นี่คือคำสั่ง WigeoN ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
wigeon - การนำยูทิลิตี้การตรวจจับความผิดปกติของ Pintail 16S DNA กลับมาใช้ใหม่
DESCRIPTION
WigeoN ตรวจสอบการอนุรักษ์ลำดับระหว่างแบบสอบถามและการอ้างอิงที่เชื่อถือได้
ลำดับ ทั้งในรูปแบบการจัดตำแหน่ง NAST ขึ้นอยู่กับเอกลักษณ์ของลำดับระหว่างแบบสอบถาม
และลำดับอ้างอิง มีจำนวนการแปรผันที่คาดหวังระหว่างการจัดตำแหน่ง
หากความแปรผันที่สังเกตพบมีค่ามากกว่าควอนไทล์ 95% ของการกระจายตัวของ
การแปรผันที่สังเกตพบระหว่างลำดับที่ไม่ผิดปกติ จากนั้นจะถูกตั้งค่าสถานะเป็นความผิดปกติ
WigeoN คือการนำเอาอัลกอริทึม Pintail Appl . มาใช้บรรทัดคำสั่งใหม่อีกครั้ง
สิ่งแวดล้อมไมโครไบโอล 2005 ธ.ค.;7112:7724-36.
WigeoN มีประโยชน์สำหรับการตั้งค่าสถานะ chimeras และความผิดปกติใน 16S rRNA . ที่มีความยาวเกือบเต็มเท่านั้น
ลำดับ WigeoN ขาดความไวโดยมีลำดับน้อยกว่า 1000 bp
ในการรัน WigeoN คุณต้องมีลำดับการจัดรูปแบบ NAST ที่สร้างโดยยูทิลิตี้ nast-ier
WigeoN เป็นส่วนหนึ่งของชุดไมโครไบโอมิวทิล
OPTIONS
จำเป็นต้องใช้:
--query_NAST
ไฟล์ multi-fasta ที่มีลำดับคิวรีในรูปแบบการจัดตำแหน่ง
ตัวเลือก:
--db_NAST
db ในรูปแบบ NAST
--db_FASTA
db ในรูปแบบ fasta (จัดรูปแบบ megablast)
--num_top_hits
ค่าเริ่มต้น 1: ใช้การจับคู่ที่ดีที่สุดเพียงรายการเดียวเท่านั้น
--พล็อต
--ดีบั๊ก
--exec_dir
cd ถึง exec_dir ก่อนรัน
ใช้ WigeoN ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net