alimask - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

alimask - Magdagdag ng mask line sa isang multiple sequence alignment

SINOPSIS

alimask [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

alimask ay ginagamit para maglapat ng mask line sa isang multiple sequence alignment, batay sa ibinigay
pagkakahanay o mga coordinate ng modelo. Kailan hmmbuild tumatanggap ng masked alignment bilang input, ito
gumagawa ng modelo ng profile kung saan nakatakda ang mga probabilidad ng paglabas sa mga naka-mask na posisyon
upang tumugma sa dalas ng background, sa halip na itakda batay sa mga naobserbahang frequency sa
ang pagkakahanay. Ang mga rate ng pagpasok at pagtanggal na partikular sa posisyon ay hindi binabago, kahit na sa
mga rehiyong may maskara. alimask autodetects input format, at gumagawa ng masked alignments in
Format ng Stockholm. maaaring maglaman lamang ng isang pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod.

Ang isang karaniwang motibasyon para sa pagtatakip ng isang rehiyon sa isang pagkakahanay ay ang rehiyon ay naglalaman ng a
simpleng pag-uulit ng tandem na sinusunod na magdulot ng hindi katanggap-tanggap na mataas na rate ng false positive
hit

Sa pinakasimpleng kaso, ang hanay ng mask ay ibinibigay sa mga coordinate na nauugnay sa input
pagkakahanay, gamit --alirange . Gayunpaman ito ay mas madalas ang kaso na ang rehiyon upang maging
ang masked ay natukoy sa mga coordinate na nauugnay sa modelo ng profile (hal. batay sa
pagkilala sa isang simpleng paulit-ulit na pattern sa mga false hit alignment o sa HMM logo). Hindi lahat
Ang mga column ng alignment ay kino-convert upang tumugma sa mga posisyon ng estado sa profile (tingnan ang --symfrac
bandila para sa hmmbuild para sa talakayan), kaya ang mga posisyon ng modelo ay hindi kinakailangang tumugma sa
alignment column positions. Upang alisin ang pasanin ng pag-convert ng mga posisyon ng modelo sa
mga posisyon sa pagkakahanay, alimask tumatanggap din ng input range ng mask sa mga coordinate ng modelo,
paggamit --modelrange . Kapag ginagamit ang watawat na ito, alimask tinutukoy kung aling pagkakahanay
mga posisyon ay makikilala sa pamamagitan ng hmmbuild gaya ng isinasaad ng tugma, isang proseso na nangangailangan nito
lahat hmmbuild mga flag na makakaapekto sa desisyong iyon na ibibigay alimask. Ito ay para sa kadahilanang ito
na marami sa mga hmmbuild ang mga watawat ay ginagamit din ng alimask.

Opsyon

-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.

-o Idirekta ang buod na output sa file , sa halip na sa stdout.

Opsyon PARA SA PAGTUKOY mASK RANGE

Ang isang solong hanay ng maskara ay ibinibigay bilang isang pares na pinaghihiwalay ng gitling, tulad ng --modelrange 10-20 at
maaaring isumite ang maraming hanay bilang isang listahang pinaghihiwalay ng kuwit, --modelrange 10-20,30-42.

--modelrange
Ibigay ang ibinigay na (mga) hanay sa mga coordinate ng modelo.

--alirange
Ibigay ang ibinigay na (mga) hanay sa mga coordinate ng pagkakahanay.

--apendmask
Idagdag sa umiiral na maskara na matatagpuan sa pagkakahanay. Ang default ay i-overwrite ang anuman
umiiral na maskara.

--model2ali
Sa halip na aktwal na gumawa ng naka-mask na pagkakahanay, i-print lang ang (mga) hanay ng modelo
naaayon sa (mga) saklaw ng pagkakahanay ng input.

--ali2model
Sa halip na aktwal na gumawa ng masked alignment, i-print lang ang (mga) hanay ng alignment
naaayon sa (mga) hanay ng modelo ng input.

Opsyon PARA SA PAGTUKOY ANG ALPHABET

Ang uri ng alpabeto (amino, DNA, o RNA) ay autodetected bilang default, sa pamamagitan ng pagtingin sa
komposisyon ng msafile. Ang autodetection ay karaniwang medyo maaasahan, ngunit paminsan-minsan
Maaaring malabo ang uri ng alpabeto at maaaring mabigo ang autodetection (halimbawa, sa maliit na laruan
pagkakahanay ng ilang mga nalalabi lamang). Upang maiwasan ito, o upang madagdagan ang katatagan sa automated
mga pipeline ng pagsusuri, maaari mong tukuyin ang uri ng alpabeto ng msafile gamit ang mga pagpipiliang ito.

--amino
Tukuyin na ang lahat ng mga sequence ay nasa msafile ay mga protina.

--dna Tukuyin na ang lahat ng mga sequence ay nasa msafile ay mga DNA.

--rna Tukuyin na ang lahat ng mga sequence ay nasa msafile ay mga RNA.

Opsyon KONTROL PROFILE Konstruksyon

Kinokontrol ng mga opsyong ito kung paano tinutukoy ang mga column ng consensus sa isang alignment.

--mabilis Tukuyin ang mga column ng pinagkasunduan bilang mga may fraction >= symfrac ng mga nalalabi bilang
laban sa gaps. (Tingnan sa ibaba para sa --symfrac opsyon.) Ito ang default.

--kamay Tukuyin ang mga column ng pinagkasunduan sa susunod na profile gamit ang reference na anotasyon sa maramihang
pagkakahanay. Binibigyang-daan ka nitong tukuyin ang anumang mga column ng consensus na gusto mo.

--symfrac
Tukuyin ang natitirang fraction threshold na kinakailangan upang tukuyin ang isang consensus column kung kailan
gamit ang --mabilis opsyon. Ang default ay 0.5. Ang bahagi ng simbolo sa bawat hanay ay
kinakalkula pagkatapos isaalang-alang ang relatibong sequence weighting, at hindi papansinin ang gap
mga character na tumutugma sa mga dulo ng mga fragment ng sequence (kumpara sa internal
pagsingit/pagtanggal). Ang pagtatakda nito sa 0.0 ay nangangahulugan na ang bawat alignment column ay gagawin
italaga bilang consensus, na maaaring maging kapaki-pakinabang sa ilang mga kaso. Itakda ito sa 1.0
nangangahulugan na ang mga column lamang na may kasamang 0 gaps (mga panloob na pagpapasok/pagtanggal) ang magiging
itinalaga bilang pinagkasunduan.

--fragthresh
Gusto lang naming bilangin ang mga terminal gaps bilang mga pagtanggal kung alam ang nakahanay na pagkakasunud-sunod
upang maging buong-haba, hindi kung ito ay isang fragment (halimbawa, dahil bahagi lamang nito
ay sunud-sunod). Gumagamit ang HMMER ng isang simpleng panuntunan upang maghinuha ng mga fragment: kung ang haba ng sequence
Ang L ay mas mababa sa o katumbas ng isang fraction beses ang haba ng pagkakahanay sa mga hanay,
pagkatapos ay ang sequence ay hinahawakan bilang isang fragment. Ang default ay 0.5. Setting
--fragthresh0 tutukuyin ang walang (walang laman) na sequence bilang isang fragment; baka gusto mong
gawin ito kung alam mong mayroon kang maingat na na-curate na pagkakahanay ng buong haba
mga pagkakasunod-sunod. Setting --fragthresh1 ay tutukuyin ang lahat ng mga sequence bilang mga fragment; baka ikaw
gusto mong gawin ito kung alam mong ang iyong pagkakahanay ay ganap na binubuo ng mga fragment, tulad
bilang isinalin na maikling nabasa sa metagenomic shotgun data.

Opsyon KONTROL KAMAG-ANAK KAMI

Gumagamit ang HMMER ng ad hoc sequence weighting algorithm upang pababain ang timbang na malapit na nauugnay na mga sequence
at mas mataas ang timbang na malayong nauugnay. Ito ay may epekto ng paggawa ng mga modelo na hindi gaanong pinapanigan ng
hindi pantay na representasyon ng phylogenetic. Halimbawa, kadalasan ay dalawang magkaparehong pagkakasunud-sunod
bawat isa ay tumatanggap ng kalahati ng timbang na gagawin ng isang sequence. Kinokontrol ng mga opsyong ito kung alin
nagagamit ang algorithm.

--wpb Gamitin ang Henikoff position-based sequence weighting scheme [Henikoff at Henikoff,
J. Mol. Biol. 243:574, 1994]. Ito ang default.

--wgsc Gamitin ang algorithm ng pagtimbang ng Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
Biol. 235:1067, 1994].

--wblosum
Gamitin ang parehong clustering scheme na ginamit upang timbangin ang data sa pagkalkula ng BLOSUM
subsitution matrices [Henikoff and Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci 89:10915, 1992].
Ang mga pagkakasunud-sunod ay naka-cluster na single-linkage sa isang threshold ng pagkakakilanlan (default 0.62; tingnan ang
--wid) at sa loob ng bawat kumpol ng c sequence, ang bawat sequence ay nakakakuha ng relatibong timbang
1/c.

--wala
Walang kamag-anak na timbang. Ang lahat ng mga sequence ay itinalaga ng pare-parehong timbang.

--wid
Itinatakda ang threshold ng pagkakakilanlan na ginagamit ng single-linkage clustering kapag gumagamit --wblosum.
Di-wasto sa anumang iba pang scheme ng weighting. Ang default ay 0.62.

OTHER Opsyon

--impormasyon
Ipahayag na ang input msafile ay nasa format . Sa kasalukuyan ang tinatanggap na maramihan
Kasama sa mga format ng alignment sequence file ang Stockholm, Aligned FASTA, Clustal, NCBI
PSI-BLAST, PHYLIP, Selex, at UCSC SAM A2M. Default ay ang autodetect ang format ng
ang file

--binhi
Binhi ang random number generator gamit ang , isang integer >= 0. Kung ay nonzero, anuman
stochastic simulation ay maaaring kopyahin; ang parehong utos ay magbibigay ng pareho
resulta. Kung ay 0, ang generator ng random na numero ay na-seed nang arbitraryo, at
Ang mga stochastic simulation ay mag-iiba mula sa run hanggang run ng parehong command. Ang default
ang buto ay 42.

Gumamit ng alimask online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net