นี่คือแอป Linux ชื่อ BIRAP ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น Sample_Files.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ BIRAP พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
บีรัป
DESCRIPTION
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) เป็นไพพ์ไลน์ Perl แบบโอเพนซอร์สที่ใช้งานง่าย ซึ่งสามารถใช้ในการอธิบายจีโนมของแบคทีเรียอีกครั้งโดยใช้ข้อมูลการทดลอง เครื่องมือนี้รวมโปรไฟล์การแสดงออกที่ได้มาจาก RNA-seq และ/หรือโปรตีจีโนมิกส์ เปรียบเทียบกับที่มีอยู่ในหมายเหตุประกอบซิลิโกและช่วยตรวจสอบคำอธิบายประกอบ ระบุขอบเขตการเข้ารหัสโปรตีนใหม่ RNA ที่ไม่มีการเข้ารหัสสมมุติรวมทั้งช่วยแก้ไขข้อผิดพลาดในหมายเหตุประกอบที่มีอยู่ . ไปป์ไลน์ต้องการเอาต์พุต "pileup" จาก SAMtools สำหรับข้อมูล RNA-seq และไฟล์ peptide/ePST locus file (GFF) จากเครื่องมือ Proteogenomic Mapping สำหรับข้อมูลโปรตีจีโนมิกส์พร้อมกับจีโนมและมีอยู่ในหมายเหตุประกอบซิลิโก เมื่อมีการจัดเตรียมข้อมูลเกี่ยวกับตำแหน่งของผู้สนับสนุนและผู้ยุติในจีโนม (ในรูปแบบ .coords) ไปป์ไลน์จะช่วยระบุ RNA ที่ไม่เข้ารหัสด้วย
คุณสมบัติ
- การวิเคราะห์ภูมิภาคระหว่างยีนของจีโนมของแบคทีเรีย
- การทำหมายเหตุประกอบซ้ำของจีโนมของแบคทีเรีย
- การตรวจจับ RNA (sRNA) ขนาดเล็ก
- RNA-seq
- โปรตีจีโนมิกส์
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล, Command-line
ภาษาโปรแกรม
Perl
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/birap/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
