bp_seqfeature_loadp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bp_seqfeature_load.pl - I-load ang GFF sa isang database ng SeqFeature

DESCRIPTION

Ipasa ang anumang bilang ng mga file na format ng GFF o fasta (o GFF na may naka-embed na fasta) upang i-load ang
mga feature at sequence sa isang database ng SeqFeature. Ang database (at adaptor) na gagamitin ay
tinukoy sa command line. Gamitin ang --create flag para gumawa ng bagong database ng SeqFeature.

SINOPSIS

bp_seqfeature_load.pl [mga opsyon] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Subukan ang 'bp_seqfeature_load.pl --help' o '--man' para sa higit pang impormasyon.

Opsyon

-d, --dsn
DBI data source (default dbi:mysql:test)

-n, --namespace
Ang prefix ng talahanayan na gagamitin (default undef) Nagbibigay-daan sa ilang independiyenteng feature ng sequence
mga database na maiimbak sa isang solong database

-s, --seqfeature
Ang uri ng SeqFeature na gagawin... RTSC (default Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adaptor
Ang storage adapter (class) na gagamitin (default DBI::mysql)

-v, --verbose
I-on ang verbose progress reporting (default true) Gamitin ang --noverbose para i-off ito.

-f, --mabilis
I-activate ang mabilis na paglo-load. (default 0) Available lang para sa ilang adapter.

-T, --pansamantalang-direktoryo
Tukuyin ang pansamantalang direktoryo para sa mabilis na pag-load (default na File::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Kung totoo, huwag pansinin ang ##sequence-region na mga direktiba sa GFF3 file (default, lumikha ng
tampok para sa bawat rehiyon)

-c, --lumikha
Lumikha ng database at i-reinitialize ito (default false) Tandaan, burahin nito ang nakaraan
mga nilalaman ng database, kung mayroon man.

-u, --gumagamit
User upang kumonekta sa database bilang

-p, --password
Password na gagamitin para kumonekta sa database

-z, --zip
I-compress ang mga talahanayan ng database upang makatipid ng espasyo (default false)

-S, --subfeatures
I-on ang pag-index ng mga subfeature (default true) Gamitin ang --nosubfeatures para i-off ito.

--buod
Bumuo ng mga istatistika ng buod para sa mga graph ng saklaw (default false) Maaari itong patakbuhin sa a
dating na-load na database o habang naglo-load. Ito ay magiging default sa true kung --create ay
ginagamit.

-N, --nosummary
Huwag bumuo ng mga istatistika ng buod upang makatipid ng kaunting espasyo at oras ng pagkarga (default kung
--create ay hindi tinukoy, gamitin ang pagpipiliang ito upang tahasang i-off ang mga istatistika ng buod
kapag --create ay tinukoy)

--noalias-target
Huwag gumawa ng attribute ng Alias ​​na ang value ay ang target_id sa isang Target na attribute (kung
ang feature ay naglalaman ng isang Target na attribute, ang default ay ang gumawa ng isang Alias ​​attribute
na ang halaga ay ang target_id sa Target na katangian)

Mangyaring tingnan ang http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml para sa impormasyon tungkol sa GFF3
pormat. Bahagyang pinalawak ng BioPerl ang format sa pamamagitan ng pagdaragdag ng direktiba ng ##index-subfeatures. Itakda
ito sa isang tunay na halaga kung nais mong makuha ng database ang isang tampok
mga indibidwal na bahagi (gaya ng mga exon ng isang transcript) nang hiwalay sa pinakamataas na antas
tampok:

##index-subfeatures 1

Posible rin na kontrolin ang pag-index ng mga subfeature sa isang case-by-case na batayan sa pamamagitan ng
pagdaragdag ng "index=1" o "index=0" sa listahan ng katangian ng feature. Ito ay dapat lamang gamitin
para sa mga subfeature.

Ang pag-index ng subfeature ay totoo bilang default. Itakda sa false (0) para makatipid ng maraming espasyo sa database
at bilis ng pagganap. Maaari mong gamitin ang --nosubfeatures upang pilitin ito.

Gamitin ang bp_seqfeature_loadp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net