mincresample - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mincresample - สุ่มตัวอย่างไฟล์ minc ตามมิติเชิงพื้นที่ใหม่

เรื่องย่อ

mincreample [ ]

DESCRIPTION

ตัวอย่างขั้นต่ำ จะสุ่มตัวอย่างไฟล์ minc ตามมิติเชิงพื้นที่ใหม่ด้วย voxel . ใหม่
ตำแหน่ง แต่ละโวลุ่มในไฟล์อินพุต (กำหนดโดยมิติเชิงพื้นที่ xspace, yspace
และ zspace) ถูกสุ่มตัวอย่างใหม่ตามตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง มิติที่ไม่ใช่เชิงพื้นที่คือ
เก็บรักษาไว้ในลำดับเดิม แต่มิติเชิงพื้นที่สามารถจัดลำดับใหม่เพื่อให้
ภาพตามขวาง, ทัลหรือโคโรนาล ค่า voxel ใหม่คำนวณโดยใช้ไตร-
การประมาณค่าเชิงเส้น สามลูกบาศก์ หรือใกล้เคียงที่สุด

WORLD พิกัด

พิกัดโลกหมายถึงพิกัดมิลลิเมตรที่สัมพันธ์กับแหล่งกำเนิดทางกายภาพบางอย่าง
(ไม่ว่าจะเป็นเครื่องสแกนหรือโครงสร้างทางกายวิภาคบางอย่าง) พิกัด Voxel เป็นเพียง
ดัชนีเป็นปริมาณภาพของ voxel ที่กำหนด เพื่อระบุความเหมาะสม
ตัวเลือกการสุ่มตัวอย่างใหม่ จำเป็นต้องเข้าใจวิธีการทำงานของการแปลงพิกัดของ MINC

แต่ละมิติของโวลุ่มอิมเมจ MINC ถูกระบุโดยชื่อ - มิติเชิงพื้นที่คือ
xspace, yspace และ zspace แบบแผนคือว่าพิกัด xspace บวกรันจาก
ด้านซ้ายของผู้ป่วยไปด้านขวา พิกัด yspace บวกวิ่งจากด้านหลังผู้ป่วย
ไปด้านหน้าและบวกพิกัด zspace เรียกใช้จากด้อยกว่าที่เหนือกว่า สำหรับแต่ละ
มิติเชิงพื้นที่เหล่านี้การแปลงพิกัดโลกถูกกำหนดโดยคู่ของ
คุณลักษณะ: ขั้นตอนและการเริ่มต้น พิกัดโลกของ xspace เช่น คำนวณโดยใช้ x
= v*step + start โดยที่ x คือพิกัดโลก x และ v คือจำนวน voxel (เริ่มต้นที่
ศูนย์). ดังนั้น ขนาดของแอตทริบิวต์ step จะระบุระยะห่างระหว่าง voxels และ
เครื่องหมายของแอตทริบิวต์ step ระบุทิศทางของแกน

มีการบิดเพิ่มเติม: ไฟล์ MINC ได้รับอนุญาตให้มีแกนที่ไม่ตั้งฉากกับ
ขนาดไม่สอดคล้องกับแกนที่กำหนดอย่างสมบูรณ์ อาจมีทิศทาง_โคไซน์
แอตทริบิวต์ที่ให้ทิศทางที่แท้จริงของแกน ตัวอย่างเช่น โดยปกติ xspace
มิติควรอยู่ในแนวเดียวกับแกน x ของโลก กล่าวคือ โคไซน์ทิศทาง = (1,0,0); อย่างไรก็ตาม,
เป็นไปได้ที่จะมีทิศทางโคไซน์เป็น (0.9, 0.43589, 0)

คุณลักษณะเหล่านี้ (ขั้นตอน จุดเริ่มต้น และทิศทาง_โคไซน์) ให้การแปลงจาก voxel
พิกัดไปยังพิกัดโลก รวมกับองค์ประกอบหรือตัวอย่างจำนวนหนึ่งตาม
แกน ให้คำอธิบายที่สมบูรณ์ว่าควรเก็บตัวอย่างผลลัพธ์ไว้ที่ใด
อย่างไรก็ตาม เมื่อเรากำลังสุ่มตัวอย่างข้อมูล เรามักสนใจในการเปลี่ยนแปลงของโลก
พิกัด: จากระบบพิกัดของเครื่องสแกน MRI ไปจนถึงระบบพิกัดของเครื่องสแกน PET
ตัวอย่างเช่น หรือจากโวลุ่มในพื้นที่การได้มาเพื่อพิกัดในมาตรฐาน
ช่องว่าง. การเปลี่ยนแปลงพิกัดโลกนี้สามารถระบุได้โดยใช้ a
ไฟล์การแปลง (.xfm) ดังนั้น โดยทั่วไป การสุ่มตัวอย่างจะเกี่ยวข้องกับสาม
การแปลง: จากพิกัด voxel ของไฟล์อินพุตไปยังพิกัดโลก
(ระบุโดยไฟล์อินพุต) จากพิกัดโลกอินพุตไปยังโลกเอาต์พุต
พิกัด (ระบุโดยไฟล์การแปลง) และจาก world . ของไฟล์เอาต์พุต
พิกัดไปยังพิกัด voxel (ระบุโดยตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง)

โดยทั่วไป ไม่ค่อยมีการใช้โคไซน์ของทิศทาง - การกำหนดแนวแกนใหม่ถูกกำหนดโดย a
การเปลี่ยนแปลงของพิกัดโลก (ไฟล์การแปลง) เช่นกัน การสุ่มตัวอย่างตำแหน่ง
(เอาต์พุตโลกเป็นการแปลง voxel) มักถูกระบุให้สัมพันธ์กับไฟล์โมเดล (เช่น
สุ่มไฟล์นี้ใหม่เพื่อให้ดูเหมือนไฟล์นั้น) แม้ว่าจะมีตัวเลือกมากมายสำหรับ a
คุณสมบัติครบถ้วนของการแปลงร่าง ไม่จำเป็นต้องระบุเพิ่มเติม
กว่าสองสามของพวกเขา

OPTIONS

โปรดทราบว่าตัวเลือกสามารถระบุในรูปแบบย่อได้ (ตราบใดที่ไม่ซ้ำกัน) และ
สามารถให้ที่ใดก็ได้บนบรรทัดคำสั่ง

General ตัวเลือก

-2 สร้างไฟล์เอาต์พุตรูปแบบ MINC 2.0

-ทุบ
เขียนทับไฟล์ที่มีอยู่

-Noclobber
อย่าเขียนทับไฟล์ที่มีอยู่ (ค่าเริ่มต้น)

-รายละเอียด
พิมพ์ข้อมูลความคืบหน้าสำหรับการคำนวณแต่ละส่วน (ค่าเริ่มต้น)

-เงียบ อย่าพิมพ์ข้อมูลความคืบหน้า

resampling สเปค

ตัวเลือกที่ให้การสุ่มตัวอย่างผลลัพธ์ (ทั้งหมดต่อไปนี้ยกเว้น -การแปลงร่าง) คือ
แยกวิเคราะห์ตามลำดับที่ปรากฏบนบรรทัดคำสั่ง ดังนั้นคำสั่งกับ เหมือน
File.mnc -znองค์ประกอบ 34 -zstep 2 จะให้ตัวอย่างเช่นนั้นในไฟล์ใน File.mnc แต่
ด้วย 34 ตัวอย่างที่ 2 มม. ตามแนว สเปซ แกน. การสุ่มตัวอย่างเริ่มต้นนำมาจาก
ไฟล์อินพุต แปลงตามการเปลี่ยนแปลงใด ๆ

-การแปลงร่าง ไฟล์.xfm
ระบุไฟล์ที่ให้การแปลงพิกัดโลก (ค่าเริ่มต้นคือตัวตน
การเปลี่ยนแปลง)

-invert_transformation
พลิกการแปลงก่อนใช้งาน

-noinvert_transformation
อย่ากลับการแปลง (ค่าเริ่มต้น)

-tfm_input_sampling
แปลงการสุ่มตัวอย่างอินพุต (โดยใช้การแปลงที่ระบุโดย -การแปลงร่าง)
พร้อมกับข้อมูลและใช้สิ่งนี้เป็นการสุ่มตัวอย่างเริ่มต้น (ค่าเริ่มต้น)

-use_input_sampling
ใช้การสุ่มตัวอย่างอินพุตเป็นการสุ่มตัวอย่างเริ่มต้น ตามที่เป็นอยู่ โดยไม่มีการแปลง แม้แต่
แม้ว่าข้อมูลจะถูกแปลง (พฤติกรรมเก่า)

เหมือน File.mnc
ระบุไฟล์โมเดลที่ให้โลกเอาต์พุตกับการแปลง voxel และตัวเลข
ขององค์ประกอบต่างๆ (เช่น แปลงไฟล์นี้ให้ดูเหมือนไฟล์นั้น)

-มาตรฐาน_การสุ่มตัวอย่าง
ตั้งค่าการสุ่มตัวอย่างเป็นค่ามาตรฐาน (เริ่มต้น = 0, ขั้นตอน = 1, จุดโคไซน์ทิศทาง
ตามแกนที่เหมาะสม)

-ประเภทช่องว่าง เชือก
ตั้งชื่อของพื้นที่ส่งออก (โดยปกติ พื้นเมือง____ or ตะไลรัช_).

-ทาไลรัช
ตั้งชื่อพื้นที่ส่งออกเป็น tairach_

- หน่วย เชือก
กำหนดหน่วยของพื้นที่ส่งออก

-ต้นทาง ox oy oz
ระบุพิกัดของว็อกเซลแรก ซึ่งไม่เหมือนกับค่าเริ่มต้น
ถ้าทิศทางโคไซน์ไม่เป็นมาตรฐาน เช่นกัน การเริ่มต้นไม่ใช่แค่ a
การฉายภาพตั้งฉากของจุดกำเนิดบนแกน เป็นการฉายภาพขนานกัน
(เช่นเดียวกับในการฉายภาพสี่เหลี่ยมด้านขนานหลายมิติ) การแปลงได้รับการจัดการ
อย่างถูกต้องตามตัวเลือกนี้

-nองค์ประกอบ nx ny nz
จำนวนองค์ประกอบตามแต่ละมิติของโลก

-xnองค์ประกอบ nx
จำนวนองค์ประกอบตามมิติ xspace

-องค์ประกอบ ny
จำนวนองค์ประกอบตามมิติ yspace

-znองค์ประกอบ nz
จำนวนองค์ประกอบตามมิติ zspace

- ขั้นตอน XSTEP ขั้นตอน ZSTEP
ขั้นตอนระหว่าง voxels ตามแต่ละมิติของโลก

-XStep XSTEP
ขั้นตอนระหว่าง voxels ตามมิติ xspace

-YSTEP ขั้นตอน
ขั้นตอนระหว่าง voxels ตามมิติ yspace

-zstep ZSTEP
ขั้นตอนระหว่าง voxels ตามมิติ zspace

- เริ่มต้น เอ็กซ์สตาร์ท เริ่มต้น ZStart
ตำแหน่งศูนย์กลางของ voxel แรกตามแต่ละมิติของโลก

-XStart เอ็กซ์สตาร์ท
ตำแหน่งศูนย์กลางของ voxel แรกตามมิติ xspace

- เริ่มต้น เริ่มต้น
ตำแหน่งศูนย์กลางของ voxel แรกตามมิติ yspace

-Zstart ZStart
ตำแหน่งศูนย์กลางของ voxel แรกตามมิติ zspace

-Dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
โคไซน์ทิศทางสำหรับแต่ละแกนโลก

-XDircos x1 x2 x3
โคไซน์ทิศทางสำหรับมิติ xspace

-ydircos y1 y2 y3
โคไซน์ทิศทางสำหรับมิติ yspace

-zdircos z1 z2 z3
โคไซน์ทิศทางสำหรับมิติ zspace

Dimension การสั่งซื้อ

ค่าเริ่มต้นคือการรักษาลำดับของมิติเดิม

-ขวาง
เขียนชิ้นตามขวาง

-ทัล
เขียนชิ้นทัล.

-Coronal
เขียนชิ้นโคโรนา

เอาท์พุต ข้อมูล ชนิด และ พิสัย

ค่าดีฟอลต์สำหรับประเภท เครื่องหมาย และช่วงที่ถูกต้องคือการใช้ค่าเหล่านั้นของไฟล์อินพุต ถ้าประเภทคือ
ที่ระบุ จากนั้นทั้งเครื่องหมายและช่วงที่ถูกต้องจะถูกตั้งค่าเป็นค่าเริ่มต้นสำหรับประเภทนั้น ถ้าเครื่องหมายคือ
ที่ระบุ จากนั้นช่วงที่ถูกต้องจะถูกตั้งค่าเป็นค่าเริ่มต้นสำหรับประเภทและเครื่องหมาย

-ไบต์ จัดเก็บ voxels เอาต์พุตในรูปแบบจำนวนเต็ม 8 บิต

-สั้น จัดเก็บ voxels เอาต์พุตในรูปแบบจำนวนเต็ม 16 บิต

-int จัดเก็บ voxels เอาต์พุตในรูปแบบจำนวนเต็ม 32 บิต

-ยาว แทนที่โดย -int.

-ลอย เก็บเอาต์พุต voxels ในรูปแบบทศนิยม 32 บิต

-Double
เก็บเอาต์พุต voxels ในรูปแบบทศนิยม 64 บิต

-ลงนาม
เขียนค่าเป็นจำนวนเต็มที่ลงนาม (ค่าเริ่มต้นสำหรับระยะสั้นและระยะยาว) ละเว้นสำหรับ
ประเภทจุดลอยตัว

-ไม่ได้ลงนาม
เขียนค่าเป็นจำนวนเต็มที่ไม่ได้ลงนาม (ค่าเริ่มต้นสำหรับไบต์) ละเว้นสำหรับลอย
ประเภทจุด

-พิสัย นาที แม็กซ์
ระบุช่วงที่ถูกต้องของค่า voxel เอาต์พุต ค่าเริ่มต้นคือช่วงเต็มสำหรับ
พิมพ์และลงชื่อ ตัวเลือกนี้จะถูกละเว้นสำหรับค่าทศนิยม

-keep_real_range
รักษาค่าต่ำสุดและสูงสุดที่แท้จริงจากปริมาณอินพุต เพื่อให้ค่าเป็น
ปรับขนาดในลักษณะเดียวกันกับเอาต์พุต สิ่งนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับการสุ่มตัวอย่างฉลากใหม่
ปริมาณที่ค่าความเข้มของการสอดแทรกไม่สมเหตุสมผล

-nokeep_real_range
คำนวณค่าต่ำสุดและสูงสุดจริงใหม่สำหรับแต่ละส่วนของเอาต์พุต นี่คือค่าเริ่มต้น

การจัดการ of ไม่ได้กำหนด (ไม่ถูกต้อง) วอกเซล ค่า

-เติม ว็อกเซลเอาต์พุตที่อยู่นอกโวลุ่มอินพุตมีค่าที่ไม่ได้กำหนดไว้ เมื่อ
-เติม ใช้ตัวเลือก voxels เหล่านี้จะได้รับค่าที่อยู่นอก valid
ช่วง (น้อยกว่าค่าต่ำสุดที่ถูกต้อง หากประเภท ป้ายและช่วงที่ถูกต้องอนุญาต) ดังนั้น
ที่สามารถตรวจพบได้โดยซอฟต์แวร์อื่น ค่าของว็อกเซลเหล่านี้ไม่ใช่
รวมอยู่ใน ภาพ-max และ ภาพ min ตัวแปร

--nofill
ใช้ค่าจริง/ค่าจริง (ไม่ใช่ค่า voxel) ที่เป็นศูนย์สำหรับจุดที่อยู่นอกอินพุต
ปริมาณ. คะแนนเหล่านี้รวมอยู่ในการคำนวณของ ภาพ-max และ ภาพ min
ตัวแปร นี่คือค่าเริ่มต้น

-เติมค่า ค่าเติม
ระบุค่าจริง/ค่าจริง (ไม่ใช่ค่า voxel) สำหรับจุดที่อยู่นอกอินพุต
ปริมาณ. คะแนนจะไม่รวมอยู่ในการคำนวณของ ภาพ-max และ ภาพ-
นาที ตัวแปร

การแก้ไข ตัวเลือก

-ไตรลิเนียร์
ทำการแก้ไขแบบสามเชิงเส้นระหว่างว็อกเซล ขอบของโวลุ่มอยู่ที่
ศูนย์กลางของว็อกเซลตัวแรกและตัวสุดท้ายของมิติ นี่คือค่าเริ่มต้น

-ไตรคิวบิก
ทำการประมาณค่าสามลูกบาศก์ระหว่างว็อกเซล ขอบของโวลุ่มอยู่ที่
ศูนย์กลางของว็อกเซลตัวแรกและตัวสุดท้ายของมิติ

-ใกล้ที่สุด_เพื่อนบ้าน
ทำการแก้ไขเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดระหว่าง voxels (เช่น ค้นหา voxel ที่ใกล้เคียงที่สุดกับ
จุดและใช้ค่าของมัน) ขอบของปริมาตรอยู่ที่ขอบแรก
และว็อกเซลสุดท้ายของมิติ

-ซิง ทำการอินเตอร์โพเลตแบบซิงโครไนซ์แบบซิงโครไนซ์ระหว่าง voxels ตามที่อธิบายโดยThcker
และคณะ JMRI 10:582-588 (1999).

-ความกว้าง n
ระบุครึ่งความกว้างของเคอร์เนลการแก้ไข sinc ในช่วงตั้งแต่ 1 ถึง
10. ความกว้างของเคอร์เนลเต็มคือ n * 2 + 1 ดังนั้นจึงแตกต่างกันไปตั้งแต่ 3 ถึง 21
ค่าเริ่มต้นคือ 5 โดยให้ความกว้างเต็มเป็น 11

-ฮันนิง
ใช้หน้าต่าง Hanning ที่มีช่องสัญญาณซิงค์ นี่คือค่าเริ่มต้น

-แฮมมิง
ใช้หน้าต่าง Hamming กับ sinc interpolant

ทั่วไป ตัวเลือก

-ช่วยด้วย พิมพ์สรุปตัวเลือกบรรทัดคำสั่งและออก

-version
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันของโปรแกรมและออก

ตัวอย่าง

สุ่มตัวอย่างสมองของแต่ละคนในพื้นที่มาตรฐานบนตารางสุ่มตัวอย่างมาตรฐาน:

mincresample แต่ละ.mnc in_std_space.mnc \
-Transform Transform_to_standard_space.xfm \
-เหมือน standard_sampling.mnc

สุ่มตัวอย่างวอลลุ่ม MRI ใหม่เพื่อจับคู่กับปริมาตร PET แต่ด้วยความละเอียดที่ละเอียดกว่า:

Mincresample MRI.MNC MRI_RESAMPLED.MNC \
-Transform MRI_TO_PET.XFM -LIKE PET.MNC \
-ขั้นตอนที่ 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-องค์ประกอบ 256 256 64

เปลี่ยนปริมาตรตามขวางเป็นปริมาตรทัล:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-ทัล

เปลี่ยนปริมาตรตามขวาง 256x256x64 (1x1x2 มม.) เป็นปริมาตรตามขวาง 256x128x256 (1x1x1 มม.):

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zขั้นตอนที่ 1 -znelem 128

รับการสุ่มตัวอย่างตามแนวแกนที่ละเอียดยิ่งขึ้นในปริมาตร PET:

ตัวอย่างขั้นต่ำ pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelements 46

ใช้ mincresample ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net