นี่คือแอป Linux ชื่อ NGSEP เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น NGSEPcore_4.0.1.jar สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ทางออนไลน์ที่ชื่อว่า NGSEP เพื่อเรียกใช้ใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
NGSEP เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
DESCRIPTION
NGSEP เป็นเฟรมเวิร์กแบบบูรณาการสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลการจัดลำดับปริมาณงานสูงของ DNA การใช้งานหลักของ NGSEP คือการสร้างและการวิเคราะห์ปลายน้ำของชุดข้อมูลขนาดใหญ่ของการแปรผันของจีโนม NGSEP ทำการตรวจจับและการสร้างจีโนไทป์ที่แม่นยำของตัวแปรนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNV) อินเดลขนาดเล็กและขนาดใหญ่ การทำซ้ำแบบคู่ขนานสั้น (STR) การผกผัน และตัวแปรจำนวนสำเนา (CNV) NGSEP ยังมีโมดูลสำหรับคำอธิบายประกอบการทำงาน การกรอง การแปลงรูปแบบ การเปรียบเทียบ การจัดกลุ่ม การใส่ข้อมูล การวิเคราะห์เชิงลึกและสถิติประเภทต่างๆ รายการฟังก์ชันทั้งหมดมีอยู่ในวิกิของเรา (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).ข่าว: เราเพิ่งเปิดตัวบรรทัดคำสั่งรุ่นแรกของเวอร์ชัน 4 รวมถึงการใช้งานตัวจัดตำแหน่งการอ่านตามดัชนี FM ของเราเอง การใช้งานบรรทัดคำสั่งได้มาตรฐานทั่วทั้งแอปพลิเคชัน โปรดใช้เวลาในการอัปเดตสคริปต์เพื่ออัปเกรดเป็นเวอร์ชันใหม่นี้ รายละเอียดเพิ่มเติมมีอยู่ในวิกิ
คุณสมบัติ
- SNPs, CNV และการตรวจจับแวเรียนต์โครงสร้าง
- การจัดตำแหน่งของการอ่านข้อมูลดิบกับจีโนมอ้างอิง
- การจัดการ VCF: คำอธิบายประกอบการทำงาน การผสาน กรอง เปรียบเทียบ การแปลงรูปแบบ การใส่แทนค่า
- การคำนวณและการวางแผนสถิติ SAM/BAM และ VCF
- อ่าน Demultiplexing
- การจัดตำแหน่งของชุดจีโนมที่มีคำอธิบายประกอบ
- สถิติและการกรองคำอธิบายประกอบการถอดเสียงในรูปแบบ GFF3
ผู้ชม
อุตสาหกรรมการดูแลสุขภาพ, วิทยาศาสตร์/การวิจัย, ผู้ชมอื่นๆ, เกษตรกรรม
ส่วนติดต่อผู้ใช้
Java SWT, คอนโซล/เทอร์มินัล, Eclipse
ภาษาโปรแกรม
ชวา
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/ngsep/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
