื่อผู้ใช้สำหรับการตรวจสอบ mysql
--ผ่าน รหัสผ่านสำหรับการตรวจสอบ mysql
--proxy พร็อกซีเซิร์ฟเวอร์ที่จะใช้สำหรับการเข้าถึงระยะไกล
--file อาร์กิวเมนต์ที่ตามมาคือชื่อไฟล์ Genbank/EMBL (ค่าเริ่มต้น)
-- อาร์กิวเมนต์ภาคยานุวัติที่ตามมาคือหมายเลขภาคยานุวัติ genbank
--stdout เขียนไฟล์ GFF ที่แปลงเป็น stdout แทนที่จะโหลด
ใช้ load_genbankp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
