micro_razers - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

micro_razers

เรื่องย่อ

micro_razers [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

MicroRazerS ใช้กลยุทธ์การทำแผนที่ตามคำนำหน้าเพื่อทำแผนที่ RNA ขนาดเล็กที่อ่านได้
มีลำดับอะแด็ปเตอร์ 3 '

(c) ลิขสิทธิ์ 2009 โดย Anne-Katrin Emde

-h, --ช่วยด้วย

แสดงข้อความช่วยเหลือนี้

--รุ่น

แสดงข้อมูลเกี่ยวกับรุ่น

ตัวเลือกหลัก::

-o, --เอาท์พุท ไฟล์

เปลี่ยนชื่อไฟล์เอาต์พุต ค่าเริ่มต้น: .ผลลัพธ์.

-ร, --อัตราการรับรู้ NUM

กำหนดอัตราการรับรู้เป็นเปอร์เซ็นต์ ในช่วง [80..100] ค่าเริ่มต้น: 100

-สล, --เมล็ดยาว NUM

ความยาวเมล็ด อยู่ในช่วง [10..inf]. ค่าเริ่มต้น: 16.

-sE, --seed-ข้อผิดพลาด

ปล่อยให้มีข้อผิดพลาดในเมล็ดพืช

-f, --ซึ่งไปข้างหน้า

แผนที่จะอ่านเพื่อส่งต่อเส้นเท่านั้น

-r, --ย้อนกลับ

แผนที่จะอ่านเพื่อย้อนกลับเท่านั้น

-เอ็มเอ็น, --match-N

'N' ตรงกับอักขระอื่น ๆ ทั้งหมด

-m, -- แม็กซ์ฮิต NUM

ส่งออกเพียง NUM ของฮิตที่ดีที่สุดในช่วง [1..inf] ค่าเริ่มต้น: 100

- พ่อ, --ล้าง-คลุมเครือ

ล้างการอ่านด้วยการจับคู่ที่ดีที่สุดมากกว่าสูงสุด

-LM, --หน่วยความจำต่ำ

ลดการใช้หน่วยความจำด้วยค่าใช้จ่ายของรันไทม์

-v, --รายละเอียด

โหมดละเอียด

-vv, --vverbose

โหมดละเอียดมาก

ตัวเลือกรูปแบบเอาต์พุต::

-ของ, --output-รูปแบบ NUM

กำหนดรูปแบบเอาต์พุต 0 = รูปแบบ MicroRazerS, 1 = SAM อยู่ในช่วง [0..1]

-a, --การจัดตำแหน่ง

ทิ้งการจัดตำแหน่งสำหรับการแข่งขันแต่ละครั้ง

-gn, --การตั้งชื่อจีโนม NUM

เลือกวิธีตั้งชื่อจีโนม 0 = ใช้ Fasta id, 1 = ระบุเริ่มต้นด้วย 1 In
ช่วง [0..1]. ค่าเริ่มต้น: 0

-ร, --read-ตั้งชื่อ NUM

เลือกวิธีการตั้งชื่อการอ่าน 0 = ใช้ Fasta id, 1 = ระบุเริ่มต้นด้วย 1 In
ช่วง [0..1]. ค่าเริ่มต้น: 0

-ดังนั้น, --เรียงลำดับ-เรียงลำดับ NUM

เลือกวิธีการเรียงลำดับที่ตรงกัน 0 = ตัวเลขที่อ่านได้ 1 = ตำแหน่งจีโนม อยู่ในช่วง
[0..1]. ค่าเริ่มต้น: 0

-pf, --ตำแหน่ง-รูปแบบ NUM

เลือกการกำหนดหมายเลขตำแหน่งเริ่มต้น/สิ้นสุด (ดูส่วนพิกัดด้านล่าง) 0 = ช่องว่างช่องว่าง
1 = พื้นที่ตำแหน่ง อยู่ในช่วง [0..1] ค่าเริ่มต้น: 0

VERSION

micro_razers เวอร์ชัน: 1.0.1 อัปเดตล่าสุด ก.ค. 2009

ใช้ micro_razers ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net