Ito ang command bamtools na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
bamtools - toolkit para sa pagmamanipula ng BAM (genome alignment) na mga file
SINOPSIS
mga kasangkapan sa bam [--help] UTOS [ARGS]
DESCRIPTION
Pinapadali ng BamTools ang pagsusuri sa pananaliksik at pamamahala ng data gamit ang mga BAM file. Kinaya nito
ang napakalaking dami ng data na ginawa ng kasalukuyang mga teknolohiya ng sequencing na karaniwan
na naka-imbak sa mga naka-compress, binary na format na hindi madaling pangasiwaan ng mga text-based na parser
karaniwang ginagamit sa bioinformatics na pananaliksik.
Opsyon
palitan
Nagko-convert sa pagitan ng BAM at ng iba pang mga format
bilangin Mga pag-print ng bilang ng mga alignment sa (mga) BAM file
coverage
Nagpi-print ng mga istatistika ng saklaw mula sa input na BAM file
I-filter ang (mga) file ng BAM ayon sa pamantayang tinukoy ng user
header Nagpi-print ng impormasyon sa header ng BAM
index Bumubuo ng index para sa BAM file
pagsamahin ang Pagsamahin ang maraming BAM file sa isang file
random Pumili ng mga random na pagkakahanay mula sa umiiral na (mga) BAM file, na mas nilayon bilang pagsubok
tool.
malulutas nito
Niresolve ang paired-end reads (minarkahan ang IsProperPair flag kung kinakailangan)
revert Tinatanggal ang mga duplicate na marka at ibinabalik ang mga orihinal na katangian ng base
sort Pag-uuri-uriin ang BAM file ayon sa ilang pamantayan
split Hinahati ang isang BAM file sa property na tinukoy ng user, na gumagawa ng bagong BAM output file para sa
bawat halaga na natagpuan
stats Nagpi-print ng ilang pangunahing istatistika mula sa input BAM file(s)
Tingnan ang 'bamtools help COMMAND' para sa higit pang impormasyon sa isang partikular na command.
Gumamit ng bamtools online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
