นี่คือแอป Linux ชื่อ fcGENE: ตัวแปลงรูปแบบ Genotype เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้เป็น fcgene-1.0.7.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ fcGENE: ตัวแปลงรูปแบบ Genotype เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
fcGENE: ตัวแปลงรูปแบบ Genotype เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
DESCRIPTION
แอปพลิเคชั่นหลักเป็นสองเท่า: ขั้นแรกให้แปลงข้อมูล SNP ของจีโนไทป์ให้เป็นรูปแบบของเครื่องมือการใส่ข้อมูลที่แตกต่างกัน เช่น PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE และ BIMBBAM ลำดับที่สองในการแปลงข้อมูลที่นำเข้าไปเป็นรูปแบบไฟล์ต่างๆ เช่น PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT และ SNPTESTรูปแบบไฟล์ที่อ่านได้: plink-pedigree (ped and map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle และ bibam ในทำนองเดียวกันการใส่ข้อมูลเอาต์พุตทุกประเภทก็เป็นที่ยอมรับเช่นกัน
รูปแบบที่สามารถสร้างได้โดย fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs และ bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs
แอปพลิเคชันเพิ่มเติม:
-?การได้รับเทมเพลตของคำสั่งการใส่ข้อมูลที่จำเป็นและคำสั่งของเครื่องมือการใส่ข้อมูลอื่น ๆ
- การควบคุมคุณภาพตาม MAF, HWE & CALLRATE
คำสำคัญ: การแปลงจีโนไทป์, แปลงรูปแบบจีโนไทป์, เอาต์พุตการใส่เสียง, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT
คุณสมบัติ
- สามารถควบคุมคุณภาพ SNP-wise และ Individual-wise และสามารถกรอง SNP และบุคคลที่ถูกตัดสิทธิ์ได้ในขณะที่แปลงข้อมูล
- สามารถทำการแปลงรูปแบบสองทางของข้อมูล SNP จีโนไทป์ (เช่น PLINK -> เครื่องมือใส่ข้อมูลและเครื่องมือใส่ข้อมูล -> PLINK) สามารถอ่านและเขียนได้ทั้ง pedigree ที่จัดรูปแบบ plink และไฟล์ไบนารี
- สามารถกรอง SNP ที่ถูกกล่าวหาโดยพิจารณาจากคะแนนคุณภาพการใส่เสียง
- สามารถสร้างเทมเพลตคำสั่งเครื่องมือวิเคราะห์ GWA
- แปลงข้อมูลจีโนไทป์จากรูปแบบของเครื่องมือใส่ข้อมูลแบบหนึ่งไปเป็นอีกแบบหนึ่ง
- การแปลงการอ้างอิงการอ้างอิงเป็นรูปแบบ plink-format ซึ่งจะช่วยเปรียบเทียบข้อมูลจีโนไทป์กับแผงอ้างอิง
- สามารถสร้างข้อมูล snp ในรูปแบบ GenABEL จากข้อมูลเดิมที่ให้ไว้ในรูปแบบอื่นที่แตกต่างกัน
- สามารถสร้างไฟล์ที่มีรูปแบบแตกต่างกันซึ่งมีปริมาณอัลลีลเล็กน้อยที่คาดหวัง
- มีประโยชน์มากสำหรับนักวิจัยที่ทำงานเกี่ยวกับพันธุศาสตร์ทางสถิติ
- เขียนด้วย c++ ใช้คอนเทนเนอร์ STL
- สามารถอ่านและเขียนไฟล์ gezipped ได้
- สามารถคำนวณ FST ด้วย --fst command
- สามารถอ่านและเขียนข้อมูลจีโนไทป์มาตรฐานพร้อมจำนวนอัลลีลและปริมาณอัลลีล
- สามารถสร้างไฟล์รูปแบบ vcf ที่ใช้สำหรับ BEAGLE4
ภาษาโปรแกรม
C + +
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/fcgene/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
