นี่คือคำสั่ง vcf-query ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
vcf-query - ไฟล์ VCF แบบสอบถาม
เรื่องย่อ
แบบสอบถาม-vcf [OPTIONS] ไฟล์.vcf.gz
OPTIONS
-c, --คอลัมน์
รายชื่อคอลัมน์ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค
-f, --รูปแบบ
ค่าเริ่มต้นคือ '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n'
-l, --list-คอลัมน์
รายชื่อคอลัมน์
-r, --ภาค chr:จาก-ถึง
ดึงข้อมูลภูมิภาค (วิ่ง tabix.)
-h,-?, --ช่วยด้วย
ข้อความช่วยเหลือนี้
ตัวอย่าง
แบบสอบถาม-vcf file.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001,NA002,NA003 แบบสอบถาม-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n' query-vcf file.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'
ใช้ vcf-query ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
