compalign - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

compalign - ihambing ang dalawang maramihang pagkakahanay

SINOPSIS

makibagay [-options]

DESCRIPTION

makibagay kinakalkula ang fractional na "pagkakakilanlan" sa pagitan ng pinagkakatiwalaang pagkakahanay at ng pagsubok
pagkakahanay. Ang dalawang file ay dapat maglaman ng eksaktong parehong mga pagkakasunud-sunod, sa eksaktong pareho
order.

Ang pagkakakilanlan ng maraming pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod ay tinukoy bilang ang average na pagkakakilanlan sa ibabaw
lahat ng N(N-1)/2 pairwise alignment.

Ang fractional na pagkakakilanlan ng dalawang set ng pairwise alignment ay tinukoy bilang mga sumusunod
(para sa mga nakahanay na kilalang sequence k1 at k2, at nakahanay sa mga sequence ng pagsubok t1 at t2):

mga tugmang column / kabuuang column

kung saan ang kabuuang mga hanay = ang kabuuang bilang ng mga hanay kung saan mayroong
isang wastong (nongap) na simbolo sa k1 o k2;

mga katugmang column = ang bilang ng mga column kung saan ang isa sa
ang sumusunod ay totoo:

k1 at k2 parehong may wastong mga simbolo sa isang naibigay na column; t1 at t2
magkaroon ng parehong mga simbolo na nakahanay sa isang column ng t1/t2
pagkakahanay;

Ang k1 ay may simbolo na nakahanay sa isang puwang sa k2; ang simbolo na iyon sa t1 ay
nakahanay din sa isang puwang;

Ang k2 ay may simbolo na nakahanay sa isang puwang sa k1; ang simbolo na iyon sa t2 ay
nakahanay din sa isang puwang.

Dahil ang mga marka para sa lahat ng posibleng mga pares ay kinakalkula, ang algorithm ay nasa order (N^2)L para sa
N sequence ng haba L; magtatagal ang malalaking sequence set.

Opsyon

Magagamit na Mga Pagpipilian:

-h Mag-print ng maikling tulong at impormasyon sa paggamit.

-c Ihambing lamang sa ilalim ng may markang #=CS consensus structure.

--impormasyon
Tukuyin na ang parehong alignment ay nasa format (MSF, halimbawa).

--tahimik
Pigilan ang verbose header (ginagamit sa pagsubok ng regression).

Gumamit ng compalign online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net