แผนที่ย่อ - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

แผนที่ย่อ - การทำแผนที่อย่างรวดเร็วระหว่างลำดับดีเอ็นเอยาว

เรื่องย่อ

แผนที่ย่อ [-lSOV] [-k กม] [-w ชนะขนาด] [-I ขนาดชุด] [-d ไฟล์ดัมพ์] [-f ocThres] [-r
วงกว้าง] [-m นาทีแบ่งปัน] [-c นาทีนับ] [-L นาทีตรงกัน] [-g ช่องว่างสูงสุด] [-T ฝุ่นละออง] [-t
nกระทู้] [-x ตั้งล่วงหน้า] เป้าหมาย.ฟ้า แบบสอบถาม.fa > เอาท์พุท.paf

DESCRIPTION

แผนที่ย่อเป็นเครื่องมือในการค้นหาตำแหน่งการทำแผนที่โดยประมาณหลายตำแหน่งระหว่างสอง .อย่างมีประสิทธิภาพ
ชุดของลำดับที่ยาว เช่น ระหว่างการอ่านและจีโนมอ้างอิง ระหว่างจีโนมและ
ระหว่างการอ่านที่มีเสียงดังยาว แผนที่ย่อมีการจัดทำดัชนีและขั้นตอนการทำแผนที่ ในการจัดทำดัชนี
เฟสจะรวบรวมตัวย่อทั้งหมดของลำดับเป้าหมายจำนวนมากในตารางแฮช ใน
ระยะการทำแผนที่ จะระบุกลุ่มที่ดีของตัวย่อขนาดโคลิเนียร์ แผนที่ย่อไม่
ไม่สร้างการจัดตำแหน่งโดยละเอียดระหว่างเป้าหมายและลำดับการสืบค้น เท่านั้น
เอาต์พุตเริ่มต้นโดยประมาณและพิกัดสิ้นสุดของคลัสเตอร์เหล่านี้

OPTIONS

การจัดทำดัชนี ตัวเลือก
-k INT ตัวย่อความยาว k-mer [15]

-w INT ขนาดหน้าต่างย่อเล็กสุด [2/3 ของความยาว k-mer] ตัวย่อเล็กสุดคือ k-mer . ที่เล็กที่สุด
ในหน้าต่างของ w ติดต่อกัน k-mers

-I NUM โหลดมากที่สุด NUM เป้าหมายฐานเป็น RAM สำหรับการจัดทำดัชนี [4G] ถ้ามีมากกว่า
NUM ฐานใน เป้าหมาย.ฟ้า, แผนที่ย่อต้องอ่าน แบบสอบถาม.fa หลายครั้งเพื่อทำแผนที่
กับแต่ละกลุ่มของลำดับเป้าหมาย NUM อาจจะลงท้ายด้วย k/K/m/M/g/G

-d ไฟล์ ดัมพ์ดัชนีตัวย่อเป็น ไฟล์ [ไม่มีการถ่ายโอนข้อมูล]

-l แสดงว่า เป้าหมาย.ฟ้า อันที่จริงแล้วเป็นดัชนีย่อขนาดที่สร้างโดย option -dไม่
ไฟล์ FASTA หรือ FASTQ

การทำแผนที่ ตัวเลือก
-f ลอย ละเว้นด้านบน ลอย เศษของตัวย่อที่เกิดขึ้นส่วนใหญ่ [0.001]

-r INT แบนด์วิดท์โดยประมาณสำหรับการจัดกลุ่ม Hit ย่อขนาดเริ่มต้น [500] NS ตัวย่อขนาด
ตี เป็นตัวย่อที่มีอยู่ในทั้งลำดับเป้าหมายและแบบสอบถาม NS ตัวย่อขนาด
ตี กลุ่ม เป็นกลุ่มของตัวย่อขนาดโคลิเนียร์ที่อาจเกิดขึ้นระหว่างเป้าหมาย
และลำดับการสืบค้น

-m ลอย รวมกลุ่ม Hit ย่อขนาดเริ่มต้น if ลอย หรือส่วนที่สูงกว่าของตัวย่อเล็กสุด
มีการแชร์ระหว่างคลัสเตอร์ [0.5]

-c INT คงคลัสเตอร์ Hit ตัวย่อไว้หากมี INT หรือมากกว่าตัวย่อขนาดฮิต [4]

-L INT ละทิ้งคลัสเตอร์ Hit ย่อขนาดหลังจาก colinearization จำนวนการจับคู่
ฐานอยู่ด้านล่าง INT [40]. ตัวเลือกนี้ส่วนใหญ่จะลดขนาดของเอาต์พุต มันมี
มีผลเพียงเล็กน้อยต่อความเร็วและหน่วยความจำสูงสุด

-g INT แยกกลุ่ม Hit ที่ย่อเล็กสุดออกจากช่องว่าง INT-bp หรือนานกว่านั้นที่ไม่มี
ตัวย่อใด ๆ ฮิต [10000]

-T INT มาสก์ขอบเขตบนลำดับการสืบค้นด้วยเกณฑ์คะแนน SDUST INT; 0 เพื่อปิดการใช้งาน
[0]. SDUST เป็นอัลกอริทึมในการระบุลำดับย่อยที่มีความซับซ้อนต่ำ มันไม่ใช่
เปิดใช้งานโดยค่าเริ่มต้น หากต้องการ SDUST ค่าระหว่าง 20 ถึง 25 คือ
ที่แนะนำ. เกณฑ์ที่สูงขึ้นมาสก์ลำดับน้อยลง

-S ทำแผนที่แบบ all-vs-all ในโหมดนี้ ถ้าชื่อลำดับการสืบค้นคือ
พจนานุกรมศัพท์มากกว่าชื่อลำดับเป้าหมาย ฮิตระหว่างพวกเขา
จะถูกระงับ ถ้าชื่อลำดับการค้นหาเหมือนกับชื่อเป้าหมาย
ฮิตตัวย่อขนาดแนวทแยงจะถูกระงับด้วย

-O ปล่อย Hit ที่ย่อเล็กสุดหากอยู่ห่างจาก Hit อื่น (ทดลอง) นี้
ตัวเลือกมีประโยชน์สำหรับการทำแผนที่โครโมโซมยาวจากสองสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน

-x STR การเปลี่ยนการตั้งค่าหลายรายการตาม STR [ไม่ได้ตั้งค่า]. ขอแนะนำให้สมัคร
ตัวเลือกนี้ก่อนตัวเลือกอื่น เช่น ตัวเลือกต่อไปนี้อาจแทนที่
การตั้งค่าต่างๆ ที่แก้ไขโดยตัวเลือกนี้

อวา10ก สำหรับ PacBio หรือ Oxford Nanopore การทำแผนที่แบบอ่านทั้งหมดเทียบกับทั้งหมด (-Sw5 -L100 -m0)

อินพุต / เอาต์พุต ตัวเลือก
-t INT จำนวนเธรด [3] แผนที่ย่อใช้ไม่เกินสามเธรดเมื่อรวบรวม
ตัวย่อเล็กสุดบนลำดับเป้าหมาย และใช้มากถึง INT+1 เธรดเมื่อทำการแมป (the
เธรดเพิ่มเติมมีไว้สำหรับ I/O ซึ่งมักจะไม่ได้ใช้งานและใช้เวลา CPU เพียงเล็กน้อย)

-V พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันไปที่ stdout

เอาท์พุท FORMAT

แผนที่ย่อแสดงตำแหน่งการทำแผนที่ในรูปแบบคู่ mApping (PAF) PAF เป็น TAB-
รูปแบบข้อความคั่นด้วยแต่ละบรรทัดประกอบด้วยอย่างน้อย 12 ช่องตามที่อธิบายไว้ใน
ตารางต่อไปนี้:

┌─────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│Col │ ชนิดภาพเขียน │ รายละเอียด │
├─────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│ 1 │ สตริง │ ชื่อลำดับการสืบค้น │
│ 2 │ int │ ความยาวลำดับการสืบค้น │
│ 3 │ int │ พิกัดเริ่มการสืบค้น (0-based) │
│ 4 │ int │ พิกัดสิ้นสุดการสืบค้น (0-based) │
│ 5 │ ถ่าน │ `+' หากค้นหาและกำหนดเป้าหมายในสาระเดียวกัน `-' ถ้าตรงกันข้าม │
│ 6 │ สตริง │ ชื่อลำดับเป้าหมาย │
│ 7 │ int │ ความยาวลำดับเป้าหมาย │
│ 8 │ int │ พิกัดเริ่มเป้าหมายบนเกลียวเดิม │
│ 9 │ int │ พิกัดปลายเป้าหมายบนเกลียวเดิม │
│ 10 │ int │ จำนวนฐานที่ตรงกันในแผนที่ │
│ 11 │ int │ ฐานตัวเลข รวมทั้งช่องว่าง ในการแมป │
│ 12 │ int │ คุณภาพการทำแผนที่ (0-255 ขาด 255) │
└─────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...

เมื่อการจัดตำแหน่งพร้อมใช้งาน คอลัมน์ 11 จะให้จำนวนรวมของลำดับที่ตรงกัน
ไม่ตรงกันและช่องว่างในการจัดตำแหน่ง คอลัมน์ 10 หารด้วยคอลัมน์ 11 ให้การจัดตำแหน่ง
ตัวตน. เนื่องจากแผนที่ย่อไม่ได้สร้างการจัดตำแหน่งโดยละเอียด สองคอลัมน์นี้จึงเป็น
โดยประมาณ PAF อาจมีฟิลด์เพิ่มเติมในคีย์-ค่าที่พิมพ์เหมือน SAM
รูปแบบ. แผนที่ย่อจะเขียนจำนวน Hit ที่ย่อเล็กสุดในคลัสเตอร์ไปยังแท็ก cm

ใช้แผนที่ย่อออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net