นี่คือคำสั่ง miconv ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
miconv - แปลงข้อมูลภาพทางการแพทย์ระหว่างรูปแบบต่างๆ
เรื่องย่อ
ไมคอน [ตัวเลือก] []
DESCRIPTION
miconv: แปลงข้อมูลภาพทางการแพทย์ระหว่างรูปแบบต่างๆ
รูปแบบไฟล์จะถูกระบุโดยอัตโนมัติตามนามสกุลไฟล์ คาดว่าที่
อย่างน้อยสองชื่อไฟล์/ไดเร็กทอรี (สำหรับไฟล์อินพุตและเอาต์พุต) ที่ส่วนท้ายของ
บรรทัดคำสั่ง. ข้อยกเว้นคือตัวเลือก '-l' ซึ่งต้องการเพียงตัวเดียว
ชื่อไฟล์/ไดเร็กทอรีเพื่อแสดงรายการเนื้อหา
General ตัวเลือก:
-l: แสดงรายการชุดพารามิเตอร์โปรโตคอลและทางออกที่คั่นด้วยช่องว่าง ใช้ '-l help' เพื่อรับ a
รายการพารามิเตอร์ที่เป็นไปได้และ '-l ทั้งหมด' เพื่อแสดงรายการพารามิเตอร์ทั้งหมด พารามิเตอร์
ต้องละเว้น "ไฟล์เอาต์พุต" เมื่อใช้ตัวเลือกนี้
-p: โหลดโปรโตคอลนี้สำหรับค่าเริ่มต้น
โปรโตคอล ตัวเลือก:
- วันที่: วันที่สแกน [yyyymmdd] (default=20140807yyyymmdd)
-fp: FOV ในทิศทางเฟส [มม.] (ค่าเริ่มต้น=220.0มม.)
-fr: FOV ในทิศทางการอ่าน [mm] (ค่าเริ่มต้น = 220.0mm)
-fs: FOV ในทิศทางสไลซ์ [มม.] (ค่าเริ่มต้น=5.0มม.)
-ไม่มี: จำนวนการวัดต่อเนื่อง (ค่าเริ่มต้น = 1)
-nx: จำนวนจุดในทิศทางการอ่าน (ค่าเริ่มต้น=128)
- นิวยอร์ก: จำนวนจุดในทิศทางเฟส (ค่าเริ่มต้น=128)
-นิวซีแลนด์: จำนวนจุดในทิศทางสไลซ์ (ค่าเริ่มต้น=1)
-คลอด: วันเดือนปีเกิดของผู้ป่วย [yyyymmdd] (default=00000000yyyymmdd)
-ปิด: ตัวระบุผู้ป่วยที่ไม่ซ้ำ (ค่าเริ่มต้น=ไม่ทราบ)
-ชื่อ: ชื่อผู้ป่วยเต็ม (ค่าเริ่มต้น=ไม่ทราบ)
-psex: เพศของผู้ป่วย (options=MFO , default=O)
-น้ำหนัก: น้ำหนักผู้ป่วย [กก.] (ค่าเริ่มต้น=50.0กก.)
-วิทยาศาสตร์: ชื่อนักวิทยาศาสตร์ (ค่าเริ่มต้น=ไม่ทราบ)
-SD: ระยะห่างระหว่างชิ้น (จากจุดศูนย์กลางไปยังจุดศูนย์กลาง) [mm] (ค่าเริ่มต้น=10.0mm)
-เสิร์ฟ: คำอธิบายซีรี่ส์ (ค่าเริ่มต้น = ไม่ทราบ)
-เซอร์โน: หมายเลขชุด (ค่าเริ่มต้น = 1)
-เซนต์: ความหนาของแผ่น [mm] (ค่าเริ่มต้น = 5.0mm)
- สตั๊ด: คำอธิบายการศึกษา (ค่าเริ่มต้น = ไม่ทราบ)
-tcname: ชื่อของคอยล์ส่ง (ค่าเริ่มต้น=ไม่ทราบ)
-ชา: เวลาในการสะท้อนของลำดับ [ms] (ค่าเริ่มต้น=80.0ms)
-เวลา: เวลาสแกน [hhmmss] (ค่าเริ่มต้น = 091009hhmmss)
-ตร: เวลาระหว่างการกระตุ้นต่อเนื่อง [ms] (ค่าเริ่มต้น=1000.0ms)
เนื้อไม่มีมัน อ่าน ตัวเลือก:
-cplx: ถือว่าข้อมูลซับซ้อนและแยกส่วนประกอบที่กำหนด (ตัวเลือก=ไม่มี abs pha real
อิมเมจ ค่าเริ่มต้น=none)
-ds: ดัชนีชุดข้อมูลที่จะแยกหากมีการอ่านชุดข้อมูลหลายชุด
-กรอง: อ่านเฉพาะชุดข้อมูลซึ่งพารามิเตอร์โปรโตคอล 'คีย์' มีสตริง
'value' (กำหนดในรูปแบบ 'key=value')
-เอฟแมป: สำหรับการใช้หน่วยความจำที่ลดลง ให้ทำการแมปไฟล์หลังจากอ่านข้อมูล (ดิบ) แต่เขียน
ลงในอาร์เรย์จะส่งผลให้เกิดความผิดพลาด
-jdx: หากมีอาร์เรย์ JDX หลายรายการ ให้เลือกสิ่งนี้
-ภาษาถิ่น: อ่านข้อมูลโดยใช้ภาษาถิ่นที่กำหนดของรูปแบบ (ค่าเริ่มต้นคือไม่มีภาษาถิ่น)
-rf: อ่านรูปแบบ ใช้เพื่อแทนที่นามสกุลไฟล์ (options=autodetect 3db วิเคราะห์ asc
coi dat dcm ลอยคู่ gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ค่าเริ่มต้น = ตรวจจับอัตโนมัติ)
-ข้าม: ข้ามจำนวนไบต์นี้ก่อนที่จะอ่านข้อมูลดิบ (ค่าเริ่มต้น=0)
เนื้อไม่มีมัน เขียน ตัวเลือก:
-ผนวก: ต่อท้ายไฟล์ที่มีอยู่ สำหรับข้อมูลดิบเท่านั้น
-fnamepar: รายการพารามิเตอร์โปรโตคอลที่คั่นด้วยช่องว่างเพื่อรวมเมื่อสร้างเอกลักษณ์
ชื่อไฟล์
-ไม่มีขนาด: อย่าปรับขนาดค่าเมื่อเก็บจำนวนเต็ม
- แยก: บังคับให้แยกคู่ข้อมูลโปรโตคอลออกเป็นไฟล์แยกกัน
ประเภท: ประเภทการแสดงรูปภาพ (ตัวเลือก=ลอยอัตโนมัติ double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit ค่าเริ่มต้น=อัตโนมัติ)
-wภาษาถิ่น: เขียนข้อมูลโดยใช้ภาษาถิ่นที่กำหนดของรูปแบบ (ค่าเริ่มต้นคือไม่มีภาษาถิ่น)
-wf: เขียนรูปแบบ ใช้เพื่อแทนที่นามสกุลไฟล์ (options=autodetect 3db วิเคราะห์ asc
coi dat dcm ลอยคู่ gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ค่าเริ่มต้น = ตรวจจับอัตโนมัติ)
-wp: เก็บโปรโตคอลแยกต่างหากในไฟล์นี้
ตัวกรอง:
-จัดตำแหน่ง : จัดข้อมูลให้ตรงกับเรขาคณิต (ตำแหน่งว็อกเซล) ของ
ไฟล์ภายนอก
-หน้ากากอัตโนมัติ : สร้างมาสก์โดยใช้เกณฑ์ฮิสโตแกรมอัตโนมัติ
- คลัสเตอร์ : สร้างคลัสเตอร์ของ voxels ที่อยู่ติดกัน/ถัดไปที่ไม่ใช่ศูนย์ จัดเรียงตามขนาด
- หมุน <เคอร์เนลแบบหมุนวน (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ) เส้นผ่านศูนย์กลางเคอร์เนล [mm]> : การบิดตัวในมิติเชิงพื้นที่
- แนวโน้ม <จำนวนส่วนประกอบความถี่ต่ำที่จะลบออก ค่าเฉลี่ยผลลัพธ์เป็นศูนย์
timecourse> : ลบดริฟท์ช้าเมื่อเวลาผ่านไป
-Edit <ตำแหน่ง/ช่วงสตริงในรูปแบบ (กรอบเวลา, Slicepos, Phasepos, Readpos), ค่าใหม่
ของ voxel> : แก้ไขค่า voxel เดียว
-เก็นมาสค์ : สร้างมาสก์รวมถึง voxels ทั้งหมดที่มีค่า
ในช่วงที่กำหนด
-ไอโซโทรป : ทำให้อิมเมจ voxels isotrop ผ่านการประมาณค่า (image
เรขาคณิตจะไม่เปลี่ยนแปลง)
-โลว์พาส : การกรองความถี่ต่ำ
-สูงสุด : คลิปค่าทั้งหมดเหนือค่าสูงสุด
-maxip : ฉายภาพระดับความเข้มสูงสุด
เกินทิศทางที่กำหนด
-ผสาน : รวมชุดข้อมูลเป็นชุดข้อมูลเดียวโดยขยายมิติเวลา
-นาที : ตัดค่าทั้งหมดต่ำกว่าค่าต่ำสุด
-มินิป : ฉายภาพความเข้มต่ำสุด
เกินทิศทางที่กำหนด
-noNaN : แทนที่ทุก NaN ด้วยค่าที่กำหนด
-pflip : พลิกข้อมูลในทิศทางเฟส
-ปราง : เลือกช่วงใน
ทิศทางเฟส
-โครงการ : ทำการฉายภาพเฉลี่ยที่กำหนดให้
ทิศทาง
-ควอนทิลมาส์ก : สร้างมาสก์รวมถึง voxel ทั้งหมดที่อยู่เหนือเศษส่วนที่กำหนด
ธรณีประตู
-ตัวอย่าง : ปรับขนาดข้อมูลภาพชั่วคราว
- ปรับขนาด : การปรับขนาดข้อมูลภาพเชิงพื้นที่
- รีสไลซ์ : แบ่งภาพเป็นที่กำหนด
ปฐมนิเทศ
-rflip : พลิกข้อมูลในทิศทางที่อ่าน
-เน่า : การหมุนในระนาบ
- จัดเรียง : เลือกช่วงใน
อ่านทิศทาง
- สเกล : ปรับขนาดภาพใหม่
-พลิก : พลิกข้อมูลในทิศทางสไลซ์
- กะ <readDirection shift [pixel],phaseDirection shift [pixel],sliceDirection shift
[พิกเซล]> : เลื่อนข้อมูลเชิงพื้นที่
-slicetime : ถูกต้องสำหรับ
คะแนนเวลาการได้มาที่แตกต่างกันของสไลซ์
-ประกบ : ประกบ
ภาพในทิศทางที่กำหนด
- แปลก : เลือกช่วงใน
ทิศทางสไลซ์
-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : สลับ/สะท้อนมิติโดยการระบุทิศทาง
สามตัวพร้อมป้ายสะท้อนแสงเสริม
-กระเบื้อง : รวมชิ้นเป็นภาพ 2D สี่เหลี่ยม
- แปลก : เลือกช่วงใน
ทิศทางของเวลา
- เปลี่ยนเกียร์ : เปลี่ยนข้อมูลทันเวลา
-ประเภทสูงสุด : ตัดค่าทั้งหมดที่อยู่เหนือค่าสูงสุดของประเภทข้อมูลที่ระบุ
-ไทป์มิน : ตัดค่าทั้งหมดด้านล่างค่าต่ำสุดของประเภทข้อมูลที่ระบุ
-ใช้มาสก์ : สร้างชุดข้อมูล 1D รวมถึงค่าทั้งหมดภายในมาสก์จากไฟล์
อื่นๆ ตัวเลือก:
-v หรือ สำหรับการดีบัก/ติดตามส่วนประกอบทั้งหมดหรือส่วนประกอบเดียว
ส่วนประกอบตามลำดับ ค่าที่เป็นไปได้สำหรับ loglevel คือ: 0(noLog), 1(errorLog),
2(บันทึกคำเตือน), 3(infoLog)
-h, --ช่วยด้วย, -ช่วยด้วย, --รุ่น : พิมพ์ข้อความช่วยเหลือหรือข้อมูลเวอร์ชัน
ที่สนับสนุน ไฟล์ นามสกุล(รูปแบบ):
3db (ข้อมูลไบนารี Iris3D)
วิเคราะห์
(NIFTI/ANALYZE ภาษาถิ่น: fsl )
asc (ASCII, ภาษาถิ่น: tcourse )
coi (ชุดข้อมูล JCAMP-DX)
dat (เมทริกซ์ข้อมูล Matlab ascii 2D)
dcm (DICOM ภาษาถิ่น: ซีเมนส์ )
สองเท่า (ข้อมูลดิบสองเท่า)
ลอย (ข้อมูลดิบลอย)
gz (คอนเทนเนอร์ GNU-Zip สำหรับรูปแบบอื่น)
hdr (Interfile ภาษาถิ่น: neurostat )
hdr (NIFTI/ANALYZE ภาษาถิ่น: fsl )
idx (ดัชนี 3 มิติของค่าที่ไม่ใช่ศูนย์ใน ASCII)
ima (DICOM ภาษาถิ่น: ซีเมนส์ )
อินเตอร์ไฟล์
(Interfile, ภาษาถิ่น: neurostat )
jdx (รูปแบบภาพ JCAMP-DX)
mag (DICOM ภาษาถิ่น: ซีเมนส์ )
mhd (เมตาอิมเมจ)
nii (NIFTI/ANALYZE, ภาษาถิ่น: fsl )
ph (DICOM ภาษาถิ่น: ซีเมนส์ )
png (กราฟิกเครือข่ายแบบพกพา)
pos (ตำแหน่ง xy ของค่าที่ไม่ใช่ศูนย์ใน ASCII)
โปร (โปรโตคอลการวัด ODIN)
reg (Ansoft HFSS ASCII)
s16bit (ลงนามข้อมูลดิบ 16 บิต)
s32bit (ลงนามข้อมูลดิบ 32 บิต)
s8bit (ลงนามข้อมูลดิบ 8 บิต)
smp (ชุดข้อมูล JCAMP-DX)
u16bit (ข้อมูลดิบ 16 บิตที่ไม่ได้ลงนาม)
u32bit (ข้อมูลดิบ 32 บิตที่ไม่ได้ลงนาม)
u8bit (ข้อมูลดิบ 8 บิตที่ไม่ได้ลงนาม)
ใช้ miconv ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net