นี่คือคำสั่ง mincaverage ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
mincaverage - ไฟล์ minc เฉลี่ย
เรื่องย่อ
mincaveage [ ] .mnc [ .mnc...] .mnc
DESCRIPTION
ขั้นต่ำ เฉลี่ยไฟล์ minc เข้าด้วยกัน อนุญาตให้มีพฤติกรรมทางเลือกที่หลากหลายเช่น
ดี: การปรับปริมาตรก่อนการทำให้เป็นมาตรฐาน, การสร้างปริมาตรส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน, ค่าเฉลี่ยมากกว่า a
ขนาดที่ระบุของไฟล์อินพุต
OPTIONS
โปรดทราบว่าตัวเลือกสามารถระบุในรูปแบบย่อได้ (ตราบใดที่ไม่ซ้ำกัน) และ
สามารถให้ที่ใดก็ได้บนบรรทัดคำสั่ง
General ตัวเลือก
-2 สร้างไฟล์เอาต์พุตรูปแบบ MINC 2.0
-ทุบ
เขียนทับไฟล์ที่มีอยู่
-Noclobber
อย่าเขียนทับไฟล์ที่มีอยู่ (ค่าเริ่มต้น)
-รายละเอียด
พิมพ์ข้อมูลความคืบหน้าสำหรับแต่ละกลุ่มข้อมูลที่คัดลอก (ค่าเริ่มต้น)
-เงียบ อย่าพิมพ์ข้อมูลความคืบหน้า
-debug พิมพ์ข้อมูลเพิ่มเติม (เช่น ปัจจัยการทำให้เป็นมาตรฐาน)
-รายการไฟล์ ชื่อไฟล์
ระบุไฟล์ที่มีรายชื่อไฟล์อินพุต หากได้รับ "-" แสดงว่าไฟล์
ชื่อจะอ่านจาก stdin หากได้รับตัวเลือกนี้ ก็ไม่ควรมีการป้อนข้อมูล
ชื่อไฟล์ที่ระบุในบรรทัดคำสั่ง บรรทัดว่างในไฟล์อินพุตคือ
ละเว้น
-max_buffer_size_in_kb ขนาดบัฟเฟอร์
ระบุขนาดสูงสุดของบัฟเฟอร์ภายใน (เป็น kbytes) ค่าเริ่มต้นคือ4096
กิโลไบต์
เอาท์พุต ชนิด ตัวเลือก
ตัวเลือกเหล่านี้ควบคุมความแม่นยำในการจัดเก็บข้อมูลและขนาดของค่า voxel แต่ละรายการใน
ไฟล์ที่ส่งออก
-ประเภทไฟล์
อย่าทำการแปลงประเภทใด ๆ (ค่าเริ่มต้น)
-ไบต์ เขียนค่าจำนวนเต็ม 8 บิต
-สั้น เขียนค่าจำนวนเต็ม 16 บิต
-int เขียนค่าจำนวนเต็ม 32 บิต
-ยาว แทนที่โดย -int
-ลอย เขียนค่าจุดลอยตัวที่มีความแม่นยำเดียว
-Double
เขียนค่าทศนิยมที่มีความแม่นยำสองเท่า
-ลงนาม เขียนค่าเป็นจำนวนเต็มที่ลงนาม (ค่าเริ่มต้นสำหรับระยะสั้นและระยะยาว) ละเว้นสำหรับ
ประเภทจุดลอยตัว
-ไม่ได้ลงนาม
เขียนค่าเป็นจำนวนเต็มที่ไม่ได้ลงนาม (ค่าเริ่มต้นสำหรับไบต์) ละเว้นสำหรับลอย
ประเภทจุด
-พิสัย นาที แม็กซ์
ระบุช่วงที่ถูกต้องของค่าเอาต์พุต voxel ในการแทนค่าจำนวนเต็ม
ค่าเริ่มต้นคือช่วงเต็มสำหรับประเภทและเครื่องหมาย ตัวเลือกนี้ถูกละเว้นสำหรับ
ค่าจุดลอยตัว เพื่อให้มีผลคุณต้องระบุประเภท
เฉลี่ย ตัวเลือก
-ทำให้เป็นมาตรฐาน
ปรับปริมาณให้เป็นค่าเฉลี่ยทั่วโลกก่อนที่จะหาค่าเฉลี่ย (อิงตามค่าเฉลี่ย
ของว็อกเซลที่มีค่ามากกว่า 2 เปอร์เซ็นต์ของช่วงเต็มเหนือค่าต่ำสุด)
-ไม่ปกติ
อย่าปรับระดับเสียงให้เป็นปกติ (ค่าเริ่มต้น)
-sdfile sdfile.mnc
ระบุชื่อไฟล์ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐานเอาท์พุตที่จะคำนวณเพิ่มเติม
ค่าเฉลี่ยที่คำนวณตามปกติ
- ไฟล์น้ำหนัก Weightfile.mnc
ระบุเอาต์พุตไฟล์น้ำหนัก voxel สะสม (ค่าเริ่มต้น=ไม่มี)
-copy_header
คัดลอกข้อมูลส่วนหัวเพิ่มเติมทั้งหมดจากไฟล์อินพุตแรก (ค่าเริ่มต้น
สำหรับไฟล์อินพุตหนึ่งไฟล์)
-nocopy_header
อย่าคัดลอกข้อมูลส่วนหัวเพิ่มเติม (ค่าเริ่มต้นสำหรับไฟล์อินพุตจำนวนมาก)
-เฉลี่ย สลัว
ระบุชื่อมิติที่เราควรหาค่าเฉลี่ย (หรือคำนวณ
ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน). หากทำให้เป็นมาตรฐาน ก็ยังใช้ได้เฉพาะกับที่แยกจากกัน
ไฟล์เท่านั้น - ไม่มีการทำให้เป็นมาตรฐานภายในไฟล์
-บินาไรซ์
แปลงปริมาณอินพุตให้เป็นไบนารีก่อนคำนวณค่าเฉลี่ย การทำไบนารี่เสร็จแล้ว
โดยระบุช่วงของค่าที่ส่งผลต่อค่าเฉลี่ย 1 การทำให้เป็นมาตรฐานของ
อินพุตไม่ได้รับอนุญาตเมื่อดำเนินการไบนารี
-บินเรนจ์ นาที แม็กซ์
ระบุช่วงของค่าสำหรับไบนารี
-binvalue ความคุ้มค่า
ระบุค่าทางกฎหมายเดียว (จำนวนเต็ม) สำหรับไบนารี ช่วงถูกตั้งค่าเป็น +/-
0.5 รอบค่านี้เพื่อให้เกิดการปัดเศษของค่าอินพุตที่มีประสิทธิภาพ
-ignore_ด้านล่าง ความคุ้มค่า
อย่ารวม voxels ที่ต่ำกว่าค่านี้ในค่าเฉลี่ยและ sd
-ignore_above ความคุ้มค่า
อย่ารวม voxel ที่สูงกว่าค่านี้ในค่าเฉลี่ยและ sd
- ชั้น ความคุ้มค่า
คำพ้องความหมายสำหรับ -ignore_ด้านล่าง
-ignore_above ความคุ้มค่า
คำพ้องความหมายสำหรับ -ignore_above
- น้ำหนัก
ระบุชุดของน้ำหนักสำหรับการหาค่าเฉลี่ย จำนวนค่าน้ำหนักต้อง
ตรงกับจำนวนไฟล์อินพุตและต้องระบุค่าเป็นไฟล์เดียว
อาร์กิวเมนต์ด้วยเครื่องหมายจุลภาคหรือช่องว่างเป็นตัวคั่น ผลรวมของน้ำหนักจะต้องไม่
ศูนย์. หากใช้ตุ้มน้ำหนักกับมิติการเฉลี่ย ไฟล์อินพุตเดียวเท่านั้นที่สามารถ
ระบุไว้
-ความกว้าง_ถ่วงน้ำหนัก
ตัวเลือกนี้ใช้ได้เฉพาะเมื่อหาค่าเฉลี่ยข้ามมิติ (-เฉลี่ย ตัวเลือก). มัน
ระบุว่าการถ่วงน้ำหนักควรทำโดยใช้ตัวแปรความกว้างที่สอดคล้อง
สู่มิติเฉลี่ย ตัวอย่างเช่น ใช้ -ความกว้าง_ถ่วงน้ำหนัก กับ -เฉลี่ย เวลา
จะใช้ตัวแปร time-width เพื่อถ่วงน้ำหนักค่า
-min_weight ความคุ้มค่า
ระบุน้ำหนักขั้นต่ำ (จำนวนเล่มถ้าไม่ได้ระบุน้ำหนัก)
ที่จำเป็นสำหรับการคำนวณค่าเฉลี่ยที่ถูกต้อง ถ้าน้ำหนักสะสมของว็อกเซลคือ
ต่ำกว่าเกณฑ์นี้ ค่าเฉลี่ยและ sd ที่รายงานจะเป็น 0 ซึ่งโดยทั่วไปจะเป็น
จะมีประโยชน์หากไม่รวมค่าโดยใช้ตัวใดตัวหนึ่ง -ไม่สนใจ ตัวเลือกหรือตามค่า NaN
ในปริมาณอินพุต
-min_weight_fraction ความคุ้มค่า
เหมือนกับ -min_weightแต่ระบุเป็นเศษส่วนของผลรวมของน้ำหนักอินพุต
(หรือจำนวนอินพุต หากไม่ระบุน้ำหนัก)
ทั่วไป ตัวเลือก for ทั้งหมด คำสั่ง:
-ช่วยด้วย พิมพ์สรุปตัวเลือกบรรทัดคำสั่งและออก
-version
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันของโปรแกรมและออก
ใช้ mincaverage ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
