นี่คือแอป Linux ชื่อ CUDAlign ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ CUDAlign พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
CUDจัดตำแหน่ง
Ad
DESCRIPTION
CUDAlign เป็นเครื่องมือที่สามารถจัดลำดับ DNA แบบคู่ที่มีขนาดไม่จำกัดใน CUDA GPUs โดยใช้อัลกอริธึม Smith-Waterman ร่วมกับ Myers-Miller มันสร้างการจัดตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุดของ 1 ล้านลำดับเบสใน 45 วินาทีโดยใช้ GTX 560 Ti มีการพัฒนาการเพิ่มประสิทธิภาพหลายอย่างสำหรับซอฟต์แวร์นี้ ดูเอกสารต่อไปนี้สำหรับข้อมูลโดยละเอียด:
[1] เอดัน แซนเดส, อัลบา เมโล การดึงการจัดตำแหน่ง Smith-Waterman ด้วยการปรับให้เหมาะสมสำหรับ Megabase Biological Sequences โดยใช้ GPU ธุรกรรมของ IEEE ในระบบคู่ขนานและแบบกระจาย ฉบับที่ 99, PrePrints, 2012
[2] เอแดน แซนเดส, อัลบา เมโล Smith-Waterman Alignment ของลำดับขนาดใหญ่ด้วย GPU ใน Linear Space IPDPS 2011: 1199-1211
[3] เอดัน แซนเดส, อัลบา เมโล CUDAlign: การใช้ GPU เพื่อเร่งการเปรียบเทียบลำดับจีโนมเมกะเบส PPOPP 2010: 137-146
ซอร์สโค้ดล่าสุดสามารถพบได้ใน Github ดูโครงการ MASA ได้ที่ https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
Java Swing, บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
C + +
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/cudalign/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
