cmfetch - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cmfetch - kunin ang (mga) modelo ng covariance mula sa isang file

SINOPSIS

cmfetch [mga pagpipilian]
(kinukuha ang pangalan ng CM )

cmfetch -f [mga pagpipilian]
(kinukuha ang lahat ng CM na nakalista sa )

cmfetch --index [mga pagpipilian]
(mga index para sa pagkuha)

DESCRIPTION

Kinukuha ang isa o higit pang mga CM mula sa isang (isang malaking database ng Rfam, halimbawa).

Upang paganahin ang napakabilis na pagkuha, i-index ang una, gamit cmfetch --index. Ang index
ay isang binary file na pinangalanang .ssi.

Ang default na mode ay upang kunin ang isang solong CM sa pamamagitan ng pangalan o pag-access, na tinatawag na . para
halimbawa:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

Kasama ang -f opsyon, a na naglalaman ng isang listahan ng isa o higit pang mga key ay binabasa sa halip.
Ang unang field na nalilimitahan ng whitespace sa bawat hindi blangko na linya ng hindi komento ng
ay ginagamit bilang a , at anumang natitirang data sa linya ay binabalewala. Ito ay nagbibigay-daan sa iba't-ibang
ng mga whitespace delimited na datafile na gagamitin bilang s.

Kapag gumagamit -f at , if ay na-index, ang mga susi ay nakuha sa
pagkakasunud-sunod na nangyari sa , ngunit kung ay hindi na-index, ang mga susi ay kinukuha sa
ang pagkakasunod-sunod ng mga ito sa . Ito ay isang side effect ng isang pagpapatupad na
nagbibigay-daan sa maramihang mga susi na makuha kahit na ang ay isang nonrewindable stream, tulad ng
isang karaniwang input pipe.

Sa normal na paggamit (nang walang --index or -f mga pagpipilian), maaaring '-' (gitling), ibig sabihin
pagbabasa ng input mula sa si stdin sa halip na isang file. Kasama ang --index pagpipilian, maaring hindi
'-'; hindi makatuwirang mag-index ng karaniwang input stream. Kasama ang -f opsyon, alinman
or (ngunit hindi pareho) ay maaaring '-'. Kadalasan ay partikular na kapaki-pakinabang ang pagbabasa
mula sa karaniwang input, dahil pinapayagan nito ang paggamit na gumamit ng arbitrary command line
mga invocation na gumawa ng listahan ng mga pangalan ng CM o accession, pagkatapos ay kunin ang lahat ng ito sa isang bagong file,
sa isang utos lang.

Bilang default, ang CM ay naka-print sa karaniwang output sa Infernal-1.1 na format.

Opsyon

-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.

-f Ang pangalawang commandline argument ay a sa halip na isang single . Ang
unang field sa bawat linya ng ay ginagamit bilang retrieval (isang pangalan ng CM
o pag-akyat). Ang mga blangkong linya at linya ng komento (na nagsisimula sa # character) ay
hindi pinansin

-o I-output ang (mga) CM sa file sa halip na sa karaniwang output.

-O I-output ang (mga) CM sa (mga) indibidwal na file na pinangalanan sa halip na karaniwang output. Kasama ang
-f opsyon, maaari itong magresulta sa maraming file na nalikha.

--index
Sa halip na kunin ang isa o higit pang mga profile mula sa , i-index ang para
mga retrieval sa hinaharap. Lumilikha ito ng a .ssi binary index file.

Gamitin ang cmfetch online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net