wiggle2gff3p - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

wiggle2gff3.pl - แปลงไฟล์รูปแบบ UCSC WIG เป็นไฟล์ gff3

เรื่องย่อ

wiggle2gff3.pl [ตัวเลือก] WIG_FILE > load_data.gff3

แปลงไฟล์รูปแบบ UCSC WIG เป็นไฟล์ gff3 ที่เหมาะสำหรับการโหลดเป็น GBrowse
ฐานข้อมูล ใช้สำหรับข้อมูลเชิงปริมาณที่มีความหนาแน่นสูง เช่น CNV, SNP และนิพจน์
อาร์เรย์

DESCRIPTION

ใช้ตัวแปลงนี้เมื่อคุณมีข้อมูลเชิงปริมาณที่หนาแน่นเพื่อแสดงโดยใช้ xyplot
ความหนาแน่น หรือสัญลักษณ์แผนที่ความหนาแน่น และรายการข้อมูล (พัน) มากเกินไปที่จะโหลดลงใน GBrowse มัน
สร้างไฟล์ไบนารีที่มีประสิทธิภาพพื้นที่หนึ่งไฟล์ขึ้นไปที่มีข้อมูลเชิงปริมาณเช่น
รวมถึงไฟล์ GFF3 ขนาดเล็กที่สามารถโหลดลงใน Chado หรือฐานข้อมูล GBrowse อื่นๆ

การใช้งานทั่วไปมีดังนี้:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

Options
ยอมรับตัวเลือกต่อไปนี้:

--วิธี= กำหนดวิธีการสำหรับบรรทัด GFF3 แทน
แต่ละจุดข้อมูลเชิงปริมาณในการติดตาม
ค่าเริ่มต้นคือ "microarray_oligo"

--แหล่งที่มา= ตั้งค่าฟิลด์ต้นทางสำหรับไฟล์ GFF3 ค่าเริ่มต้นคือ
ไม่มี.

--gff3 สร้างไฟล์รูปแบบ GFF3 (ค่าเริ่มต้น)

--featurefile สร้างไฟล์รูปแบบ "featurefile" -- นี่คือ
รูปแบบที่เรียบง่ายที่ใช้สำหรับการอัปโหลด GBrowse นี้
ตัวเลือกเข้ากันไม่ได้กับ --gff3 ตัวเลือก

--sample หากเป็นจริง ไฟล์ขนาดใหญ่มาก (>5 MB) จะถูกสุ่มตัวอย่าง
เพื่อให้ได้ค่าเบี่ยงเบนต่ำสุด สูงสุด และค่าเบี่ยงเบนมาตรฐาน มิฉะนั้น
ไฟล์ทั้งหมดจะถูกสแกนเพื่อรับสถิติเหล่านี้
การดำเนินการนี้จะประมวลผลไฟล์เร็วขึ้น แต่อาจพลาดค่าผิดปกติ
ค่า

--เส้นทาง= ระบุไดเร็กทอรีที่จะวางไบนารี wiggle
ไฟล์. ค่าเริ่มต้นคือไดเร็กทอรีชั่วคราวปัจจุบัน
(/ Tmp หรืออะไรก็ตามที่เหมาะสมกับระบบปฏิบัติการของคุณ)

--ฐาน= เช่นเดียวกับ "--เส้นทาง"

--trackname ระบุฐานชื่อแทร็กสำหรับการสร้าง wigfile

--help เอกสารนี้

สคริปต์นี้จะยอมรับรูปแบบตัวเลือกที่หลากหลาย รวมถึงตัวเลือกแบบย่อ
("--meth=foo"), ตัวเลือกอักขระเดี่ยว ("-m foo") และตัวแปรทั่วไปอื่นๆ

เลขฐานสอง กระดิก ไฟล์
ไฟล์ไบนารี "กระดิก" ที่สร้างโดยยูทิลิตี้นี้สามารถอ่านได้โดยใช้
ไบโอ::กราฟิก::โมดูลกระดิก. ข้อมูลเชิงปริมาณถูกปรับขนาดเป็นช่วง 1-255
(สูญเสียความแม่นยำไปมาก แต่ก็ยังเพียงพอสำหรับการสร้างภาพข้อมูล) และเก็บไว้
ในรูปแบบแพ็กซึ่งแต่ละไฟล์สอดคล้องกับความยาวของโครโมโซมเดียวหรือ
ต่อ

เมื่อสร้างแล้ว ไม่ควรย้ายหรือเปลี่ยนชื่อไฟล์ไบนารี เว้นแต่คุณจะระมัดระวัง
ทำการเปลี่ยนแปลงที่สอดคล้องกันกับชื่อพาธที่กำหนดโดยแอตทริบิวต์ "wigfile" ใน GFF3
บรรทัดคุณสมบัติของไฟล์ คุณควรระมัดระวังเกี่ยวกับการใช้คำสั่ง cp เพื่อคัดลอก
ไฟล์ไบนารี จัดรูปแบบด้วย "รู" ในลักษณะที่ข้อมูลที่ขาดหายไปไม่ได้
ใช้พื้นที่ใด ๆ บนดิสก์ หากคุณ cp พวกเขา หลุมจะเติมด้วยศูนย์และ
การประหยัดพื้นที่จะหายไป ควรใช้คำสั่ง "tar" ด้วย --sparse option to
ย้ายไฟล์จากที่หนึ่งไปอีกที่หนึ่ง

ตัวอย่าง ผมปลอม เนื้อไม่มีมัน
ตัวอย่างนี้มาจากhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

#ชื่อไฟล์: example.wig
#
# 300 กราฟแท่งฐานกว้าง autoScale เป็นค่าเริ่มต้น == กราฟ
# ขีด จำกัด จะเปลี่ยนแปลงแบบไดนามิกเพื่อแสดงข้อมูลเต็มรูปแบบเสมอ
# ในหน้าต่างการดู ลำดับความสำคัญ = 20 ตำแหน่งนี้เป็นกราฟที่สอง
# หมายเหตุ ระบบพิกัดกึ่งเปิดกึ่งสัมพัทธ์ ใช้สำหรับรูปแบบเตียง
track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format" \
การมองเห็น=สีเต็ม=200,100,0 altColor=0,100,200ลำดับความสำคัญ=20
ch19 59302000 59302300 -1.0
ch19 59302300 59302600 -0.75
ch19 59302600 59302900 -0.50
ch19 59302900 59303200 -0.25
ch19 59303200 59303500 0.0
ch19 59303500 59303800 0.25
ch19 59303800 59304100 0.50
ch19 59304100 59304400 0.75
ch19 59304400 59304700 1.00
# 150 กราฟแท่งฐานกว้างที่ตำแหน่งเว้นระยะโดยพลการ
# เส้นเกณฑ์วาดที่ y=11.76
# autoScale ปิดช่วงการดูที่ตั้งเป็น [0:25]
# ลำดับความสำคัญ = 10 ตำแหน่งนี้เป็นกราฟแรก
# หมายเหตุ ระบบพิกัดเดียวที่ใช้สำหรับรูปแบบนี้
ประเภทแทร็ก=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
การมองเห็น=เต็ม autoScale=ปิด viewLimits=0.0:25.0 สี=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=ตามลำดับความสำคัญ=10
ตัวแปรStep chrom=chr19 span=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200 กราฟจุดฐานกว้างที่ทุกๆ 300 ฐาน, กราฟสูง 50 พิกเซล
# autoScale ปิดและระยะการรับชมตั้งเป็น [0:1000]
# ลำดับความสำคัญ = 30 ตำแหน่งนี้เป็นกราฟที่สาม
# หมายเหตุ ระบบพิกัดเดียวที่ใช้สำหรับรูปแบบนี้
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" การมองเห็น=เต็ม \
autoScale=ปิด viewLimits=0:1000 สี=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=ลำดับความสำคัญของคะแนน=30
fixedStep chrom=chr19 start=59307401 ขั้นตอน=300 span=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

คุณสามารถแปลงเป็นไฟล์ GFF3 ที่โหลดได้โดยใช้คำสั่งต่อไปนี้:

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> example.gff3

ผลลัพธ์จะมีลักษณะดังนี้:

##gff-เวอร์ชั่น 3

ตัวอย่าง ตัวอย่าง chr19 59302001 59304700 . . ชื่อ=รูปแบบเตียง;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
ตัวอย่าง chr19 59304701 59308020 . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
ตัวอย่าง chr19 59307401 59310400 . . ชื่อ=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

ใช้ wiggle2gff3p ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net