นี่คือแอป Linux ชื่อ codonPhyML ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดเป็น codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ codonPhyML พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
โคดอนPhyML
DESCRIPTION
codonPhyML ใช้แบบจำลองวิวัฒนาการของ Markovian codon ในการสร้างสายวิวัฒนาการใหม่ เมื่อกำหนดชุดของสปีชีส์ที่มีลักษณะเฉพาะโดยลำดับดีเอ็นเอของพวกมันเป็นอินพุต codonPhyML จะส่งคืนต้นไม้สายวิวัฒนาการที่อธิบายความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการได้ดีที่สุด บทความอธิบาย codonPhyML ของเราได้รับการตีพิมพ์ในวารสาร "Molecular Biology and Evolution" (MBE) สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม ตามลิงค์: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML อยู่บนหน้าปกของ MBE! ลองดูสิ (สิงหาคม 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.สำหรับ CodonPhyML เวอร์ชันหลายรุ่น โปรดใช้ tarball 'codonphyml_multi.tgz'
คุณสมบัติ
- แบบจำลองวิวัฒนาการของ Markovian codon: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- ฮิวริสติกการค้นหาโครงสร้างต้นไม้ NNI และ SPR
- พารามิเตอร์อัตราการทดแทนที่ประเมินโดยความเป็นไปได้สูงสุด
- รองรับมัลติคอร์ผ่าน OpenMP
- ความเป็นไปได้ที่เปรียบเทียบกันได้ในรุ่นต่างๆ (เช่น AA, NT และ CODON)
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย, การศึกษา
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล, Command-line
ภาษาโปรแกรม
C
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/codonphyml/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
