primer3_core - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

primer3_core - ออกแบบไพรเมอร์สำหรับ PCR

เรื่องย่อ

ไพรเมอร์3_core [-format_output] [-strict_tags] [ อินพุต_ไฟล์]

DESCRIPTION

primer3_core เลือกไพรเมอร์สำหรับปฏิกิริยา PCR โดยพิจารณาเป็นเกณฑ์ oligonucleotide
อุณหภูมิหลอมเหลว ขนาด ปริมาณ GC และความเป็นไปได้ของไพรเมอร์-ไดเมอร์ ขนาดผลิตภัณฑ์ PCR
ข้อจำกัดตำแหน่งภายในลำดับต้นทาง และข้อจำกัดอื่นๆ เบ็ดเตล็ด

โดยค่าเริ่มต้น primer3_core ยอมรับอินพุตและสร้างเอาต์พุตในรูปแบบ Boulder-io ซึ่งเป็นไฟล์ XML ล่วงหน้า
รูปแบบอินพุต/เอาต์พุตแบบข้อความสำหรับรูปแบบการแลกเปลี่ยนข้อมูลระหว่างโปรแกรมกับโปรแกรม NS
รูปแบบ Boulder-io และคำสั่งที่ primer3_core เข้าใจได้อธิบายไว้ใน
README ไฟล์ซึ่งบนระบบ Debian สามารถพบได้ใน /usr/share/doc/primer3/.

OPTIONS

-format_output
พิมพ์รายงานที่มุ่งเน้นผู้ใช้มากขึ้นสำหรับแต่ละลำดับ

-เข้มงวด_แท็ก
primer3_core สะท้อนและละเว้นแท็กใด ๆ ที่ไม่รู้จักเว้นแต่
-เข้มงวด_แท็ก ตั้งค่าสถานะบนบรรทัดคำสั่ง ซึ่งในกรณีนี้ primer3_core พิมพ์ an
ข้อผิดพลาดในแท็กเอาต์พุต PRIMER_ERROR และพิมพ์ข้อมูลเพิ่มเติมบน stdout
ตัวเลือกนี้มีประโยชน์สำหรับการดีบักระบบที่รวมไพรเมอร์

หมายเหตุ
ไม่รองรับแฟล็กเก่า -2x_compat อีกต่อไป

EXIT สถานภาพ รหัส

· 0 ใช้งานได้ปกติ

· -1 ภายใต้เงื่อนไขต่อไปนี้: อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่ผิดกฎหมาย ไม่สามารถล้างข้อมูลได้
stdout ไม่สามารถเปิด (สำหรับการเขียนและสร้าง) ไฟล์ .for, .rev หรือ .int (อาจเป็นได้
เนื่องจากปัญหาการป้องกัน)

· -2 เมื่อหน่วยความจำไม่เพียงพอ

· -3 อินพุตที่ว่างเปล่า

· -4 ข้อผิดพลาดในแท็กอินพุต "สากล" (ข้อความใน PRIMER_ERROR)

อ้างอิง

โปรดอ้างอิง Rozen, S. , Skaletsky, H. "Primer3 บน WWW สำหรับผู้ใช้ทั่วไปและสำหรับ
โปรแกรมเมอร์นักชีววิทยา" ใน S. Krawetz และ S. Misener, eds. วิธีการชีวสารสนเทศและ
โปรโตคอลในชุด Methods in Molecular Biology Humana Press, โตโตวา, นิวเจอร์ซี, 2000,
หน้า 365-386

ใช้ primer3_core ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net