นี่คือคำสั่ง ugene ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
ยูจีน - ชุดชีวสารสนเทศแบบบูรณาการ
เรื่องย่อ
อูจีน -อุ้ย
อูจีน [OPTIONS]
DESCRIPTION
ยูจีน เป็นสภาพแวดล้อมข้ามแพลตฟอร์มสำหรับการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอและโปรตีน ยูจีน
รวมอัลกอริธึมการคำนวณทางชีวสารสนเทศที่ได้รับความนิยมมากที่สุดและให้ทั้ง GUI
และอินเทอร์เฟซบรรทัดคำสั่งสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมที่ซับซ้อน
คุณสมบัติหลักของ ยูจีน:
* ดูและวิเคราะห์ลำดับ DNA หรือโปรตีนที่มีคำอธิบายประกอบ
* การสร้างภาพและแก้ไขโครมาโตแกรม
* โปรแกรมดู 3D แบบบูรณาการสำหรับไฟล์ในรูปแบบ PDB และ MMDB
* รองรับคำขอค้นหาฐานข้อมูล NCBI แบบบูรณาการ
* การจัดตำแหน่งหลายลำดับโดยใช้ MUSCLE3, MUSCLE4 และ KAlign
* โปรไฟล์ HMM สร้างและค้นหาตามแหล่งที่มาของ HMMER2 และ HMMER3
* อัลกอริธึมการทำนายโครงสร้างรองโปรตีนสมัยใหม่ตาม GORIV และ PsiPred
* การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการด้วย Phylip
* PCR Primers ออกแบบโดยใช้แพ็คเกจ Primer3
* โคลนในซิลิโค
* ค้นหาไซต์การเชื่อมโยงปัจจัยการถอดความในลำดับดีเอ็นเอโดยใช้SITECON
* ค้นหาเอ็นไซม์จำกัดและบูรณาการกับ REBASE
* ค้นหาโดยตรงและย้อนกลับการทำซ้ำ
* ชุดอ้างอิง DNA โดยใช้ Bowtie
* การแปลโปรตีนกลับ
* ค้นหา ORFs
* ตัวออกแบบสำหรับเวิร์กโฟลว์และคิวรีการคำนวณที่ซับซ้อน
ยูจีน มีโครงสร้างแบบแยกส่วนและฟังก์ชันเกือบทั้งหมดมีอยู่ในปลั๊กอิน
ภายใน ยูจีน ได้รับการออกแบบโดยรองรับการทำงานแบบคู่ขนานเพื่อสร้างกำไรจากการใช้งาน
คอมพิวเตอร์มัลติคอร์ ทุกงานคำนวณใน ยูจีน จะดำเนินการในพื้นหลังและไม่
ไม่ปิดกั้นการโต้ตอบของผู้ใช้กับส่วนต่อประสานกราฟิก
OPTIONS
-อุ้ย เรียกใช้เวอร์ชัน GUI ของ ยูจีน
--ช่วยด้วย พิมพ์ข้อความการใช้งานสั้นๆ โดยสรุปตัวเลือกบรรทัดคำสั่งทั้งหมดและโปรแกรม
เวอร์ชันแล้วออก
--ใบอนุญาต
ข้อมูลใบอนุญาตการถ่ายโอนข้อมูล
--task= or schema-name> [ตัวเลือกสคีมา]
เรียกใช้สคีมาเวิร์กโฟลว์ที่กำหนด
--สถานะ-แถบ-ซ่อน
ไม่แสดงแถบสถานะงาน
--ini-file=
โหลดไฟล์การตั้งค่า UGENE ที่กำหนดเอง
--log-no-show-ระดับ
ไม่แสดงระดับข้อความที่บันทึก
--log-no-แสดงวันที่
ไม่แสดงข้อมูลวันที่&เวลาที่บันทึก
--log-no-show-หมวดหมู่
ไม่แสดงหมวดหมู่ข้อความที่บันทึก
--log-ระดับ-trace
แสดงข้อความบันทึกการติดตาม
--log-ระดับ-ไม่มี
ไม่แสดงข้อความบันทึก
--log-ระดับ-ข้อมูล
แสดงข้อความบันทึกข้อผิดพลาดและข้อมูล (ค่าเริ่มต้น)
--log-ระดับ-ข้อผิดพลาด
แสดงเฉพาะข้อความบันทึกข้อผิดพลาด
--log-ระดับรายละเอียด
แสดงรายละเอียดข้อความบันทึก
--log-สีเอาท์พุท
ข้อความส่งออกสี
--task-remote-machine=
เรียกใช้งานที่จัดเตรียมไว้บนเครื่องระยะไกลที่กำหนด
--ugene-อยู่-มีชีวิตอยู่
อย่าหยุด ugene หลังจากเสร็จสิ้นภารกิจที่ได้รับ
--transl=
โหลดการแปลของภาษาที่ระบุ ภาษาถูกระบุเป็น ISO . สองตัวอักษร
รหัสภาษา 639
คำสั่ง
ยูจีน มีคำสั่งสำหรับคุณสมบัติที่สำคัญที่สุด คำสั่งสามารถเรียกใช้เป็น
อูจีน [คำสั่ง-อาร์กิวเมนต์]
อูจีน --task= [คำสั่ง-อาร์กิวเมนต์]
ดูความช่วยเหลือสำหรับแต่ละคำสั่งที่ทำงานอยู่ อูจีน --help= .
รายการคำสั่งที่ใช้ได้สามารถดัมพ์ได้โดยใช้ อูจีน --ช่วย.
ใช้ ugene ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
